Как бы то ни было, Ортон и его двоюродный брат капитан Уолтер Г. Питер были задержаны за линией фронта во Франклине, штат Теннесси, в федеральной форме, после того как попытались занять денег у полковника Союза и утащить несколько сигар. Их настоящие имена и звания были написаны на ободке их шляп, а их документы быстро распознали как подделку. Когда генерал-майор Джеймс А. Гарфилд, будущий президент, спросил его мнение, он ответил по телеграфу, что их нужно немедленно судить "военным трибуналом с барабанной головкой" как шпионов, и если их признают виновными, повесить "до утра без всякого сомнения". Это было драконовское наказание, но оно не было необычным для обеих сторон. Ортон заявил, что он не шпион, но не стал раскрывать характер своей миссии, и оба мужчины были должным образом осуждены и повешены.
Говорят, Ли был возмущен, но хотя его беспокоила боль, которую казнь причинит Марки и Агнес, он не мог оправдать весь этот шпионаж, и поступил бы так же со шпионами Союза.
Что бы Ли ни думал о казни, больше всего он беспокоился за Агнес. "Снова и снова, - пишет Мэри Куллинг в своей биографии "Девушки Ли", - она, должно быть, задавалась вопросом, не ее ли отказ ему... подтолкнул его к такому смертельно опасному плану". Известие о смерти Ортона оказалось "шоком, от которого она так и не оправилась"; Агнес так и не вышла замуж, и, умирая от брюшного тифа в возрасте тридцати двух лет, она позвала Библию, которую Ортон подарил ей перед войной.
Она была такой же жертвой этого, как и Ортон.
В августе, после отступления из Геттисберга, Ли подал президенту Дэвису прошение об отставке. Многие биографы считают это предложение проформальным, поскольку Ли знал, что его не примут. Учитывая честность Ли, представляется более вероятным, что сочетание поражения, плохого здоровья и бед его семьи заставило его усомниться в том, что он способен защищать Виргинию, не говоря уже о том, чтобы отправиться на запад, как предлагал Джефферсон Дэвис, чтобы сразиться с врагом в незнакомой стране. В итоге Ли продолжил командовать армией Северной Вирджинии. Первым делом он отправил Лонгстрита на подкрепление Брэггу, сократив на время армию до менее чем 50 000 человек.
Куда бы Ли ни посмотрел, он видел трагедию: его армия жила на скудном пайке, животные умирали из-за нехватки зерна и фуража, один из сыновей был в плену, невестка была убита горем и умирала, дочь Агнес была убита горем, жена была инвалидом, живущим в постоянных болях - удивительно не то, что Ли предложил уйти в отставку, а то, что он все еще верил в дело.
В ретроспективе поражения при Геттисберге и Виксбурге кажутся точкой, когда поражение Конфедерации стало лишь вопросом времени, хотя за два года после Геттисберга потери с обеих сторон были почти такими же, как за три года до него, а число погибших среди мирного населения значительно больше. Ли дважды пытался вторгнуться на Север, и оба раза потерпел поражение - в Мэриленде и Пенсильвании. После июля 1863 года война будет вестись только на южной земле. Оборонительная война, к которой Лонгстрит безуспешно призывал Ли, теперь станет неизбежной реальностью, хотя с каждым сражением защищать будет все меньше. Зачем же тогда продолжать сражаться?
Но это - взгляд на войну задним числом. Как будто для того, чтобы помучить южан, армии Конфедерации продолжали одерживать победы, как, например, при Чикамауге, когда Лонгстрит отличился своим смелым продвижением через брешь в линии войск Союза. Отказ от капитуляции вскоре стал самоцелью. Ни одна нация не терпит поражения, пока не считает себя таковой, и осенью 1863 года Конфедерация все еще была полна решимости сражаться дальше. Южан также воодушевляла возможность (отнюдь не нереальная), что Линкольн и республиканцы могут проиграть следующие выборы, а на смену им придут демократы и президент с более примирительным складом ума - Макклеллан, например, хотя он это решительно отрицал.