Роберт вернулся в Вест-Пойнт в конце августа 1827 года, чтобы начать третий год обучения. Прежде всего, это было добавление "естественной философии", как тогда называли физику, и химии - предметов, которые ему нравились, а также тактики на уровне батальона и введение в артиллерию. Он продолжал много читать для собственного удовольствия, хотя на время его интерес к Наполеону был вытеснен смешанным мешком чтения, ни одно из которых не было легким: Макиавелли, Александр Гамильтон, Руссо (в оригинале на французском), биография Джона Пола Джонса, работа по навигации, еще одна по астрономии и еще одна по оптике. Неудивительно, что на протяжении всей жизни Ли удивлял людей своими познаниями в предметах, далеких от военной инженерии или тактики, или что в последние годы жизни он превратился, казалось бы, без особых усилий, в отличного президента колледжа. Каким бы еще он ни был, он никогда не был узким солдатом - его интеллектуальное любопытство всегда было интенсивным и обоснованным, но, как и его чувство юмора, тщательно скрываемым.
Несмотря на амбициозную программу чтения, Ли закончил третий год обучения в Вест-Пойнте под номером два "в списке общих заслуг"; Чарльз Мейсон, казалось, всегда опережал его на экзаменах всего на несколько баллов. На последнем курсе Роберт был назначен адъютантом корпуса - высшее звание, которого мог достичь кадет; это добавило ему обязанностей и необходимости постоянно поддерживать совершенство в себе, строевой подготовке и поведении. Тяжелый курс обучения в первые три года пребывания кадета в Вест-Пойнте был лишь подготовкой к грозному испытанию четвертого года, когда к и без того переполненной учебной программе добавились более углубленная военная подготовка и инженерное дело.
Пожалуй, самой насыщенной частью его обучения был курс военной науки, который включал в себя "полевую фортификацию, постоянные укрепления, артиллерийскую науку, великую тактику, гражданскую и военную архитектуру", и который преподавался по трем грозным французским учебникам. Этот курс особенно заинтересовал Роберта, и он преуспел в его изучении. Его знания о "полевой фортификации", полученные из двухтомника С. Ф. Гая де Вернона "Учебник военного искусства и фортификации, для использования учащимися политехнической школы и военного училища", пригодятся ему в Гражданской войне. Роберт Э. Ли стал тем редким генералом, который объединил в себе две формы военного гения - он был одаренным и опытным инженером, способным планировать и строить укрепления в огромных масштабах, и в то же время мастером маневра, способным быстро перемещать большую армию и обходить противника в полевых условиях.
Должность адъютанта корпуса в конце концов дала Роберту привилегию переехать из казармы в гостиницу Коззена, где он мог заниматься до поздней ночи, задолго до положенных десяти часов "отбоя". Наконец, 1 июня начались строгие выпускные экзамены; они продолжались две недели, что, надо полагать, было изнурительным испытанием как для курсантов, так и для экзаменаторов. Интересно отметить, что одним из группы приглашенных экзаменаторов был генерал Пьер Ван Кортландт из знатной семьи графства Датчесс, еще одна из тех связей между XVIII и XIX веками, который изучал право у Александра Гамильтона, а в качестве командира ополчения "назначил [романиста] Джеймса Фенимора Купера одним из своих помощников". Как это часто случалось с Робертом Е. Ли, его связь с Революционной войной была широко распространена и глубоко прочувствована; она никогда не могла показаться сыну легкой лошади Гарри Ли простой историей, и это, наряду с его естественной склонностью отождествлять себя с южным прошлым, его стандартами благородства и традициями, которые были его собственными, заставляло его с легким подозрением относиться к новому и шумному миру, который быстро зарождался на Севере: мир стремительной индустриализации, масштабной иммиграции и массовой демократии, в отличие от благородной сельскохозяйственной олигархии, в которой жили, служили своей стране и процветали Лисы.
На выпускных экзаменах Роберт набрал 1 966½ баллов из 2 000 возможных за поведение, получив отличные оценки по артиллерии и тактике, что позволило ему занять второе место в классе, как всегда на несколько баллов отстав от Чарльза Мейсона. Тем не менее, это был выдающийся результат, благодаря которому он получил право быть зачисленным в инженерный корпус, в то время самое престижное и интеллектуально требовательное подразделение армии США, для которого его научные и математические способности подходили лучше всего.
