Ли изменил ход американской истории благодаря своему видению и единодушной решимости воплотить его в жизнь, сделав возможным строительство больших городов там, где раньше было в лучшем случае несколько бревенчатых хижин или заброшенных индейских лагерей. Другой наблюдатель в 1886 году заметил: "Торговля, ставшая доступной, обеспечила потребности миллионов людей, которые с тех пор превратили верховья Миссисипи и равнины Красной реки в житницу Северной Америки. Возникли города, в которых, как в Миннеаполисе и Сент-Поле, число жителей исчисляется сотнями тысяч". Если бы Ли не стал героем Мексиканской войны или генералом Конфедерации, он заслужил бы славу и, более того, благодарность за те два года, которые он потратил на то, чтобы открыть наконец Миссисипи для сотен пароходов, которые после завершения его работы могли спокойно плавать вверх и вниз по всей длине реки. Врожденная скромность не позволила Ли гордиться своим достижением или даже добиваться заслуженной похвалы, но из его писем несомненно следует, что это принесло ему большее личное удовлетворение, чем победы в сражениях.
Предыдущие попытки спасти Сент-Луис как порт сводились к найму телег для вывоза песка и ила, выкопанного бригадами рабочих, что было дорого и бесполезно - Миссисипи несла так много осадочных пород, что быстро создавала отмели и даже большие острова везде, где находился камень или пень, препятствующий течению, а затем меняла свое русло, чтобы приспособиться к ним. В Сент-Луисе река создала два значительных острова - остров Дункан и Кровавый остров (последний был назван так потому, что был известным местом для дуэлей), - а затем сместила свое основное русло на восток, так что глубокая вода теперь проходила близко к берегу Иллинойса, а со стороны Миссури становилась все мельче и мельче. Ли изучил течения реки, и ему пришла в голову простая идея использовать ее огромную силу, чтобы пробить канал через ил и в конечном итоге полностью смести острова.
Он предложил решить эту задачу, построив плотину у истоков Кровавого острова и дамбу, проходящую по его западной стороне, тем самым переместив всю силу течения Миссисипи на западный берег, где она унесет ил и в конечном итоге сами два острова - простой и очень современный подход к проблеме, в отличие от обширной программы строительства дамб, шлюзов и каналов, которой инженерный корпус занимался с конца XIX века и по сей день в непрерывной борьбе за то, чтобы Миссисипи текла туда, куда хочет человек.
Ли не только во всех деталях расписал, как именно он хотел построить дамбу и плотину, но и точно рассчитал стоимость: 158 554 доллара за весь проект (около 4 миллионов долларов в современных деньгах) - большая сумма для простого первого лейтенанта и показатель того, насколько ему доверяли генерал Гратиот и мэр Сент-Луиса. К раздражению Ли (но вряд ли к его удивлению, учитывая его мнение о политиках), Конгресс так и не выделил всю запрошенную им сумму, но, несмотря на это, с 50 000 долларов от Конгресса и еще 15 000 долларов от города Сент-Луис, "за два года он добился возвращения канала на берег Миссури... размыл песчаные бары и углубил гавань так, что в низкие периоды реки над баром было не менее 13½ футов воды". К июлю 1838 года "Ли продвинул остров Дункан на значительное расстояние вниз по течению". Это, а также изыскания и взрывные работы по созданию безопасного канала для судоходства через верхние и нижние пороги, в полной мере заслужили грандиозную похвалу Ли от мэра Сент-Луиса: "Благодаря богатому дару своего гения и научным знаниям лейтенант Ли взял под контроль "Отца вод"".
Зимой 1837 года они с Мейгсом вернулись на восток: Ли - чтобы воссоединиться с семьей, представить свой отчет и пролоббировать средства на его составление; Мейгс - чтобы быть переведенным в другое место, в лучших военных традициях, когда человека переводят в другое место, как только он достаточно научился, чтобы быть полезным там, где он находится. По дороге домой Ли впервые в жизни столкнулся с железной дорогой - Балтимор и Огайо протянул свои пути до Фредерика, штат Мэриленд, и оттуда Ли впервые прокатился на поезде, хотя "вагоны [все еще] приходилось запрягать лошадьми на часть расстояния". С паровыми машинами Ли, конечно, уже был знаком, но железная дорога в то время была для Америки чем-то вроде новинки.
В одном Ли был твердо уверен: когда весной он вернется в Сент-Луис, то возьмет с собой Мэри. Судя по ее письмам друзьям после приезда, Ли было нелегко убедить ее покинуть Арлингтон и отправиться в этот, с точки зрения виргинского гранда, сырой, примитивный городок в дикой местности. Несмотря на это, Ли оставили свою дочь Мэри с бабушкой и дедушкой и отправились со своими двумя сыновьями Кустисом и Уильямом (которого всегда называли "Руни"), сопровождаемые рабыней по имени Китти, чтобы присматривать за ними, в путешествие, которое длилось почти пять недель и продлилось от Вашингтона до Балтимора и Филадельфии: затем на поезде в Гаррисбург, штат Пенсильвания; из Гаррисбурга в Питтсбург на лодке по каналу; затем вниз по реке Огайо, с остановками в Цинциннати и Луисвилле; и, наконец, вверх по Миссисипи из Каира в Сент-Луис. Ли хвастался, что мальчикам понравилось путешествие, что, вероятно, правда - что может быть более захватывающим для маленьких мальчиков, чем путешествие по железной дороге, каналу и пароходу? - и что Мэри провела большую часть путешествия, дремля; но поскольку он также упоминает "тесноту, давку и карабканье", можно предположить, что Мэри не была в таком восторге, как ее дети, и что дремота могла быть ее способом убежать от суеты путешествия и нежелательной компании незнакомцев. Почти десятилетие спустя, во время своего первого визита в Америку, Чарльз Диккенс, более бесстрашный путешественник, чем Мэри Ли, жаловался на плохие манеры за столом, жевание табака, постоянную возню и плевки своих попутчиков, а также на тесноту и отсутствие уединения в поездах и на речных пароходах и на универсальную западную привычку вступать в разговор с совершенно незнакомыми людьми, как будто они друзья на всю жизнь.