Ли сразу понял необходимость назначить опытного офицера в каждую опасную точку на границе Вирджинии, и при выборе он полностью подавил собственное желание командовать в полевых условиях и любые признаки недовольства зачастую непомерным эго выбранных генералов. Ли мудро назначил своего друга и однокашника по Вест-Пойнту Джозефа Э. Джонстона командующим в Харперс-Ферри, будучи уверенным, что Джонстон и полковник Томас Дж. Джексон будут хорошо работать вместе. Командование войсками, собранными под Манассасом, президент Дэвис и Ли поручили меркантильному и эпатажному креолу П. Г. Т. Борегару, члену богатой новоорлеанской семьи. Борегар руководил атакой на форт Самтер, его встречали как героя на каждой остановке по железной дороге из Чарльстона в Ричмонд, и у него были амбициозные планы нападения на войска Союза вокруг Вашингтона - планы, которые Ли был намерен отложить. Удержание Борегара станет одной из главных забот Ли. Оборона Ричмонда с моря находилась в руках Бенджамина Хьюджера и Джона Б. Магрудера "на противоположных берегах Хэмптон-Роудс": Хьюгер - на южном берегу реки Джеймс, в Норфолке; Магрудер - на северном берегу, на самом полуострове, между реками Джеймс и Йорк. Ни один из генералов не оказался счастливым выбором - Хьюгер оказался медлительным в наступлении и слишком поспешным в отступлении, а Магрудер имел несчастье слишком буквально истолковать приказы Ли в битве при Малверн-Хилл в 1862 году. Разделение командования между ними, вероятно, также было ошибкой, но и Дэвис, и Ли полагали, что, поскольку эта территория находится всего в восьмидесяти милях от Ричмонда, они смогут напрямую контролировать любое сражение, которое там произойдет. В западной Вирджинии царило смятение. Большинство населения оставалось настроенным просоюзнически, и после того как конфедераты потерпели серьезное поражение при Филиппи, к югу от Графтона, Ли опасался, что войска Союза могут двинуться к Стонтону, перевернуть позиции Джонстона у Харперс-Ферри и отрезать Ричмонд от запада. Ли быстро отреагировал, повысив своего генерал-адъютанта полковника Р. Б. Гарнетта до бригадного генерала и отправив его удерживать линию в Аллегенах с теми ополченцами, которых удалось собрать. Из Ричмонда задача Гарнетта казалась достаточно простой: Аллегени простирались с севера на юг в виде "длинных параллельных хребтов", разделенных глубокими долинами и быстротекущими реками, с небольшим количеством дорог и городов. Большинство дорог, если они были, шли по долинам; те, что пересекали горы с запада на восток, были бедны, немногочисленны и далеко друг от друга. Войскам Союза, продвигавшимся из Огайо в северо-западную Вирджинию, пришлось бы пересекать хребет за хребтом по дикой и густо заросшей лесом местности, и на любом из этих хребтов относительно небольшое число людей, если их правильно направить, должно было бы сдержать целую армию.
Ответ на вопрос, когда и где Союз нанесет первый удар, был получен 27 мая, когда Ли получил тревожное сообщение от генерала Хьюджера, находившегося в Норфолке: "Семь пароходов с войсками высадили и высаживают войска в Ньюпорт-Ньюс. Другие пароходы с войсками прибыли в Олд-Пойнт сегодня утром". Это была знакомая территория для Ли, который помогал строить форт Монро и форт Вул напротив него в Хэмптон-Роудс. Он знал береговую линию и залив как свои пять пальцев. Форт Монро находился (и оставался бы до конца войны) в руках Союза, но Ли благоразумно приказал генералу Магрудеру окопаться на линии от Джеймстауна до Уильямсбурга и Йорктауна, в самом узком месте полуострова, примерно в пятнадцати милях к западу от форта Монро. Ли ничего не мог сделать, чтобы помешать Союзу собрать крупные силы вокруг Ньюпорт-Ньюса и снабжать их по морю, ожидая, будет ли командующий войсками Союза генерал Бенджамин Батлер продвигаться вверх по полуострову, или переправится через реку Джеймс и захватит Норфолк, или разделит свои силы, пытаясь сделать и то, и другое. Магрудер жаловался, что присланные ему виргинские войска не готовы к бою из-за отсутствия обуви "и других необходимых вещей" и что позиции Батлера в Ньюпорт-Ньюс слишком сильны для штурма. Он также сообщил - типичная жалоба для того времени - что между ним и полковником Хиллом, командиром полка в Северной Каролине, возник спор о том, кто из них выше по званию. Ли пришлось потратить немало времени, чтобы успокоить разгоряченные чувства.
