Ли сразу понял необходимость назначить опытного офицера в каждую опасную точку на границе Вирджинии, и при выборе он полностью подавил собственное желание командовать в полевых условиях и любые признаки недовольства зачастую непомерным эго выбранных генералов. Ли мудро назначил своего друга и однокашника по Вест-Пойнту Джозефа Э. Джонстона командующим в Харперс-Ферри, будучи уверенным, что Джонстон и полковник Томас Дж. Джексон будут хорошо работать вместе. Командование войсками, собранными под Манассасом, президент Дэвис и Ли поручили меркантильному и эпатажному креолу П. Г. Т. Борегару, члену богатой новоорлеанской семьи. Борегар руководил атакой на форт Самтер, его встречали как героя на каждой остановке по железной дороге из Чарльстона в Ричмонд, и у него были амбициозные планы нападения на войска Союза вокруг Вашингтона - планы, которые Ли был намерен отложить. Удержание Борегара станет одной из главных забот Ли. Оборона Ричмонда с моря находилась в руках Бенджамина Хьюджера и Джона Б. Магрудера "на противоположных берегах Хэмптон-Роудс": Хьюгер - на южном берегу реки Джеймс, в Норфолке; Магрудер - на северном берегу, на самом полуострове, между реками Джеймс и Йорк. Ни один из генералов не оказался счастливым выбором - Хьюгер оказался медлительным в наступлении и слишком поспешным в отступлении, а Магрудер имел несчастье слишком буквально истолковать приказы Ли в битве при Малверн-Хилл в 1862 году. Разделение командования между ними, вероятно, также было ошибкой, но и Дэвис, и Ли полагали, что, поскольку эта территория находится всего в восьмидесяти милях от Ричмонда, они смогут напрямую контролировать любое сражение, которое там произойдет. В западной Вирджинии царило смятение. Большинство населения оставалось настроенным просоюзнически, и после того как конфедераты потерпели серьезное поражение при Филиппи, к югу от Графтона, Ли опасался, что войска Союза могут двинуться к Стонтону, перевернуть позиции Джонстона у Харперс-Ферри и отрезать Ричмонд от запада. Ли быстро отреагировал, повысив своего генерал-адъютанта полковника Р. Б. Гарнетта до бригадного генерала и отправив его удерживать линию в Аллегенах с теми ополченцами, которых удалось собрать. Из Ричмонда задача Гарнетта казалась достаточно простой: Аллегени простирались с севера на юг в виде "длинных параллельных хребтов", разделенных глубокими долинами и быстротекущими реками, с небольшим количеством дорог и городов. Большинство дорог, если они были, шли по долинам; те, что пересекали горы с запада на восток, были бедны, немногочисленны и далеко друг от друга. Войскам Союза, продвигавшимся из Огайо в северо-западную Вирджинию, пришлось бы пересекать хребет за хребтом по дикой и густо заросшей лесом местности, и на любом из этих хребтов относительно небольшое число людей, если их правильно направить, должно было бы сдержать целую армию.