Ли провел ночь, осматривая батареи и следя за тем, чтобы повреждения, нанесенные ответным огнем мексиканцев, были быстро устранены. К этому времени он уже сорок восемь часов не спал, но ему было приказано направлять дивизию генерала Пиллоу в ее атаке на западный склон Чапультепека. Он отправился с передовыми отрядами, как только прекратилась бомбардировка, в восемь часов утра 13 сентября, подвергаясь артиллерийскому обстрелу, мушкетному огню и - новинка для того времени - зарытым минам, большинство из которых, к счастью, не сработали. Он наблюдал за тем, как поднимались лестницы, и штурмующие были отброшены назад с большими потерями. Он перегруппировал войска, и вторая попытка оказалась успешной. Ли сам взобрался по крутому склону на террасы на вершине в сопровождении лейтенанта Джеймса Лонгстрита, который будет командовать его корпусом справа в роковой третий день Геттисбергской битвы, и лейтенанта Джорджа Э. Пикетта, чья дивизия предпримет атаку на Кладбищенский хребет - последний акт в этой великой героической трагедии. В какой-то момент штурма Ли был "легко ранен", но ему удалось помочь раненому генералу Пиллоу спастись, а затем подняться на вершину, чтобы увидеть поднятие американского флага. Сама "крепость" оказалась не такой грозной, как опасались. Она была построена как дворец и не давала особой защиты укрывшимся в ней мексиканским солдатам. Огромное здание захватывали комната за комнатой, многие американские солдаты "бесчинствовали, грабили и охотились на беззащитных мексиканцев в отместку за зверства в Молино-дель-Рей", но, зная все, что мы знаем о Ли, мы можем быть уверены, что он был среди тех, кто решительно восстанавливал порядок и дисциплину в войсках. Поскольку он никогда не упоминал об этом, то, вероятно, не был свидетелем действий от пятидесяти до ста (мнения расходятся) курсантов мексиканской военной академии, которые стали знаменитыми мексиканскими Героями. * Шесть из них сражались насмерть, а последний мальчик, Хуан Эскутиа, завернулся в мексиканский флаг, развевавшийся над Чапультепеком, и бросился с парапета навстречу своей смерти, вместо того чтобы позволить ему попасть в руки ненавистных янки. Пока Ли наблюдал за тем, как над Чапультепеком вместо мексиканского флага поднимаются звезды и полосы, пятьдесят пленных солдат батальона дезертиров Святого Патрика, приговоренных к смерти, были повешены, простояв два часа на солнцепеке с петлей на шее, пока шло сражение. Тридцать из них были повешены на виду у всего сражения, каждый из них стоял на заднем сиденье телеги, запряженной мулами, со связанными за спиной руками, а петля уже была прикреплена к огромной длинной перемычке огромной виселицы, построенной для этой цели на вершине невысокого холма, обращенного к крепости. В тот момент, когда американский флаг был поднят над облаком черного дыма вокруг Чапультепека, погонщики подстегнули мулов, и дезертиры упали навзничь под радостные крики своих бывших товарищей по оружию.
Несмотря на множество обычных патриотических картин, изображающих штурм Чапультепека, во всем этом эпизоде присутствует некий гойеский ужас - и в мальчиках-солдатах, и в повешении дезертиров, не говоря уже о штыковой атаке мексиканских солдат, пытавшихся сдаться в плен.