По окончании школы - в те дни в Вест-Пойнте не устраивали грандиозных официальных мероприятий, и фуражки не подбрасывали высоко в воздух - второй лейтенант Роберт Э. Ли (Robert E. Lee, U.S.A.) отправился на пароходе на юг, в Нью-Йорк, чтобы получить двухмесячную увольнительную, а оттуда на поезде в Виргинию, где его ждала семейная трагедия.
Хотя Дуглас Саутхолл Фримен утверждает: "Его характер уже был сформирован, а личность развита", это вряд ли было правдой в момент его отъезда из Вест-Пойнта. Ли было чуть больше двадцати двух лет, красивый, подтянутый молодой человек ростом пять футов десять дюймов, широкоплечий и узкобедрый, его фигуру подчеркивала военная форма; но его характер ни в коем случае не был "сформирован" в этот момент его жизни, как и его образование как солдата, которое едва ли было начато. Ли еще не испытал ни любви, ни глубокой личной утраты, хотя ему предстояло пережить последнее; не наложила на него свой отпечаток и жизнь, полная разочарований, леденяще медленного продвижения по службе и растущего напряжения между его собственным южным образом жизни и его страной. Как солдат, он еще не испытал ни обстрелов, ни приказов, которые наверняка стоили жизни некоторым из тех, кем он командовал, ни возвышения от победы над страхом - или хотя бы над сомнением в себе, поскольку Ли обнаружил, что он один из тех счастливчиков, одаренных инстинктивным мужеством, - и признания себя героем. Как мужчина, он еще не испытал радости и боли брака и отцовства, а как американец - не мог даже представить себе глубину грядущей трагедии, в которой ему предстояло сыграть столь важную роль. Ли, о котором мы привыкли думать, - усталый, торжественный, исполненный достоинства в победе и в поражении, неистовый в действиях, несущий на своих плечах ответственность не только за армию, но и за нацию, а также за честь ее дела, - конечно, еще не существовал: он формировался под влиянием и слоями хорошего и плохого опыта в течение трех последующих десятилетий, как жемчужина внутри своей раковины. Самое большее, что можно сказать о молодом втором лейтенанте Ли, когда он возвращался домой в Вирджинию со своим чемоданом, - это то, что у него были задатки выдающегося солдата, технические знания, которые сделают его опытным инженером-строителем, разрабатывающим грандиозные проекты, а также моральный облик и чувство чести, которые будут поддерживать его на протяжении всей его жизни. На этом уже можно построить многое.
К тому времени, когда Роберт вернулся домой, его мать уже умирала. "Моя болезнь непобедима", - написала она его брату Сиднею Смиту Ли за два года до того, как Роберт окончил Вест-Пойнт, и давно уже смирилась с неизбежным, как и ее родственники, которые мудро воздерживались от того, чтобы обнадеживать ее ложными надеждами. Она остановилась в Равенсворте, дворцовом доме своего кузена Уильяма Фицхью, с максимальным комфортом, и Роберт сразу же вернулся к своей роли ее сиделки и компаньона. "Когда он выходил из ее комнаты, ее взгляд следовал за ним, и она неотрывно смотрела на дверь, пока он снова не входил". Она умерла через несколько недель после его возвращения, в возрасте пятидесяти шести лет, и была похоронена в Рэйвенсворте.
Роберт, несомненно, провел некоторое время в трауре, занимаясь мучительным делом оформления скромного наследства своей матери. Его сестра Энн вышла замуж за Уильяма Маршалла, священнослужителя из Балтимора, который был двоюродным братом председателя Верховного суда Джона Маршалла; вскоре Уильям сменил профессию и стал успешным адвокатом. Брат Роберта Сидни Смит Ли был в море, а его сестре Милдред было всего девятнадцать лет, поэтому ответственность за исполнение желаний матери легла в основном на Картера и Роберта. Анне мать оставила свою чернокожую служанку и ее младенца, а также еще трех рабов, а Милдред - пожилого чернокожего кучера и домашнего слугу Ната. Рабы, разумеется, были собственностью, которую можно было оставить наследникам, как и каретных лошадей, карету, фарфоровый чайный сервиз, столовое серебро и салфетки. Трастовый фонд миссис Ли, на доходы от которого она экономила, чтобы дать образование сыновьям и подготовить дочерей к замужеству, был разделен между ее детьми: 10 000 долларов каждой из девочек, 3 000 долларов каждому из мальчиков.