Ли без труда утвердил свою власть над студентами Вашингтонского колледжа. В конце концов, он уже справлялся с кадетами в Военной академии США. В Лексингтоне, как и в Вест-Пойнте, он был терпелив, тверд и пользовался глубоким уважением. Он не пытался навязать какую-либо военную дисциплину. Это была не VMI (которая находилась совсем рядом), и он не готовил молодых людей к офицерской службе. Тем не менее, его бдительный взгляд и то, что он знал сильные и слабые стороны каждого из своих студентов, были теми же качествами, которые сделали его таким восхитительным командиром в Вест-Пойнте. Он был не столько строгим, сколько мудрым и просвещенным дисциплинатором, но, как только он принял решение, от него не было отбоя, и, кроме того, он требовал постоянных и максимальных усилий, абсолютной правдивости и манер джентльмена, а также впечатляющего самоконтроля. Уже через год после его вступления в должность президента число студентов увеличилось с примерно 100 до почти 400, * учебная программа была смело обновлена и расширена, а финансы колледжа были в безопасности.
Конечно, Ли никак не мог оградить своих учеников от последствий поражения или от нарастающей волны Реконструкции - неизбежно возникали "инциденты". Страсти, разделявшие Север и Юг, не утихали, и даже Ли не мог оградить "своих молодых людей", многие из которых были ветеранами армии Конфедерации, от случайных конфликтов с федеральными властями или навязать им ту "покорность", которую он сам себе навязал. Ему удавалось развенчивать случайные слухи о том, что он собирается баллотироваться на пост губернатора, и он старался не допускать, чтобы вокруг него, даже в его собственном доме, высказывались мнения, которые могли бы разжечь северян. Целью Ли - как и Гранта - было сохранение мира и восстановление Союза.
Это была непростая задача. Ученики Ли, как и сам Ли, признавали, что война проиграна, но они не принимали право федерального правительства искоренять древние южные институты и расовые представления. Ли без колебаний пожал руку чернокожему, а когда другой чернокожий вошел в церковь Святого Павла в Ричмонде и подошел к перилам алтаря, чтобы принять причастие перед шокированной, возмущенной, молчаливой белой паствой, Ли поднялся со своей скамьи, подошел к этому человеку и опустился рядом с ним на колени. Ли был полон решимости относиться к чернокожим с тем же достоинством и вежливостью, что и ко всем остальным, но это не означало, что он признавал их полное равноправие. Под присягой он заявил, что не считает их "способными разумно голосовать", а также что "для Вирджинии будет лучше, если она сможет от них избавиться", хотя и добавил, что всегда верил в "постепенную эмансипацию". Ключевое слово здесь, конечно, "постепенная". Как и его ученики, Ли не до конца понимал, что поражение Юга приведет к разрушению традиционной южной социальной системы, перестройке, которая должна была отдать предпочтение черным перед белыми в политическом плане и стереть социальные барьеры между расами, и его ученики все еще были менее склонны принять эту политику, чем он сам. С другой стороны, "постепенная эмансипация" - это не то, чего хотели сторонники реконструкции Севера, и они не были готовы ждать, пока эти изменения будут происходить постепенно, по воле Божьей, в свое благое время, как это делал Ли.
При таких обстоятельствах неудивительно, что его пребывание в Вашингтонском колледже было отмечено как минимум четырьмя расовыми инцидентами, которые привлекли большое внимание на Севере. В первом случае речь шла о четырех студентах, один из которых был обвинен в избиении вольноотпущенника пистолетом во время гневного спора - не совсем студенческая шалость. Вторая, более серьезная ссора, известная как "дело Джонстона", произошла между группой студентов и вооруженным северянином, который выражал сильную симпатию к чернокожим. Третьей проблемой стала жалоба северянки, обучавшей чернокожих детей, на то, что ученики оскорбляли и преследовали ее, называя "проклятой сукой янки, учителем черномазых". Четвертый инцидент произошел из-за обвинения в том, что некоторые студенты колледжа задержали "негритянского юношу", который застрелил и ранил одного из сыновей судьи Брокенброу, и повели его к зданию суда с петлей на шее с явным намерением линчевать его.
Ли тщательно расследовал все эти инциденты - все они оказались преувеличенными - и удалил тех, кого признал виновными (обвинение школьной учительницы в том, что оскорблявшие ее люди были студентами Вашингтонского колледжа, проверить не удалось). Но он получил нежелательное внимание северной прессы. Не менее известный аболиционист Уильям Ллойд Гаррисон обвинил его в том, что он руководит "школой для бунтовщиков" и не годится для управления учебным заведением. Гаррисон жестоко усомнился в способности "побежденного предводителя повстанческих армий" учить своих учеников верности Союзу, "который он так недавно пытался разрушить!". Ли, который мог бы оказаться в плену в форте Монро рядом с Джефферсоном Дэвисом, если бы не вмешательство генерала Гранта, не поддался искушению ответить или оправдаться. Тем не менее, эти проблемы иллюстрируют глубину горечи, царившей с обеих сторон между Севером и Югом, и ту тонкую грань, которую приходилось преодолевать Ли, чтобы поддерживать функционирование колледжа. Ли был безразличен к собственной репутации, но его характер "джентльмена и христианина" был таков, что защищал колледж и даже заслужил похвалу аболициониста Генри Уорда Бичера, чья сестра Гарриет Бичер-Стоу была автором "Хижины дяди Тома". Бичер сказал нью-йоркской аудитории, что Ли "имеет право на все почести", и похвалил его за то, что он посвятил себя "священному делу образования".
