Вместо этого Макклеллан разработал тщательно продуманные планы осады Йорктауна и приступил к долгой и дорогостоящей работе по доставке осадного обоза, включавшего тринадцатидюймовые мортиры весом более восьми тонн каждая. Мало что в военном деле занимает столько времени и так медленно продвигается, как осада, но это устраивало Макклеллана, чей самый сильный дар был связан с логистикой и планированием. Что касается Джонстона, то он был вызван в Ричмонд, чтобы справиться с угрозой. Он прибыл туда 13 апреля, а 14 апреля отправился на инспекцию линий Магрудера, чтобы, к всеобщему удивлению, вернуться на следующий день с "неутешительным докладом". К ужасу президента Дэвиса и Ли, Джонстон сообщил им, что линия Магрудера в Йорктауне слишком длинна для обороны. Он предложил отказаться от Норфолка и полуострова вообще и либо сосредоточить все войска Конфедерации перед Ричмондом, чтобы провести там решающее сражение, либо, наоборот, позволить осадить Ричмонд и сосредоточить все силы Конфедерации в другом месте для крупного наступления на вражескую территорию. (Первая из этих альтернатив фактически произойдет зимой 1864-1865 годов, что приведет к тяжелым последствиям, а вторая приведет к неудачному вторжению Ли в Мэриленд в 1862 году и в Пенсильванию в 1863 году). Ли был категорически против идеи отказа от полуострова и Норфолка и убедил президента Дэвиса в том, что необходимо выиграть время, замедлив продвижение Макклеллана на как можно более долгий срок, а не рисковать всем в один момент, пока силы Конфедерации в Виргинии не были достаточно вооружены и оснащены.
Это был не просто спор о стратегии. Джонстон был готов пойти на риск потери Ричмонда, чтобы нанести удар, который может выиграть войну, в то время как Дэвис и Ли понимали, что, нравится им это или нет, Ричмонд символизировал существование Конфедерации, и потерять его - значит потерять все. В конце концов раздражительный и нетерпеливый Джонстон, хотя и не был убежден в разумности того, что ему приказали сделать, неохотно отправился принимать командование на нижнем полуострове, в то время как Ли рыскал по Конфедерации в поисках людей, оружия и боеприпасов для его снабжения. Кроме того, Ли направил столько людей, сколько мог, на рытье оборонительных сооружений вокруг Ричмонда, снова получив для себя насмешливое прозвище "Пиковый король". Ли не хотел допустить, чтобы оборона Ричмонда превратилась в "войну постов", как выразился его кумир Джордж Вашингтон в 1776 году во время защиты Нью-Йорка. Как и Вашингтон, который с гордостью говорил, что "никогда не жалел пик и топоров", Ли был полон решимости сделать Ричмонд обороноспособным на случай, если Джонстону придется отступить перед Макклелланом. Ли не стеснялся заставлять своих солдат копать, как рабочих, несмотря на их протесты.
Работая на строительстве форта Монро молодым лейтенантом инженерного корпуса, Ли, вероятно, лучше Джонстона - или, если уж на то пошло, Макклеллана - понимал, насколько сложной была местность перед Макклелланом. Полуостров был не только плохо нанесен на карту, но и грязен, местами болотист, пересечен узкими дорожками без опознавательных знаков и лабиринтом меандрирующих ручьев с крутыми берегами. Имевшиеся дороги были плохими и растворялись в густой грязи при малейшем дожде. Опасения Джонстона, что любая оборонительная линия на полуострове может быть быстро обойдена канонерскими лодками, действующими на реках Джеймс и Йорк, были вполне обоснованными, но он игнорировал тот факт, что на обеих реках было множество мест, откуда батареи Конфедерации могли обстрелять любое судно, идущее вверх по течению. * В любом случае, с точки зрения Ли, чем дольше Макклеллан задерживался, тем больше времени было для наращивания сил Конфедерации перед ним. Меньше всего Ли хотел лишать Конфедерацию войск, чтобы сражаться с гораздо более многочисленной и лучше снабженной армией в непосредственной близости от столицы Конфедерации.
