Конечно, уязвимость Ричмонда была справедлива и для Вашингтона - президент Линкольн был не менее обеспокоен тем, что армия Конфедерации может взять Вашингтон, нанеся тем самым смертельный удар по Союзу в глазах всего мира, и по крайней мере три раза за время Гражданской войны это казалось возможным. Сосредоточение значительной части живой силы Конфедерации на узкой территории между двумя столицами стало крупной стратегической ошибкой, допущенной еще до начала боевых действий. Однако и для Ли это казалось естественным решением. Хотя вскоре после прибытия Дэвиса в Ричмонд войска Виргинии были объединены с войсками Конфедерации, что оставляло неопределенным положение и ранг Ли, они с Дэвисом согласились бы в важности Виргинии - даже когда война охватила половину континента, внимание Ли оставалось приковано к той части его родного штата, которую он знал и любил, и был полон решимости защищать любой ценой.
Не все, кто видел его, сразу же обращались в веру. Мэри Чеснат сначала была в экстазе от новости о том, что Ли стал "главнокомандующим в Виргинии", но позже решила, что ей больше нравится его брат Сидней Смит Ли, который ушел в отставку из ВМС США и теперь служил в военно-морском флоте Конфедерации: "Мне больше нравится Смит Ли, - писала она, - и его внешность мне тоже нравится. Я хорошо знаю Смита Ли. Может ли кто-нибудь сказать, что знает его брата? Сомневаюсь. Он выглядит таким холодным, спокойным и величественным".
Холодный, спокойный и величественный - именно таким Ли казался многим людям, но на самом деле это было одним из его достоинств. В Конфедерации было немало других лидеров, которые выглядели свирепо или были полны "страстного накала", по выражению У. Б. Йитса, но Ли возвышался над ними благодаря своему отказу потворствовать эмоциям других людей. Однажды, когда он возвращался с инспекционной поездки в Манассас-Джанкшен, критический пункт для обороны Вирджинии, а также для любого нападения на Вашингтон, чтобы встретиться с президентом и миссис Дэвис, поезд Ли ненадолго остановился в Орандж-Корт-Хаус, где собралась большая толпа и требовала услышать его речь, предвкушая изрядную дозу патриотического южного ораторства. Сначала Ли вообще отказался покидать свой вагон, а когда его все-таки уговорили выступить, он просто сказал аудитории, что "у него на уме гораздо более важные дела, чем произнесение речи". Это было правдой, но не совсем тем способом, который позволяет завоевать "сердца и умы"; кроме того, это нужно рассматривать в контексте середины девятнадцатого века, когда прослушивание речей было формой развлечения. Однако у Ли не было желания вдохновлять добрых жителей Орандж-Корт-Хауса. Его отец, несомненно, произнес бы речь в стиле "рваный стеб", а затем пробился бы сквозь толпу, пожимая руки, принимая тосты и целуя хорошеньких девушек, но главной целью Ли в жизни, осознанно или нет, было по возможности избежать всего того, что сделало Гарри Ли (Light-Horse Harry Lee) одним из самых популярных героев Американской революционной войны. Как и Вашингтон, Ли испытывал инстинктивную неприязнь к "толпе" или ко всему, что имело отношение к "демократии", которая для поколения отцов-основателей подразумевала правление толпы. Менее чем за год его аристократическая сдержанность, безупречная внешность, спокойное и собранное выражение лица и явное безразличие к опасности превратили его в своего рода полубога. Конфедерация не испытывала недостатка в популярных генералах: Стоунволл Джексон, с его свирепостью в бою и многочисленными эксцентриками, был одним; Дж. Э. Б. Стюарт, идеальный кавалерист, был другим; П. Г. Т. Борегар на какое-то время казался воплощением военной броскости, которой Ли не обладал и не нуждался; и многие люди (но не Джефферсон Дэвис) до 1862 года считали, что старый друг Ли Джозеф Э. Джонстон был лучшим генералом. Но после Семидневных сражений летом 1862 года Ли, непроницаемый и неразборчивый, был почитаем как никакой другой генерал, и оставался таковым до самой смерти и на протяжении 150 лет после нее.
