По мере того как штат за штатом отделялись друг от друга, и Кэстис Ли, и Ортон Уильямс стремились уволиться из армии США и поступить на службу в формирующуюся армию Конфедерации. Это вызвало гневное письмо Ли - именно такой поступок он не совершил бы сам и не хотел, чтобы совершил кто-то из его семьи; возможно, это способствовало формированию у него мнения о том, что Ортон Уильямс - горячая голова, что впоследствии будет иметь серьезные последствия как для Уильямса, так и для семьи Ли. Он был полон решимости хранить верность Соединенным Штатам до тех пор, пока Вирджиния не отделится, или если только не отделится, и по возвращении домой решительно пресекал любые вольные разговоры и спекуляции на эту тему. Это, однако, не помешало Мэри высказать свое твердое мнение, что, победив на выборах, Линкольн должен был уйти в отставку до вступления в должность, "если бы он был настоящим или бескорыстным патриотом", в качестве примирительного жеста по отношению к Югу: "Ничто из того, что он может сделать сейчас, - твердо продолжала она, - не встретит благосклонности со стороны Юга".
Даже если Ли был согласен с ней - а нет никаких признаков того, что он был согласен, - это было именно то крайнее мнение, которого он больше всего хотел избежать. Он прекрасно понимал, как важна точная формулировка в этот момент, когда он шел по тонкой грани между своим долгом перед правительством США и верностью Вирджинии. Он был не одинок. Мэри Чеснат, остроумная и неутомимая дневниковая писательница из Южной Каролины, чьи комментарии полны добрых сплетен и потрясающего здравого смысла, и которая, похоже, была знакома со всеми значимыми людьми в правительстве Конфедерации, отметила, что старший брат Ли, командующий Сидни Смит Ли, хотел бы, чтобы "Южная Каролина была разнесена в пух и прах... за то, что нарушает работу его любимого" флота США, и это чувство Роберт Э. Ли вполне мог разделять в отношении американской армии.
Кроме "долгой беседы" с генералом Уинфилдом Скоттом вскоре после возвращения домой, в которой Ли, предположительно, разъяснил Скотту свою позицию, а Скотт призвал его не делать ничего поспешного, он не делал ничего, кроме как наслаждался обществом своей семьи и ждал новостей, которые не заставили себя ждать. 16 марта он наконец-то получил звание полного полковника (до этого он был подполковником с бреветом полковника). Его новая комиссия была подписана президентом Линкольном. При обычных обстоятельствах это порадовало бы Ли, но трудно не увидеть в этом руку генерала Скотта. Неужели Скотт уже сообщил президенту, что считает полковника Ли самым подходящим человеком в армии США для командования полевой армией в случае войны? Была ли новая комиссия, подписанная президентом, сдержанным намеком на грядущее гораздо более высокое повышение, не столько quid pro quo - Ли был выше таких вещей, как хорошо знал Скотт, - сколько проверкой, согласится ли Ли на нее? Как бы то ни было, он сделал это 28 марта, по иронии судьбы примерно через неделю после того, как получил вежливое письмо от военного секретаря Конфедерации Л. П. Уокера, предлагавшего ему получить звание бригадного генерала в армии Конфедерации. Ли проигнорировал письмо Уокера; он придерживался своей формулы, которая заключалась в том, что он ничего не будет делать, пока Виргиния сама не решит свою судьбу.
4 апреля "пробное голосование" членов конвента Вирджинии, призванного решить, будет ли штат отделяться, "показало большинство голосов два к одному против отделения", что, по сути, оставило Ли в неопределенности. Отказавшись присоединиться к другим южным штатам, съезд назначил делегацию из трех человек, чтобы узнать у Линкольна о его намерениях в отношении форта Самтер, одного из фортов, контролирующих гавань Чарльстона (Южная Каролина), который стал потенциальным очагом гражданской войны. Майор Роберт Андерсон подвергся резкой критике с обеих сторон конфликта за то, что перебросил свой гарнизон на столь уязвимую позицию с недостаточным количеством продовольствия и боеприпасов, превратив форт в наглядный casus belli: "Зачем этот зеленый гусь Андерсон пошел в форт Самтер?" стонала Мэри Чеснат в своем дневнике. "Теперь они перехватили его письмо, в котором он призывает их [федеральное правительство] позволить ему сдаться. Он расписывает ужасы, которые могут произойти, если они этого не сделают. Ему следовало подумать обо всем этом, прежде чем совать голову в яму". Хотя Линкольн вполне мог разделять чувства Мэри Чеснат, он дал понять делегации Вирджинии, что считает себя вправе защищать любой федеральный объект, находящийся под угрозой, - чего не сделал Бьюкенен. Президент специально предупредил о последствиях, если будет совершено "неспровоцированное нападение на форт Самтер". "Я буду, - твердо заявил он, - в меру своих возможностей, отражать силу силой".