Макклеллан был технически таким же хорошим генералом, как и Ли, возможно, даже лучше, и он не был трусом, не боялся потерь. Но он не наслаждался битвой; она не вдохновляла и не захватывала его, как Ли или, скажем, Наполеона. Конечно, жизнерадостность Ли, наблюдавшего за тем, как войска Союза тревожными массами продвигаются по холмам перед ним к ручью Антиетам, можно объяснить только его предвкушением хорошей битвы. Все отмечали его спокойное хорошее настроение 16 сентября, даже когда по направлению к Антиетам-Крик двигались, казалось, бесконечные голубые колонны федеральных войск.
В полдень облако пыли на дороге, ведущей от Потомака к Шарпсбургу, возвестило о прибытии Джексона, только что одержавшего победу при Харперс-Ферри, а за ним - ряды его войск. Даже такой сдержанный генерал, как Ли, должно быть, почувствовал определенное облегчение, когда пожал руку Джексону, что его численность скоро удвоится, хотя разрозненность, потери, дезертирство и простое истощение означали, что на следующий день у него будет не более 38 000 человек, чтобы противостоять 75 000 федералов.
К счастью для Ли, Макклеллан не смог составить четкий план атаки и даже отдать письменный приказ своим генералам. Он выразил лишь довольно туманное намерение "провести главную атаку на левый фланг противника - по крайней мере, создать отвлекающий маневр в пользу главной атаки, с надеждой на что-то большее, атаковав правый фланг противника, и как только одно или оба фланговых движения будут полностью успешными, атаковать их центр с любым резервом, который я мог бы иметь в руках". Он не предпринял никаких усилий, чтобы выяснить, можно ли перейти ручей Антиетам вброд, или выяснить, каковы позиции Ли. Разрабатывая свою идею - атаковать Ли слева, затем справа, а затем, если одна или обе атаки окажутся успешными, возможно, атаковать центр Ли, если в этот момент там будут находиться войска Союза, - Макклеллан сильно недооценил гений Ли и компетентность Лонгстрита и Джексона. Если бы Макклеллан сделал мощный выпад в сторону Шарпсбурга, используя свое численное превосходство, в любое время до полудня 16 сентября, когда войска Джексона только начали выдвигаться на позиции, он мог бы сокрушить силы Ли простым весом численности; но, вновь преодолев осторожность, Макклеллан ничего не предпринял, и к середине дня Ли прикрыл его слева, поставив войска Джексона на позиции, которые вскоре станут известными в военной истории: Северный лес, Западный лес, ферма Миллера, "кукурузное поле", церковь Дункера, "Кровавый переулок". Выше и позади крайнего левого фланг Джексона Ли разместил конную артиллерию Стюарта. Вскоре Ли получил линию, протянувшуюся почти на пять миль, с сонным городом Шарпсбург в центре и сетью дорог и проселочных дорожек за ней, что позволило бы ему быстро перебрасывать части с одного фланга на другой, чтобы встретить атаку федералов в любом месте, когда они пересекут ручей Антиетам, и, возможно, свести на нет превосходство Макклеллана в численности. Тасуя полки и бригады, как мастер азартных игр, Ли был в состоянии противостоять чему угодно, кроме генерального наступления, которое, как следует из описания Макклелланом того, как он собирался вести сражение, было последним, что он имел в виду.
Федеральная артиллерия уже вела бодрый огонь, когда Ли проходил через Шарпсбург, равнодушный, как всегда, к разрывам, раздававшимся вокруг него. "Ведя Тревеллера за уздечку, он приостановился, чтобы предупредить артиллеристов Конфедерации "не тратить боеприпасы на пустую дуэль с федеральными батареями". По направлению выстрелов он, должно быть, уже догадался, что слева от него идет атака федералов. К тому времени, когда он снова сел на коня, он услышал мушкетный огонь: авангард корпуса генерал-майора Джозефа Хукера из трех дивизий начал приближаться по Хагерстаун Пайк, ведя перестрелку с дивизией техасцев Джона Белла Худа. Хукеру было уже поздно предпринимать серьезную атаку, но его появление в полном составе на крайнем левом фланге линии Конфедерации дало Ли понять, где утром начнется бой.
В 4:30 утра Ли уже не спал и предупредил бригадного генерала Уильяма Пендлтона, командующего артиллерией, чтобы тот прикрыл броды через Потомак своей резервной артиллерией на случай, если армии придется отступать. Возможно, это было связано с тем, что дивизии Маклауза и Андерсона все еще находились на дороге из Харперс-Ферри. К рассвету Ли должны были понадобиться все люди, которых он мог получить, какими бы истощенными и изможденными они ни были. И даже тогда существовал серьезный шанс, что его сил может не хватить.
Мушкетный огонь "скирмишеров" Хукера * начался еще до рассвета. К шести часам утра корпус Хукера обрушился на левый фланг конфедератов, вынуждая Ли перебрасывать все больше и больше людей из центра и справа, чтобы предотвратить прорыв федералов. Готовность Ли идти на большой риск говорит о том, что он спокойно разделил свою правую часть, чтобы встретить кризис слева. Если бы Макклеллан предпринял атаку справа от Ли в то самое время, когда войска Хукера оттесняли Худа через Кукурузное поле к Данкер-Черч, вся позиция Ли под Шарпсбургом могла бы рухнуть, но, возможно, Ли уже чувствовал, что Макклеллан не полностью контролирует ход сражения. Многочисленные холмы и гряды, а также резкие изгибы и лесистые берега ручья разбивали местность вокруг Шарпсбурга на три отдельных поля боя. Ли, который скакал с одной стороны сражения на другую, пользуясь внутренними линиями, имел четкое представление обо всем сражении. Макклеллан, напротив, решил создать постоянный штаб в миле за ручьем Антиетам. В результате он позволил своему сражению распасться на три несогласованные части: одну слева от Ли утром, одну в центре около полудня и одну справа во второй половине дня. Если бы Макклеллан поскакал вперед и сумел провести хотя бы две из этих мощных атак одновременно, он, возможно, смог бы вытеснить Ли из Шарпсбурга и отступить за Потомак, но к полудню он позволил этой возможности ускользнуть.
