Многим это показалось ранней точкой падения удачи Конфедерации. Правда, попытка Батлера вырваться из Ньюпорт-Ньюса под защиту форта Монро была пресечена, во многом благодаря предусмотрительности Ли, импровизировавшего укрепленную линию на полуострове; но поражение в северо-западной Вирджинии было катастрофой, и, несмотря на важность, которую придавали Харперс-Ферри, на данный момент он пал (город четырнадцать раз переходил из рук в руки во время Гражданской войны и был превращен в руины). Генерал-майор Союза Роберт Паттерсон перешел вброд реку Потомак у Уильямспорта, штат Мэриленд, и благодаря превосходству в численности и лучшей артиллерии Falling Waters * сумел оттеснить силы двух будущих героев Конфедерации - полковника Томаса Дж. Джексона и полковника Дж. Э. Б. Стюарта - почти до Винчестера, штат Виргиния. В этот момент Паттерсон, как и Макклеллан, остановил свое продвижение; он вернулся в Мартинсбург, его решимость, очевидно, была поколеблена жестокостью боевого отступления конфедератов.
Ли следил за этими событиями из Ричмонда, где его первоочередной задачей было найти людей и оружие для отправки генералу Джонстону в Винчестер и генералу Борегару, который стоял лагерем в районе Манассас-Джанкшен, примерно в двадцати пяти милях к юго-западу от Вашингтона.
Ли писал Мэри: "Мои передвижения очень неопределенны, и я хочу выступить на поле боя, как только будут достигнуты определенные договоренности. Я могу отправиться в любой момент". Но это был оптимизм. Восемнадцать дней спустя он написал, что, несмотря на его стремление "выйти в поле", его "задержали дела, от меня не зависящие", и попросил ее не обращать внимания на слухи о том, что его собираются назначить "главнокомандующим армией Конфедеративных Штатов" - титул, который, напомнил он ей, принадлежал президенту Дэвису. Он "трудился, чтобы подготовить и вывести в поле войска Вирджинии, а также усилить, за счет войск других штатов, находящиеся под угрозой командования Джонстона, Борегара... и т. д.". Сочетание переутомления и бездействия привело к легкому ухудшению здоровья, которое ненадолго приковало его к постели. Тем не менее, он был ответственен за подкрепления и стратегию, которые привели к победе конфедератов при Первом Манассасе (или Первой битве при Булл-Ран, как ее называют на Севере). Впервые Ли использовал железную дорогу для быстрой переброски войск Джонстона из Винчестера на позиции Борегара в Манассасском перекрестке после начала сражения - амбициозный и смелый план, поскольку он оставлял Винчестер и долину Шенандоа на короткое время неприкрытыми. Но Ли уже знал, что не примет участия в сражении. На данный момент ему отводилась роль в штабе.
Из Кинлоха, дома Эдварда Тернера в Тороуфэр Гэп, округ Фокьер, где Мэри Ли остановилась "в более прохладной холмистой местности" в районе Булл-Ран, она написала письмо с просьбой к Ли купить ей ноты песни "Дикси", которая, хотя и была старой песней менестрелей, обычно исполняемой в черном обличье, стала неофициальным национальным гимном Конфедерации.* Один музыкальный издатель сообщил, что продажи были "совершенно беспрецедентными"; действительно, песня была настолько популярна, что у президента Дэвиса была музыкальная шкатулка, которая ее исполняла. Ли послал молодого человека купить копию, но ему пришлось доложить, что он обошел все места в Ричмонде и не нашел ее: "Полагаю, она исчерпана", - написал он ей. Книготорговцы говорят, что "Дикси" в Виргинии не найти".
Мэри продолжала переезжать с места на место, подталкиваемая на запад беспокойством мужа за ее безопасность, поэтому иронично, что, повинуясь его желаниям, она оказалась не более чем в тридцати милях от места сражения при Первом Манассасе и более или менее на прямом пути, по которому генерал Джонстон должен был привести свою армию, чтобы присоединиться к армии генерала Борегара при Булл-Ран. Ее дочь Милдред, или Драгоценная жизнь, как называл ее отец, присоединилась к матери и ее сестре Мэри Кьюстис в Кинлохе, взяв с собой по совету матери "всю свою зимнюю и летнюю одежду". Как заметила Мэри Ли, "лучше быть готовым к любой чрезвычайной ситуации". В Кинлохе они получили письмо от кузины Мэри Марки, которая только что посетила Арлингтон: "Бедный дом выглядел таким заброшенным, - писала она. "Кто бы мог в самых смелых мечтах представить себе все это прошлым летом? Всего год назад мы все были там, такие счастливые и умиротворенные". Горничная Мэри Селина провела ее по дому, Марки передала приветы от многих слуг семьи Ли, включая садовника Эфраима, и сообщила, что Том Титта, семейный кот, о котором Милдред очень беспокоилась, появился и "самым ласковым образом потерся своей маленькой головкой о мое платье".