4 февраля 1865 года Ли наконец-то был назначен "главнокомандующим" всех армий Конфедерации. Характерно, что он ответил, что "обязан только доброте его превосходительства президента" за "этот высокий и трудный пост", добавив, что еще более тревожно, что он "не получил никаких инструкций относительно моих обязанностей" и не знает, что президент Дэвис хочет, чтобы он взял на себя.
Ли официально объявил, что 9 февраля он "принял командование военными силами Конфедеративных Штатов", и сразу же обратил внимание на одну из своих главных проблем: он дал дезертирам и тем, кто отсутствовал без отпуска, двадцать дней на то, чтобы вернуться в свою часть или явиться к ближайшему офицеру, после чего они будут подвергнуты "наказанию, которое может быть назначено судом, и прошения о помиловании не будут приниматься к рассмотрению". Теоретически это означало помилование для тех, кто вернулся в армию, и смертную казнь для тех, кто этого не сделал, но на практике к этому времени ни суды Конфедерации, ни различные подразделения "ополчения", которым было поручено выслеживать и задерживать дезертиров, не справлялись с более чем 100 000 дезертиров. В некоторых случаях применялись тюремное заключение и казни, было как минимум одно линчевание, но падение боевого духа, нехватка припасов и ожидание поражения позволили большинству мужчин вернуться в сельскую жизнь, не донося на них соседям.
Каким бы непоколебимым ни выглядел Ли перед своими людьми, он не был жизнерадостным. Всего через десять дней после принятия назначения на пост главнокомандующего он написал Джону К. Брекинриджу, новому военному секретарю Конфедерации, что "может возникнуть необходимость оставить все наши города, и следует подготовиться к этой непредвиденной ситуации". Он также призвал сосредоточить "все наши армии" в Вирджинии, "поскольку по отдельности они, похоже, не в состоянии выступить против врага". Это была реалистичная, но неутешительная оценка - события на местах стремительно перечеркивали контроль правительства Конфедерации над тем, что осталось от нее. Ли уже подумывал о том, чтобы перебросить припасы и снаряжение из Ричмонда в Линчбург, где он мог бы удержать узел железных дорог Саутсайд и Дэнвилл, "чтобы сохранить связь с Севером и Югом, насколько это возможно, а также с Западом". О его душевном состоянии лучше всего можно судить по его письму от 21 февраля миссис Ли: "Если придется оставить нашу позицию, чтобы избежать окружения, что вы будете делать? Останетесь ли вы или покинете город?". К этому он добавил, зная, что Мэри Ли почти наверняка поступит именно так, как хочет: "Вы должны обдумать этот вопрос и принять решение".