Генерал Скотт назвал переправу Ли через Педрегал "величайшим подвигом физического и морального мужества" за всю кампанию, но заслуги Ли на поле боя едва начались. Несмотря на вес Скотта и его грузную манеру поведения, генерал дал наглядный урок того, как быстро одержать победу. Как только он увидел, что мексиканцы разбиты к западу от Педрегаля, Скотт отвел основную часть своих войск на восток и направил их по дороге на Акапулько для атаки на Сан-Антонио, а тех, кто остался к западу от лавового поля, заставил атаковать на севере - хорошо выполненное движение "клещи", осуществленное, несмотря на истощение людей. Он послал Ли вперед, чтобы разведать дорогу на север. Ли поскакал вперед и обнаружил, что Санта-Анна оставил тщательно подготовленную позицию у Сан-Антонио и занимает энергичную позицию у Чурубуско, примерно в двух милях к северу, в то время как большая часть его дезорганизованных сил отступила в Мехико. Центром мексиканской позиции был сильно укрепленный монастырь к юго-западу от канала Чурубуско, защищавший хорошо спланированный плацдарм, вокруг которого был вырыт "глубокий, влажный ров", почти как ров.
Скотт решил сразу атаковать мексиканскую позицию, а две дивизии направить в атаку к северу от канала, чтобы отрезать противнику путь к отступлению. Он поручил Ли, который выехал вперед и тщательно изучил позицию, возглавить эти две дивизии и выбрать для них позицию, несмотря на то что Ли был всего лишь капитаном инженерных войск. Сам Ли описал последовавшие за этим действия в письме к Мэри: "Обнаружив большую массу пехоты на мосту Чурубуско и опасаясь огня с батарей для защиты тыла, я двинулся в сторону города Мехико, пока не достиг деревушки на мексиканской дороге примерно в трех четвертях мили в тылу моста". На дороге находилась "масса" кавалерии, и поскольку американские войска "образовали линию" под косым углом к дороге, мексиканцы отодвинули свою линию дальше вправо, чтобы не быть обойденными с фланга. "Наши войска теперь были в горячем бою и несколько потеснены, - писал Ли, - я вызвал вперед гаубичную батарею... [которая] очень быстро обрушила орудия на голову колонны с хорошим эффектом".
Тем не менее, американцы "сильно уступали в численности", поэтому Ли поскакал обратно к Скотту, чтобы попросить подкрепления. Он привел их туда, где разгорелся бой, но из-за болотистой местности они все равно не смогли обойти мексиканцев с фланга, и им ничего не оставалось, кроме "лобовой атаки на дорогу", в которой Ли принял участие под непрерывным сильным огнем. Как раз в тот момент, когда американцы достигли дороги, войска, находившиеся к югу от канала Чурубуско, захватили монастырь и плацдарм, и противник был разбит, а оставшиеся в живых отступили в Мехико. Бой у укрепленного монастыря был особенно кровопролитным, поскольку его защищали 204 оставшихся бойца "батальона Сан-Патрисио (Святого Патрика)", состоявшего из дезертиров из армии США, в большинстве своем ирландских католиков, которые считали, что их притесняют и преследуют из-за их религии, и не ожидали пощады, если сдадутся или попадут в плен. Они ее и не получили: пятьдесят человек, выживших в ожесточенных рукопашных схватках внутри монастыря, были повешены, в том числе один, потерявший обе ноги, которого везли на каталке от больничной койки до виселицы.
Ли находился в пешем или конном строю более тридцати шести часов без отдыха, трижды пересекал Педрегаль и участвовал в трех сражениях. Его начальники, в кои-то веки согласные друг с другом, присоединились к восхвалению его "мастерства... и личной смелости" (Смит), его "ценных услуг" (Твиггс), его "мастерства и рассудительности" (Шилдс). Скотт добавил, что Ли "отличался как искусным исполнением, так и наукой и смелостью". Он получил повышение в звании до подполковника. Ни один другой офицер во время Мексиканской войны не получал такой всеобщей похвалы и не завоевывал такого всеобщего восхищения. Легенда о Ли зародилась в Чурубуско и вознесла Ли на самую высокую ступень военной славы - хотя, конечно, не так, как он мог бы предсказать. Кроме того, близкие отношения с обычно неприступным главнокомандующим дали ему редкое понимание требований командования армией, необычное для офицера его ранга.
Несмотря на череду побед, Скотт не решался атаковать Мехико. За последние несколько дней сражения он потерял более 1000 человек, но даже несмотря на то, что один импульсивный американский кавалерийский офицер проскакал до ворот Сан-Антонио, самых южных из укрепленных ворот в городской стене (и потерял руку за свои мучения), Скотт не понимал, как он сможет взять и удержать город с населением почти в четверть миллиона человек со своими истощенными и измотанными силами. Скотт никогда не считал, что цель его кампании - взять и занять Мехико; скорее, цель заключалась в том, чтобы заставить мексиканцев подписать мирный договор, признав окончательную потерю почти трети своей национальной территории. Когда через несколько дней после поражения при Чурубуско они неожиданно попросили о перемирии, Скотт с радостью согласился, полагая, что это первый шаг к миру.
