Улучшения, которых Ли добился, начав работы по строительству дамб на Кровавом острове, уже начали углублять канал в Сент-Луис и размывать часть песка вокруг острова Дункан, как он и предсказывал - и действительно, то, что Ли был на правильном пути, было наглядно продемонстрировано, когда разъяренные жители Иллинойса открыли огонь из пушек по некоторым из его рабочих бригад, опасаясь, что его планы уменьшат глубину канала на их стороне Миссисипи и отрежут их от потенциально "прибыльной" торговли; Возможно, это еще один пример растущей раздражительности и поворота к насилию штатов друг против друга, которые будут усиливаться в течение следующих двадцати лет. К счастью, здравый смысл возобладал, и землевладелец на иллинойской стороне реки, где надеялись построить портовый город, способный соперничать или даже затмить Сент-Луис, обратился к более мирным средствам и добился от судьи Второго иллинойского округа запрета на прекращение работ на Кровавом острове. Ли был обескуражен - дело будет рассматриваться на очередной сессии суда только в феврале 1840 года, а пока он не мог добиться дальнейшего прогресса в Сент-Луисе. Вместо этого он обратил свое внимание на два порога выше по течению, где его рабочие уже начали убирать огромные валуны и плиты известняка, каждый из которых весил более тонны, чтобы начать расчищать судоходный канал как в северном, так и в южном порогах - выдающийся подвиг гражданского строительства. Тем не менее, в письмах Ли все больше чувствуется разочарование, как будто увольнение генерала Гратиота и предписание убедили его в том, что его работа на Миссисипи, как он ее планировал, останется незавершенной или, по крайней мере, не будет им завершена. Если так, то он был прав.
После длительного путешествия, в ходе которого он предложил, какие улучшения можно сделать на реке Огайо, и поездки вниз по Миссисипи в Сент-Луис, чтобы сообщить о количестве коряг, которые еще остались, Ли вернулся домой на зиму 1839 года, частично в длительный отпуск, частично для выполнения "временных обязанностей" в офисе нового главного инженера, пока Конгресс бездумно обсуждал, выделять ли дополнительные средства на улучшение реки Миссисипи, а затем - как это часто бывало (и остается) - остался без дела, фактически остановив любые дальнейшие федеральные ассигнования на эти работы. Летом 1840 года Ли вернулся в Сент-Луис, опять же с некоторой неохотой, в основном для того, чтобы свести счеты и продать с публичного аукциона приобретенные им лодки и оборудование; затем он вернулся в Вашингтон в октябре, чтобы дождаться рождения своего пятого ребенка, Элеоноры Агнес Ли.
В своей экономной манере Корпус инженеров не стал полностью отрывать его от Миссисипи - несмотря на другие обязанности, Ли еще долгие годы будет отвечать за советы властям Миссури, которые продолжат начатую им работу, но его собственная роль в укрощении великой реки была закончена.
Всего за три месяца до смерти Ли в 1870 году состоялось одно из самых известных спортивных событий в истории Америки, которое стало возможным благодаря его работе на реке в 1837-1840 годах, - "Великая пароходная гонка", в которой два речных судна-левиафана соревновались в скорости подъема по Миссисипи от Нового Орлеана до Сент-Луиса.
"В этой гонке два огромных парохода длиной более 300 футов мчались по реке Миссисипи... на скорости до 23 миль в час... . . Гонка стала первым большим событием в средствах массовой информации нашей страны, так как на кон были поставлены огромные суммы денег, большие толпы людей преодолевали значительные расстояния, чтобы выстроиться на берегах реки, а новый телеграф передавал информацию о ходе гонки национальной аудитории." * Гонку выиграло судно производства Индианы, строительство которого в 1866 году стоило более 200 000 долларов, что было огромным состоянием для того времени. Оно могло перевозить более 5000 тюков хлопка весом 1250 тонн, имело 61 роскошную "каюту", отделанную богатой резьбой и полированным палисандром, и обеденный салон на 240 человек под огромными, ослепительными люстрами и витражными окнами. Это был продукт рассвета позолоченного века, со всеми роскошными удобствами и кухней большого океанского лайнера, высокими трубами-близнецами, выбрасывающими искры и дым, когда он шел на полной скорости днем и ночью - без риска налететь на камень, корягу, песчаную или морскую отмель - чтобы достичь Сент-Луиса 4 июля 1870 года и обогнать Natchez: 1 154 мили за три дня, восемнадцать часов и четырнадцать минут - рекорд, который оставался непобитым до 1929 года. Его название, очень подходящее, по сей день запечатленное в заголовках, картинах, фотографиях, фольклоре, литературе и песнях, † было "Роберт Э. Ли".