Хотя предыдущие планы по преодолению порогов сводились к идее обойти их, прорыв параллельно им канал, что было очень дорогостоящим проектом, предполагавшим строительство шлюзов, осмотр Ли верхних порогов убедил его в том, что, вопреки распространенному мнению, через оба порога можно легко пробить безопасный канал - хороший пример его предпочтения простых разумных решений и умения встречать трудности лицом к лицу, что впоследствии будет характеризовать его как генерала. Затем они с Мейгсом отправились вниз по течению к месту, где сел на мель их собственный пароход, и, к своему облегчению, обнаружили, что река поднялась достаточно высоко, чтобы освободить его. В Де-Мойне Ли также обнаружил большое и красочное сборище индейцев чиппева в их берестяных каноэ и вигвамах "в полном облачении... с алыми одеялами и одеждами буйволов и разрисованными лицами", хотя ни тогда, ни позже коренные американцы не произвели на него столь благоприятного впечатления, как на некоторых других посетителей Запада. Пару лет спустя в письме своему другу Джозефу Э. Джонстону он весело и без тени сожаления сообщит, что налетчики из племени сиу "обрушились" на чиппева, сняв с них "сто тридцать один скальп", и что их вождь планирует "обильную месть". Ли был человеком своего времени, который относился к индейским племенам на границе без сентиментальности, как к живописной и временами опасной помехе, а не как к трагическому или романтическому народу, обреченному на гибель в результате наступления прогресса, заселения белыми и повсеместного презрения к их культуре. Поскольку его образ так прочно закрепился в сознании людей как пожилого генерала с седой бородой, смотрящего на горизонт с лошади, легко забыть, что Ли прекрасно владел самыми передовыми технологиями своего времени; хотя он был старомоден во многих отношениях, он твердо верил в прогресс, который не включал в себя позволение Миссисипи или индейцам разгуляться.
К 11 октября он вернулся в Сент-Луис и арендовал второй этаж склада на дамбе с видом на Миссисипи под свой чертежный офис. Его дар подбирать нужных людей проявился уже тогда, когда он нанял Генри Кайзера, двадцатишестилетнего американца немецкого происхождения, изучавшего архитектуру и высшую математику в Ветцларе и Дармштадте, а также талантливого геодезиста и картографа. Кайзер и Ли быстро прониклись друг к другу большим уважением, которое переросло в доверие и дружбу. С помощью Кайзера Ли быстро составил карты верхнего и нижнего порогов на Миссисипи, основанные на его съемках, которые были не только точными, но и произведениями искусства, и набросал подробные планы прокладки канала через обе эти навигационные опасности, а затем приступил к созданию великолепно выполненной карты течения Миссисипи мимо города Сент-Луис.
Кайзер, хотя и был гражданским лицом, стал эквивалентом второго командира и начальника штаба Ли, а их переписка, когда Ли находился вдали от Сент-Луиса, поражает пониманием Ли даже мельчайших деталей, от стоимости свай и камня до строительства плавучих двигателей для удаления камней. Современные биографы иногда считают Ли неактивным или (как выразился один из них) "вялым", за исключением тех случаев, когда его призывали к сражениям в Мексиканской и Гражданской войнах, но это неверное понимание характера Ли - он всегда был "телом в движении", полностью преданным своему делу, будь то инженер-строитель, президент колледжа или генерал; И хотя медлительность в продвижении по службе и низкая зарплата в армии часто угнетали его и заставляли сомневаться в выборе профессии, он подходил ко всему с той же энергией, воображением, способностью к детализации и решимостью победить, с которой он подходил к войне.
Его решение проблем, стремительно превращавших Сент-Луис в город, не имеющий выхода к морю, было блестящим по замыслу, грандиозным по масштабам и триумфально успешным, настолько, что один миссуриец позже написал: "Ли овладел Миссисипи; он вернул течение в прежнее русло, и река была спасена для Сент-Луиса". Луис", и далее, как Марк Твен в 1870 году, отмечал не только грандиозность задачи, но и огромные последствия успеха Ли, который сделал возможным коммерческое развитие целых новых областей страны и создание длинного списка новых городов: "Проблема Сент-Луиса была проблемой всей долины Миссисипи. Улучшение гавани Сент-Луиса и расчистка канала ни в коем случае не были чисто местной выгодой, поскольку штаты Огайо, Кентукки, Индиана, Иллинойс, Теннесси, Миссисипи, Луизиана, Арканзас, а также территории Айовы и Висконсина были жизненно заинтересованы в результатах. . . . Без них запад так и остался бы бескрайней пустыней".