Генерал разместил свою штаб-квартиру в Такубайе, "приятной деревушке, где многочисленные богатые члены английской колонии в Мехико держали летние дома", а участники переговоров долго спорили над предложенным договором, пока через двенадцать дней не стало ясно, что не удастся найти формулу, которая удовлетворила бы президента Полка и мексиканское правительство. Военные действия возобновились 7 сентября. Многие солдаты (и будущие историки) критиковали Скотта за эту задержку, но они недооценили потери Скотта, а также тот факт, что он находился в 280 милях от своей базы, без надежных средств связи и снабжения, и, прежде всего, его веру в то, что его миссия заключалась в "завоевании мира". Ли, который, несомненно, как никто другой был близок к главнокомандующему, не стал с ним не соглашаться.
Своеобразная география Мехико создавала уникальную проблему для любого нападающего. В те времена сам город находился "на слегка возвышенной местности" и был окружен болотистыми полями. Единственные подступы к столице проходили по приподнятым, прямым и узким дамбам. Наступление по любому из них поставило бы войска в положение уток в тире, к тому же они подвергались бы перекрестному обстрелу со стороны укрепленных городских ворот. Американская армия была размещена таким образом, что наиболее удобный подход к городу осуществлялся по трем дамбам, идущим с юга на север. Два пути, подходившие к городу с юго-запада и запада, были еще более сложны тем, что над ними возвышался крутой холм высотой 220 футов менее чем в двух милях от штаба Скотта. Когда-то холм был священным местом для ацтеков, и на его вершине возвышался массивный "неоромантический" замок, превращенный в мексиканскую военную академию. Чапультепек, к которому вела зигзагообразная дорога, поднимающаяся по отвесной скале и окруженная у основания высокой каменной стеной, выглядел грозным препятствием, которое мексиканцы почти наверняка будут защищать с особым рвением из-за его символического значения.
Прежде чем Скотт решил, как лучше взять Мехико, он решил атаковать Молино-дель-Рей, крепкое каменное здание у основания Чапультепека, где, как ему сообщили, Санта-Анна отливал бронзовые пушки. Он хотел, чтобы дивизия Уорта предприняла ночную атаку на него, но после бурной сцены Ли удалось переубедить Скотта. Атака началась при свете дня 8 сентября, но результат оказался неутешительным. Ворт атаковал без достаточной артиллерийской подготовки, захватил здание, в котором не было никаких признаков пушечного литейного цеха, и был почти отброшен назад мексиканской контратакой, которая привела к почти 800 американским потерям в одном из самых тяжелых боев войны. Поскольку американцы сохранили здание, они могли заявить о победе, но она оказалась пирровой и стала предупреждением о том, что мексиканская армия, оказавшаяся буквально у ворот собственной столицы, все еще может сражаться с удивительной храбростью.
Молино дель Рей как ничто другое подчеркнуло ценность дара Ли к кропотливой разведке и тщательной расстановке артиллерии перед атакой. Теперь эти способности были использованы для поиска наилучшего способа нападения на Мехико с юга. В сопровождении двух других инженерных офицеров ему удалось подойти "на расстояние мили с четвертью от города" и понаблюдать за тем, что мексиканцы делают для улучшения обороны. Ли был впечатлен и стал нехарактерно осторожным в отношении возможности штурма Чапультепека, но он был убежден, что город может быть взят хорошо скоординированными атаками с юга. Он провел 9, 10 и 11 сентября в непрерывной разведке, почти без отдыха, ища лучшие места для размещения артиллерии; но на "военном совете" в ночь на 11 сентября Скотт окончательно решил атаковать Чапультепек, убедившись, что хорошо проведенный артиллерийский обстрел может выбить мексиканских защитников из крепости, и что после захвата Чапультепека, с вершины которого открывается вид на западную стену города, Мехико будет открыт для продолжительной атаки. С размещенной на нем американской артиллерией холм будет доминировать над двумя западными подходами к городу, который находился всего в миле от него. Хотя все присутствовавшие офицеры, кроме Борегара (и, в конечном счете, Твиггса), поддержали Ли, выступив против атаки, это показатель уважения, которое они испытывали к Скотту, что они мгновенно согласились с его решением. И здесь Ли кое-чему научился: генерал-командующий всегда должен прислушиваться к мнению старших командиров, но если он принял решение, его нужно слушаться. Как и генерал Скотт, на чей пример он опирался, Ли умел вызывать уважение и даже благоговение у тех, кто с ним не соглашался. Но, как и в случае с предпочтением Ли хороших манер перед прямыми приказами, иногда за это приходилось расплачиваться, как это случилось со Скоттом при Молино-дель-Рей и будет с самим Ли при Геттисберге.