Когда контроль над вооруженными силами, собранными в Виргинии, постепенно перешел от штата к Военному министерству Конфедерации, наступил период неразберихи, пока твердая рука Ли не смогла все уладить. Менее чем за месяц он собрал более 40 000 вооруженных людей, оснастил их 115 полевыми орудиями, изготовил более 100 000 патронов и 1 миллион ударных капсюлей, а также создал грозные артиллерийские батареи и полевые укрепления для защиты Ричмонда. Это было грандиозное достижение, и, завершив его, он, как он писал Мэри Ли, был доволен тем, что оставил результат в других, более могущественных руках: "Да будет воля Божья", - написал он ей 11 мая.
С завершением подготовки к обороне Виргинии и переходом ее вооруженных сил на сторону Конфедерации 7 июня положение Ли стало аномальным. Поскольку в армии Конфедерации на данный момент не было званий выше бригадного генерала, он опустился на одну ступеньку ниже своего звания генерал-майора. Это его не беспокоило. Вскоре, после того как Конфедерация учредила это звание, он станет одним из пяти полных генералов, но Ли никогда не носил генеральских знаков отличия на своей форме, довольствуясь тремя маленькими звездами полного полковника армии Конфедерации, своего прежнего звания в армии США, и дал понять, что не будет носить знаки отличия генерала Конфедерации, пока Юг не одержит победу. Не имея армии, которой можно было бы командовать, и живя в одном отеле с Дэвисами, Ли стал на время своего рода неофициальным начальником штаба и военным советником президента. "Я хотел бы уйти в частную жизнь", - писал он Мэри, но в то же время он стремился не допустить развития "антагонизма" между правительством Конфедерации и правительством Виргинии.
Возможно, Ли также знал, что он все еще нужен и что нет ни малейшего шанса на то, что ему позволят уйти в частную жизнь. Он постоянно выражал пожелание, чтобы на его место пришел "человек поумнее", но такого человека не существовало: Конфедерация отчаянно нуждалась в реалистичном профессиональном командующем, который мог бы и обучать армию, и готовить ее к предстоящей долгой войне, и в то же время тактично сдерживать президента Дэвиса от попыток руководить армией в полевых условиях, как если бы он был главнокомандующим. Под это описание подходил только Ли. В конце концов, это было похоже на ту роль, которую играл генерал Уинфилд Скотт во время Мексиканской войны.
Ли уже догадывался, что основные удары по Виргинии будут нанесены одновременно на западе, где она была слабее всего, и на полуострове, откуда, как только армия Союза накопит достаточно войск и техники, обязательно будет предпринята попытка взять Ричмонд, расположенный всего в восьмидесяти одной миле. От его внимания не ускользнуло, что после того, как войска Союза будут сосредоточены для атаки с запада и с востока - эти две силы разделяют почти 400 миль, - их центр неизбежно окажется слабым. Поэтому контратака конфедератов, предпринятая из Манассаса, может застать их врасплох и, возможно, даже угрожать Вашингтону.
Некоторые генералы хороши в обороне, некоторые - в наступлении, но очень немногие в истории войн были хороши и в том, и в другом. Грант и Шерман, например, были великолепны в наступлении, но никогда не испытывали себя в ведении оборонительной кампании, учитывая превосходство северян в живой силе, технике и снабжении. Ли был исключением из правил. Как инженер с большим опытом строительства укреплений и полевых сооружений, он был мастером обороны, но в то же время он был гением в наступлении, мастером маневра и неожиданного флангового движения, неустрашимым перед неблагоприятными обстоятельствами и всегда смелым, даже до ошибки. Он был редчайшим генералом, грозным противником как в атаке, так и в обороне; в американской военной истории нет никого, кто был бы похож на него. Даже при полном отступлении Ли оказался бы опасным противником - даже несмотря на то, что в апреле 1865 года численность армии Северной Вирджинии не превышала 28 000 человек, большинство из которых голодали и испытывали недостаток боеприпасов, Ли все еще мог маневрировать с теми небольшими силами, которые у него оставались, и вести жесткую оборону против подавляющего превосходства.
В июне 1861 года Ли оказался в незавидном положении, пытаясь укрепить позиции Конфедерации в трех местах - в Западной Вирджинии, Манассасе и на полуострове, - не имея никаких официальных полномочий отдавать приказы и всегда вынужденный действовать осторожно, чтобы не обидеть президента Дэвиса, который был одновременно чувствителен к любому предполагаемому оскорблению и полон решимости держаться за свои прерогативы главнокомандующего. Хотя Дэвис относился к Ли с "почтением", уважал его советы, терпение и организаторские способности, он еще не видел никаких доказательств гениальности Ли на поле боя. Пройдет некоторое время, прежде чем Дэвис с неохотой согласится с тем, что президенту Конфедерации подобает находиться не на передовой, под огнем противника, призывая войска идти вперед.