Несмотря на все давление, Ли дал показания на суде над Джефферсоном Дэвисом в Ричмонде. Он даже принял приглашение Гранта навестить его в Белом доме. Помимо всего этого, Ли, похоже, вернулся к спокойной домашней жизни, которая всегда доставляла ему огромное удовольствие. Хотя миссис Ли не могла пересечь комнату без помощи костылей, дом всегда был полон; его дочери часто бывали дома, чтобы составить ему компанию; он и Милдред, когда она была дома, вместе ездили верхом, причем Милдред ездила на Люси Лонг, кобыле, которую подарил ему Джеб Стюарт. Лошадь была потеряна и предположительно захвачена федералами весной 1864 года, но была возвращена Ли в 1866 году. Дочери Ли с удовольствием катались на коньках, когда замерзали пруды, и у них было много кавалеров, чтобы развлечь их, но не было серьезных женихов, чтобы беспокоить их отца. Милдред, прирожденная любительница животных, коллекционировала кошек, в том числе и Тома Ниппера, который до переезда в дом воспитывался в конюшне рядом с клеткой Путешественника. Через 122 года Том Ниппер станет главным героем романа "Путешественник" Ричарда Адамса, автора "Уотершип Даун".
Ли часто брал миссис Ли в один из спа-салонов в окрестностях Лексингтона, поскольку купание в водах было для нее единственным спасением от постоянных болей. Они оба наслаждались светской жизнью. Ли всегда был наиболее счастлив в хорошей компании, поэтому кажется печальным, что лучшую часть своей жизни он провел в качестве солдата. Несмотря на катастрофу поражения и его последствия для его любимой Виргинии, годы с 1866 по 1870-й кажутся одними из самых счастливых в его жизни, и это был период, когда грозный герой превратился в гораздо менее величественную и менее удаленную фигуру. Он оставался любящим отцом и мужем, с сильным интересом к сельскому хозяйству и дразнящим, ласковым чувством юмора, очень похожим на человека, за которого вышла замуж Мэри. Те, кто встречал его тогда, описывали его как яркого и жизнерадостного человека, и, несмотря на трепет, с которым к нему относились, он, похоже, проводил время так хорошо, как только позволяло его здоровье. Но не было никаких сомнений в том, что его здоровье ухудшается, а боли в левой руке и груди, которые приписывали ревматизму, на самом деле были стенокардией, сигнализирующей о закупорке артерий и неработающем сердце. Его ухудшение было настолько заметным, что правление и профессора Вашингтонского колледжа постоянно призывали его взять отпуск, чему он вежливо противился. Несмотря на это, Ли испытывал постоянные боли, и ходить ему становилось все труднее. Его объем работы оставался таким же огромным, как и прежде: он завершал пересмотренное и исправленное издание книги своего отца "Мемуары о войне в Южном департаменте", что было не столько любовью, сколько долгом; руководил быстро развивающимся колледжем; с перерывами работал над историей своих кампаний, продолжая лично заботиться о моральном благополучии своих студентов и ведя поистине поразительную по объему переписку, причем всю ее он вел собственноручно.
Когда он наконец согласился взять отпуск, к которому его так долго все подталкивали, это был важный выбор. В сопровождении своей дочери Агнес он решил посетить могилу своей дочери Энни, расположенную недалеко от Уайт-Сулфур-Спрингс. Это было паломничество, которое он давно хотел совершить, и, хотя расстояние было не очень большим, оно потребовало от Ли его слабеющих сил. До Ричмонда он добирался два дня на лодке и поезде. То, что когда-то было для него легкой поездкой, теперь было сопряжено с трудностями, которые усугублялись количеством людей, узнавших его. В Лексингтоне люди привыкли к нему, но по мере приближения к Ричмонду его путешествие стало напоминать римский триумф или средневековый ход, привлекая внимание общественности, которая еще больше утомляла его. Сенат Вирджинии "единодушно предоставил ему слово", от которого он вежливо отказался; толпы ждали у его отеля; его завалили приглашениями. Он принял визит полковника Джона С. Мосби, скандального кавалерийского лидера Конфедерации * , чьи нападения на линии снабжения Союза однажды заставили Гранта приказать Шеридану повесить "без суда и следствия" любого из людей Мосби, не одетых в узнаваемую форму. Мосби вернулся, прихватив с собой неохотно идущего Пикетта. Ли был рад видеть Мосби, но, как говорят, встретил Пикетта с ледяной вежливостью. Что касается Пикетта, то, оказавшись за пределами комнат Ли, он повернулся к Мосби и сказал: "Этот старик устроил резню моей дивизии в Геттисберге". Мосби уже помирился с Грантом, и есть некоторые споры о том, верно ли его описание этой встречи. Однако представляется вероятным, что Ли уже слышал об обвинении Пикетта; действительно, Пикетт сделал почти такое же замечание непосредственно Ли вскоре после провала атаки, и Ли вполне мог обидеться на его присутствие.