Весной 1861 года Ли совершил нечто вроде чуда. За двенадцать дней, прошедших с момента его вступления в командование вооруженными силами Виргинии до 5 мая, крайнего срока, установленного Линкольном, когда те, кто вооружен против Соединенных Штатов, должны были "мирно разойтись по своим домам", Ли создал зачатки армии, с которой следовало считаться, еще не достаточно сильной для наступления, но, возможно, достаточно сильной для защиты Виргинии на всех, кроме нескольких уязвимых, участках. Молодой лейтенант Уолтер Х. Тейлор, вошедший в штаб Ли 3 мая, стал, пожалуй, самым точным летописцем полководческого искусства Ли и его понимания логистики, а также самым близким из его помощников на протяжении всей войны. Тейлор не избежал харизмы Ли: "Меня сразу привлекла и сильно впечатлила его внешность... Он казался солдатом и человеком, рожденным командовать", - писал он, но, не ограничиваясь природным даром Ли создавать впечатление серьезности, Тейлор быстро составил четкое представление о поразительной силе концентрации, терпении и необычайном профессиональном мастерстве своего нового командующего. Тейлор также сразу понял, что Ли ненавидел бесконечную, отнимающую время переписку, с которой ему приходилось иметь дело, несмотря на то, что сам он быстро и неустанно писал письма родным и друзьям. Молодой человек быстро превратил себя в амануэнта своего командира, избавив Ли от часов неблагодарной работы. Ли, по словам Тейлора, "не был удовлетворен, если к концу рабочего дня не решал все вопросы, требующие оперативного внимания", повторяя суждение великого солдата и администратора герцога Веллингтона: "Дела дня должны быть сделаны в течение дня".
Никто лучше Тейлора, который видел почти всю переписку Ли, не мог понять, с какими проблемами он столкнулся. Недостатка в рабочей силе как таковой не было - виргинцы так охотно шли добровольцами на защиту своего штата, что Ли приходилось отказывать тем, кого он не мог вооружить, - но было очень мало организованной подготовки или военного персонала и структуры, необходимых для превращения их в настоящую армию. Предложение бывшего губернатора Уайза сформировать роты снайперов, каждый из которых был бы вооружен собственной винтовкой, из жителей сельских районов Западной Вирджинии, хотя и получило горячую поддержку президента Дэвиса и губернатора Летчера, было типичным проявлением любительского военного мышления, которое Ли считал необходимым пресекать. Как бы ни были искусны стрелки из западной Вирджинии в деле приготовления мяса на стол у себя дома, их винтовки были разных калибров, что усложняло логистические проблемы Ли, и не были оснащены средствами для крепления штыка, в эпоху, когда массовый штыковой удар все еще считался решающим фактором в сражении.
Ли боролся с нехваткой всего, что могло понадобиться его армии. Мушкеты были в таком дефиците, что многим добровольцам выдали гладкоствольные кремневые замки времен Революционной войны, а не более современное ударное оружие. Солдаты, получившие старое оружие, часто чувствовали себя униженными и разгневанными. Почти все остальное также было в дефиците, включая униформу, обувь, кавалерийские сабли и пистолеты, а также палатки, одеяла, лошадей, мулов и повозки - три последние оставались критической проблемой на протяжении всей войны. Тейлор не переставал восхищаться Ли: другу, с которым он работал в Банке Вирджинии до начала войны, Тейлор написал: "О! Мистер Баррот, он - козырь, солдат, джентльмен и, прежде всего, христианин". Тейлор быстро приспособился к рабочему дню Ли, который начинался после раннего завтрака и продолжался до одиннадцати вечера, а также к воздержанным привычкам Ли. Но несмотря на преждевременное преклонение Тейлора перед своим начальником, знал об этом Ли или нет, его роль превратилась в роль опытного военного бюрократа, южного эквивалента Дуайта Д. Эйзенхауэра середины XIX века восемьдесят лет спустя, до того как Айк встал из-за стола и принял на себя активное командование операцией "Факел", вторжением союзников в Северную Африку.