Тем временем предсказания Ли относительно операций противника сбылись, и он оказался в роли того, кого мы сейчас могли бы назвать пожарным, отправленным справляться с любыми чрезвычайными ситуациями, возникавшими по мере того, как широко разделенные армии Союза начинали наступать большими силами. На рассвете 10 июня, всего через два дня после того, как войска Вирджинии (и Ли вместе с ними) официально вошли в состав армии Конфедерации, генерал-майор Бенджамин Батлер атаковал Магрудера на полуострове у Биг-Бетела, но был остановлен траншеями и земляными укреплениями, на рытье которых настоял Ли, а также случаем, который сейчас называют дружественным огнем, когда два нью-йоркских полка открыли огонь друг по другу, возможно, потому, что Третий нью-йоркский добровольческий полк носил серую форму, точно такую же, как у конфедератов. Союзные войска предприняли несколько попыток атаковать линии Конфедерации, но вскоре убедились в бесполезности штыковой атаки на хорошо окопавшуюся пехоту. В конце концов они отступили в безопасный форт Монро, оставив большую часть своего снаряжения разбросанным по дороге из-за жары. Батлер не добился ничего, кроме удовлетворения от того, что сжег дома нескольких предполагаемых сепаратистов в Литтл-Бетел и увел часть их рабов обратно в Форт-Монро, и белый Ли воспользовался возможностью отправить в Магрудер больше артиллерии и откопать несколько батарей тяжелых орудий.
По предложению президента Дэвиса или по собственной инициативе Ли быстро стал фактическим командующим крайними правыми силами Конфедерации в Виргинии, на полуострове и за рекой Джеймс в Норфолке; и крайними левыми силами Конфедерации, на западе в Аллегени, где командовал его бывший генерал-адъютант бригадный генерал Р. Б. Гарнетт, столкнувшийся с чрезвычайно компетентным генерал-майором Союза Джорджем Б. Макклелланом. Ни звание Ли, ни какие-либо официальные полномочия не сопровождали эти весомые обязанности - он просто взял под контроль фланги Вирджинии, позволив президенту Дэвису и генералу Джозефу Э. Джонстону сосредоточиться на жизненно важном центре, в Харперс-Ферри и Манассасе, любой из которых мог стать целью крупных сил Союза, собираемых в Вашингтоне. Его роль по-прежнему сводилась к тому, чтобы поспешно доставлять припасы и подкрепления, когда он мог их найти, и наблюдать за происходящим на расстоянии - своего рода наблюдение, а не прямое командование. Историки предполагали, что президент Дэвис недолюбливал Ли, но более вероятным кажется, что Дэвис просто не хотел делить с ним внимание. Генерал Джонстон, считавшийся в то время самым компетентным командующим Конфедерации, достаточно ясно дал понять, что, хотя ему нужна материально-техническая поддержка Ли, он не хочет получать от него приказы или даже советы. Если уж на то пошло, ни Магрудер, ни Гарнетт не обязаны были подчиняться приказам Ли, хотя Магрудер вскоре понял, как полезно прислушиваться к тому, что предлагает Ли. Гарнетт, будучи бывшим подчиненным Ли, вероятно, охотно принял бы его советы, но он находился далеко от Ричмонда, в горах нынешней Западной Вирджинии, так что вероятность того, что советы Ли дойдут до него вовремя и смогут что-то изменить, была очень мала.
К сожалению, Гарнетт унаследовал катастрофическую ситуацию. По прибытии он обнаружил, что Графтон и Филиппи находятся в руках федералов, что оставляет путь на Стонтон открытым; что разношерстная армия Конфедерации, собранная вокруг Хаттонсвилла, находится "в жалком состоянии"; и что жители северо-западной Вирджинии в большинстве своем настроены просоюзнически. Гарнетт располагал менее чем 5000 человек, испытывал острую нехватку оружия, одежды, дисциплины, продовольствия и энтузиазма, а также имел значительное превосходство в численности. Энергичная атака союзных войск на Стаунтон с последующим смелым "крюком" на юго-восток могла бы привести армию Макклеллана в долину Шенандоа, в тыл конфедеративным войскам у Харперс-Ферри и Манассаса; а это, если скоординировать с атакой из Александрии бригадного генерала Ирвина Макдауэлла, могло бы разрезать Виргинию на две части и закончить войну решающей победой Союза в 1861 году. К счастью для Конфедерации, хотя Макклеллан обладал многими качествами великого полководца, они не включали в себя смелость. Его манера поведения была величественно самоуверенной, но это была маска. Он постоянно переоценивал силы противника, иногда в два-три раза, и, хотя он был эффективен в подготовке армии, он, казалось, не хотел портить ее использованием. Хотя он был лично храбр, у него не было аппетита к риску - перфекционист, он хотел иметь идеальный послужной список побед, в результате чего нападал только тогда, когда считал, что шансов на поражение нет.
