Весной 1861 года Ли совершил нечто вроде чуда. За двенадцать дней, прошедших с момента его вступления в командование вооруженными силами Виргинии до 5 мая, крайнего срока, установленного Линкольном, когда те, кто вооружен против Соединенных Штатов, должны были "мирно разойтись по своим домам", Ли создал зачатки армии, с которой следовало считаться, еще не достаточно сильной для наступления, но, возможно, достаточно сильной для защиты Виргинии на всех, кроме нескольких уязвимых, участках. Молодой лейтенант Уолтер Х. Тейлор, вошедший в штаб Ли 3 мая, стал, пожалуй, самым точным летописцем полководческого искусства Ли и его понимания логистики, а также самым близким из его помощников на протяжении всей войны. Тейлор не избежал харизмы Ли: "Меня сразу привлекла и сильно впечатлила его внешность... Он казался солдатом и человеком, рожденным командовать", - писал он, но, не ограничиваясь природным даром Ли создавать впечатление серьезности, Тейлор быстро составил четкое представление о поразительной силе концентрации, терпении и необычайном профессиональном мастерстве своего нового командующего. Тейлор также сразу понял, что Ли ненавидел бесконечную, отнимающую время переписку, с которой ему приходилось иметь дело, несмотря на то, что сам он быстро и неустанно писал письма родным и друзьям. Молодой человек быстро превратил себя в амануэнта своего командира, избавив Ли от часов неблагодарной работы. Ли, по словам Тейлора, "не был удовлетворен, если к концу рабочего дня не решал все вопросы, требующие оперативного внимания", повторяя суждение великого солдата и администратора герцога Веллингтона: "Дела дня должны быть сделаны в течение дня".
Никто лучше Тейлора, который видел почти всю переписку Ли, не мог понять, с какими проблемами он столкнулся. Недостатка в рабочей силе как таковой не было - виргинцы так охотно шли добровольцами на защиту своего штата, что Ли приходилось отказывать тем, кого он не мог вооружить, - но было очень мало организованной подготовки или военного персонала и структуры, необходимых для превращения их в настоящую армию. Предложение бывшего губернатора Уайза сформировать роты снайперов, каждый из которых был бы вооружен собственной винтовкой, из жителей сельских районов Западной Вирджинии, хотя и получило горячую поддержку президента Дэвиса и губернатора Летчера, было типичным проявлением любительского военного мышления, которое Ли считал необходимым пресекать. Как бы ни были искусны стрелки из западной Вирджинии в деле приготовления мяса на стол у себя дома, их винтовки были разных калибров, что усложняло логистические проблемы Ли, и не были оснащены средствами для крепления штыка, в эпоху, когда массовый штыковой удар все еще считался решающим фактором в сражении.