Несмотря на это, рано утром произошел один из самых кровопролитных боев за всю войну: артиллерийский огонь и массированная стрельба из мушкетов срубили кукурузные стебли и деревья, а вместе с ними и ряд за рядом людей, которые лежали так аккуратно, словно их скосили косой. Даже "Боевой Джо" Хукер, большой любитель выпить и отъявленный ловелас, * едва ли поэтическая душа, который, по словам Гранта, был "опасным", а также "непокорным", описал эту сцену с глубоким чувством, о котором большинство людей и не подозревали: "Каждый стебель кукурузы в северной и большей части поля был срезан так близко, как только можно было сделать ножом, и убитые [конфедераты] лежали в рядах точно так же, как они стояли в своих рядах за несколько мгновений до этого". Это была бойня с обеих сторон, когда штурм за штурмом проходил по телам убитых и раненых под непрерывным артиллерийским огнем с близкого расстояния и непрекращающимся мушкетным огнем, и все это в туманной дымке, освещенной яркими вспышками выстрелов и разрывами снарядов. Люди стреляли до тех пор, пока их оружие не загрязнялось сгоревшим порохом или не кончались боеприпасы, а затем сражались штыком или использовали оружие в качестве дубинок. В некоторых полках потери достигали почти 70 процентов. Даже техасцы Худа в конце концов были отброшены назад, пока федералы продвигались к церкви Данкер. Около 7:30 утра, осматривая местность, Ли сообщили, что без подкреплений "день может быть потерян". Он ответил, мягко, но твердо: "Не волнуйтесь, полковник; идите и скажите генералу Худу, чтобы он держался на месте, подкрепления сейчас быстро прибывают между Шарпсбургом и бродом".
Невозмутимость Ли была одним из важнейших оружий Армии Северной Вирджинии: его вежливый вид и видимое отсутствие страха вблизи линии огня воодушевляли солдат и, несомненно, пристыдили многих солдат, испытывавших страх, заставив их вести себя мужественно. У него не было наполеоновского таланта к драматическому жесту; вместо этого войска поражала бесстрастность Ли: его спокойное мужество и уверенность в победе. Тем не менее, в течение дня был один момент, когда Ли все же позволил своему гневу вырваться наружу. Он по-прежнему был обеспокоен медлительностью войск, шедших из Харперс-Ферри к месту сражения, и был взбешен растущим числом отставших и дезертиров именно тогда, когда ему нужен был каждый человек. Скача вперед к Данкер-Черч, он столкнулся с конфедератом из войск Джексона, который возвращался с линии огня в свой лагерь, неся тушу украденной свиньи. Побледнев, Ли резко приказал "отправить этого человека к Джексону с приказом застрелить его в качестве предупреждения для армии и поскакал дальше". В итоге Джексон, знавший своих людей лучше, чем Ли, приказал не расстреливать солдата, а отправить его в самую горячую часть сражения. Солдат так отличился, что Джексон простил его. Верный помощник Ли полковник Лонг, обычно не склонный к шуткам в адрес Ли, заметил: "Можно сказать, что, хотя [солдат] потерял свою свинью, он "спас свой бекон"". Лонг также вспомнил, что это был один из двух случаев за всю войну, когда Ли действовал в "горячей страсти". Ли, отметил он с некоторой клинической отстраненностью, "не отличался вспыльчивостью, а, напротив, был человеком решительного характера и сильных страстей; однако он настолько полностью контролировал себя, что мало кто знал, чтобы он когда-либо отклонялся от привычного спокойного достоинства облика".
Хотя Ли по-прежнему считал, что его работа заключается лишь в том, чтобы доставить войска в нужное место и предоставить решение вопросов генералам, Шарпсбург был даже в большей степени сражением Ли, чем Второй Манассас. Ли ввел армию в Мэриленд, отрядил Джексона взять Харперс-Ферри вопреки совету Лонгстрита и выбрал Шарпсбург местом сосредоточения своих сил и сражения с Макклелланом; он даже провел часть раннего утра, расставляя артиллерийские батареи там, где ему было нужно, - это было полной противоположностью "генеральскому бездействию". Возможно, уверенность Ли в своих силах росла, или он просто не осознавал, насколько жестко контролирует каждый аспект своих сражений, но и рассказ Лонга, и собственный отчет Ли о сражении в Ричмонде ясно показывают, что он был знаком с каждым подразделением своей армии и всеми командирами, и что он был не только вдохновителем сражения, но и человеком, ответственным за каждое решение. Лонг, находившийся рядом с Ли, также дает понять, как сильно рисковал Ли, бросая большую часть своих сил влево: "Конфедераты, продвинувшиеся примерно на милю, постепенно были отброшены на исходную позицию. Макклеллан теперь направил свою главную атаку на левый фланг Ли, надеясь оттеснить его назад, чтобы проникнуть между ним и рекой и взять позицию конфедератов в обратном направлении. . . . Все силы Конфедерации, за исключением дивизии Д. Р. Джонса, находившейся на крайнем правом фланге, были теперь задействованы".