В начале июля 1861 года у него не было никаких шансов проиграть. Он провел хрестоматийную атаку на позиции Гарнетта, обеспечив себе "перевалы на Рич-Маунтин и Лорел-Хилл", через которые проходили главные дороги в Огайо и Пенсильванию. Гарнетт неразумно разделил свои силы для охраны обоих перевалов, и две части не были достаточно близки, чтобы поддерживать друг друга; таким образом, Макклеллану удалось взять обе позиции en série, атаковав 2500 конфедератов на Рич-Маунтин с помощью более чем 10 000 человек. После захвата этой позиции Гарнетт был вынужден оставить свои позиции на Лорел-Хилл. Большая часть разбитых и обескураженных войск Гарнетта либо распустилась, либо сдалась в плен - Макклеллан взял более 1000 пленных. Сам Гарнетт был убит в Коррикс-Форде на реке Чит, храбро пытаясь собрать несколько своих оставшихся людей. Он стал первым генералом-офицером войны, погибшим в бою.
Победа Макклеллана вызвала шквал похвал в северной прессе - его отчеты о сражении, "усиленные риторическими поздравлениями своим войскам", мгновенно сделали его первым героем войны. Газета New York Herald назвала его "Наполеоном нынешней войны", а репортеры и его собственные люди стали называть его "молодым Наполеоном" - сравнение, которое прилипло к нему, поначалу без иронии, и которое он поощрял, возможно, неосознанно, своей привычкой класть правую руку между пуговицами мундира на уровне живота, как император. Все это вызывало неуместное доверие к нему у северной общественности и в Белом доме. Что еще более опасно, сам Макклеллан воспринял все эти похвалы всерьез; он пришел к выводу, что его и без того высокое мнение о собственном военном гении подтвердилось. Тем временем главнокомандующий генерал Скотт, опасаясь, что линия снабжения Макклеллана слишком растянулась и что он уязвим для атак на его растянутые фланги, приказал Макклеллану оставаться на месте в Монтерее, хотя в этот момент он находился всего в сорока милях от Стонтона, откуда он мог достичь долины Шенандоа и перерезать линию Виргинской центральной железной дороги. К счастью для Ли, Макклеллану не хватало "нельсоновского чутья". Адмирал Нельсон, получив сигнал адмирала сэра Хайда Паркера об отступлении в битве при Копенгагене в 1801 году, приложил подзорную трубу к своему слепому глазу, сказал: "Действительно, я не вижу сигнала", и поплыл дальше, чтобы одержать одну из своих величайших побед. Но Макклеллан не был Нельсоном. Он подчинился приказу Скотта и остался на месте, упустив возможность того, что могло стать решающей победой Союза, - или, по крайней мере, его люди остались на месте, ведь благодаря победе в Западной Вирджинии Макклеллана вскоре отозвали в Вашингтон, чтобы он руководил обороной столицы и командовал Потомакской армией.
Многим это показалось ранней точкой падения удачи Конфедерации. Правда, попытка Батлера вырваться из Ньюпорт-Ньюса под защиту форта Монро была пресечена, во многом благодаря предусмотрительности Ли, импровизировавшего укрепленную линию на полуострове; но поражение в северо-западной Вирджинии было катастрофой, и, несмотря на важность, которую придавали Харперс-Ферри, на данный момент он пал (город четырнадцать раз переходил из рук в руки во время Гражданской войны и был превращен в руины). Генерал-майор Союза Роберт Паттерсон перешел вброд реку Потомак у Уильямспорта, штат Мэриленд, и благодаря превосходству в численности и лучшей артиллерии Falling Waters * сумел оттеснить силы двух будущих героев Конфедерации - полковника Томаса Дж. Джексона и полковника Дж. Э. Б. Стюарта - почти до Винчестера, штат Виргиния. В этот момент Паттерсон, как и Макклеллан, остановил свое продвижение; он вернулся в Мартинсбург, его решимость, очевидно, была поколеблена жестокостью боевого отступления конфедератов.
Ли следил за этими событиями из Ричмонда, где его первоочередной задачей было найти людей и оружие для отправки генералу Джонстону в Винчестер и генералу Борегару, который стоял лагерем в районе Манассас-Джанкшен, примерно в двадцати пяти милях к юго-западу от Вашингтона.
Ли писал Мэри: "Мои передвижения очень неопределенны, и я хочу выступить на поле боя, как только будут достигнуты определенные договоренности. Я могу отправиться в любой момент". Но это был оптимизм. Восемнадцать дней спустя он написал, что, несмотря на его стремление "выйти в поле", его "задержали дела, от меня не зависящие", и попросил ее не обращать внимания на слухи о том, что его собираются назначить "главнокомандующим армией Конфедеративных Штатов" - титул, который, напомнил он ей, принадлежал президенту Дэвису. Он "трудился, чтобы подготовить и вывести в поле войска Вирджинии, а также усилить, за счет войск других штатов, находящиеся под угрозой командования Джонстона, Борегара... и т. д.". Сочетание переутомления и бездействия привело к легкому ухудшению здоровья, которое ненадолго приковало его к постели. Тем не менее, он был ответственен за подкрепления и стратегию, которые привели к победе конфедератов при Первом Манассасе (или Первой битве при Булл-Ран, как ее называют на Севере). Впервые Ли использовал железную дорогу для быстрой переброски войск Джонстона из Винчестера на позиции Борегара в Манассасском перекрестке после начала сражения - амбициозный и смелый план, поскольку он оставлял Винчестер и долину Шенандоа на короткое время неприкрытыми. Но Ли уже знал, что не примет участия в сражении. На данный момент ему отводилась роль в штабе.