Большую часть времени Ли выступал в роли военного секретаря Конфедерации, ведя почтительные, но равные переговоры с президентом Дэвисом. Он призывал продлить срок воинской повинности и применять "более строгие меры". Он также рекомендовал применять максимальную строгость к дезертирам. К 1864 году воинская повинность в Конфедерации распространялась почти на всех белых мужчин в возрасте от семнадцати до пятидесяти пяти лет, но этого все равно было недостаточно для получения достаточной рабочей силы. В феврале 1864 года, когда Лонгстрит и большая часть его корпуса были отправлены воевать на запад, армия Северной Вирджинии сократилась до "не более чем 35 000 человек", что было смехотворно мало для того, чтобы сдержать армию Потомака, когда она, наконец, продвинулась вперед. Представление о Ли как о благожелательном, даже святом человеке, иногда доведенное до слащавых крайностей, не отражает всей справедливости его сложного характера: Он был добр; он сочувствовал страданиям своих людей и животных ("медленное голодание" лошадей армии было для него особенно болезненным); он регулярно включал солдат Союза в свои молитвы; но он не гнушался приказывать о крайних мерах наказания для дезертиров или для тех, кто каким-либо образом не выполнил свой долг, "отлынивая" или "отлынивая"." Его методы пополнения рядов были грубыми и готовыми. Они и должны были быть такими, поскольку процесс рекрутирования на Юге был так же полон лазеек, исключений и того, что Ли называл "предвзятостью", как и на Севере.
Даже после поражения Ли под Геттисбергом и капитуляции Пембертона под Виксбургом Ли все еще не подвергал сомнению дело, к которому он присоединился с такой неохотой. Стратегия вторжения на Север и поиска одного крупного сражения в надежде добиться британского или французского признания Конфедерации дважды провалилась, и ее нельзя было пытаться повторить. Теперь Конфедерации предстояла война на истощение, которая, учитывая численное превосходство и промышленную мощь Севера, могла закончиться только поражением. Спустя 150 лет это кажется неизбежным, как и то, что продолжение войны привело бы к невообразимым разрушениям на Юге после того, как генерал Шерман ввел то, что позднее поколение назовет тотальной войной, включающей сжигание городов, домов и ферм в широких масштабах - политику "выжженной земли", которая принесет неисчислимые страдания последующим поколениям. Конечно, по мере сокращения Конфедерации она все больше пользовалась преимуществами более коротких внутренних линий, но даже это было бы сведено на нет неадекватностью южной железнодорожной системы.
Если бы Ли был готов рассмотреть возможность капитуляции, последние два года войны не понадобились бы, но он был не более способен сделать это, чем превратиться в такого военно-политического лидера, который был нужен Югу для преодоления проблем со снабжением и рабочей силой. Он не стал бы искать или принимать диктаторские полномочия - для этого он был слишком большим американцем - и не отказался бы от своей веры в победу, какой бы маловероятной она ни казалась.
Симптомом отсутствия руководства в Конфедерации является то, что президент Дэвис и его главнокомандующие имели разные представления о направлении федеральной атаки весной и о том, как лучше к ней подготовиться. Генерал Борегар хотел сконцентрировать все имеющиеся силы Конфедерации (всего около 210 000 человек) против "одного решающего пункта", а не рисковать серией поражений в деталях. Он предложил атаковать в направлении Ноксвилла, штат Теннесси. Ли видел в этом мудрость (обычно он восхищался стратегическим чутьем Борегара) и предвидел наступление федералов через Джорджию, но он не хотел принимать командование там на себя или еще больше ослаблять силы Конфедерации в Северной Вирджинии. Лонгстрит сначала предложил перебросить силы Конфедерации на восток для нового наступления на Вашингтон, но затем изменил свое мнение и рекомендовал сконцентрировать армию в попытке вернуть Теннесси и Кентукки. Ли, возможно, убежденный Лонгстритом, считал, что возвращение "Миссисипи и Теннесси... принесет больше облегчения стране и воодушевит наш народ, чем простое взятие Вашингтона". В конце концов, из всего этого не вышло ничего особенного, кроме передачи Лонгстрита и его людей обратно Ли. Конфедерация оставалась, несмотря на потерю территории, слишком большой, чтобы ее могла защитить армия в 210 000 человек; в то же время ее лидеры не могли выбрать правильную точку, в которую следует нанести единый, концентрированный, решительный удар, который бы достаточно сильно поколебал доверие населения к Северу, чтобы заключить мир путем переговоров. Старая военная пословица "Когда сомневаешься, ничего не делай" в данном случае оказалась скорее роковой для конфедератов, чем мудрой; она оставила армии на Западе слишком слабыми, чтобы предотвратить постепенный крах, а армию Ли - слишком слабой, чтобы попытаться захватить Вашингтон (даже если бы это было хорошей идеей) или, в конце концов, удержать Ричмонд.