Мудрость его более осторожного подхода подтвердилась 25 апреля, всего через восемь дней после того, как Джонстон принял командование, с известием о том, что Новый Орлеан захвачен противником. Ли не мог вывести войска в значительном количестве из Каролинских островов и рисковать потерей Саванны или Чарльстона, а после победы Гранта при Шилохе он не мог позволить себе сделать это и на западе.
О мастерстве Ли в штабной работе и его такте говорит тот факт, что, тщательно просеяв все части армии Конфедерации, он смог к 11 апреля увеличить численность войск Магрудера до чуть более 30 000 человек. Это почти в три раза превышало численность его сил на момент высадки Макклеллана, хотя все еще составляло менее трети от того, что, по мнению Макклеллана, стояло перед ним в Йорктауне. Эти переброски были произведены с таким вниманием к деталям, что даже генерал Джонстон - человек крайне чувствительный, с орлиным взором на любой признак вмешательства в дела его армии со стороны Ли - не стал протестовать.
Ли также пришлось проявить осторожность при переброске четырех дивизий генерала Джонстона (около 28 000 человек) из Фредериксбурга на полуостров, поскольку он открывал подступы к Ричмонду со стороны Александрии и Манассаса. По словам Дугласа Саутхолла Фримена, Ли "проявил... терпеливую настойчивость в достижении своей цели". Он посоветовал Магрудеру маршировать со своими людьми взад-вперед по деревьям колоннами, чтобы заставить федералов поверить, что у него гораздо больше войск, чем было на самом деле, и заставлял немногих людей, оставшихся на линии Рапидан-Раппаханнок, демонстрировать свое присутствие, пока дивизии Джонстона "по частям перебрасывались" обратно в Ричмонд и на полуостров. Он знал, что одновременная атака союзников на линию Магрудера на полуострове и в направлении Фредериксбурга в северной Вирджинии может нанести поражение силам Конфедерации, обороняющим Ричмонд, особенно в тот решающий период, когда дивизии Джонстона были на марше и северо-западный фланг города оказался незащищенным. Ли никак не ожидал, что Макклеллан даст ему почти месяц времени на совершенствование обороны Ричмонда. Тем временем Макклеллан продолжал верить, что армия Джонстона, численность которой он оценивал более чем в 120 000 человек, в то время как на самом деле она составляла менее половины, все еще удерживает линию на севере Вирджинии. Учитывая ставки, Ли разыграл плохую партию с блеском и хладнокровием, равных которым в военном деле не было.
21 апреля Ли написал Джексону свое "историческое" послание, в котором изложил свою стратегию действий в Долине. Он подчеркнул, что первостепенной задачей Джексона должно стать предотвращение объединения Макдауэлла и Макклеллана для одновременной атаки на Ричмонд, и что Джексон должен добиться этого, нанеся Бэнксу серьезное поражение в долине, которое будет угрожать Вашингтону. Если Джексон считал, что сможет отбросить армию Бэнкса вниз по долине к Потомаку, он должен был сделать это немедленно. Если у него недостаточно сил для этого, он должен поставить дивизию генерал-майора Ричарда Стоддерта Юэлла на позицию, которая сможет поддержать его. Если же он считал, что "сможет сдержать Бэнкса" своими силами, Джексон должен был отправить Юэлла на соединение с небольшими силами бригадного генерала Чарльза У. Филда на линии Ричмондской, Фредериксбургской и Потомакской железных дорог в четырнадцати милях ниже Фредериксбурга, которую Филд только что покинул, сжигая за собой мосты через Раппаханнок. В любом случае Джексон должен был взять инициативу в свои руки с достаточной скоростью и воображением, чтобы ошеломить Бэнкса и помешать Макдауэллу наступать на Ричмонд.
Это была задача, для которой Джексон, с его акцентом на скорость и скрытность, а также инстинктивным чувством географии Долины, подходил как нельзя лучше. Это также яркий пример того, как Ли четко определил свои цели в начале кампании, предоставив подчиненным командирам максимальную свободу действий в перемещении собственных войск. Задача Ли, как он ее видел, заключалась в том, чтобы сконцентрировать свои войска на нужной позиции для атаки там, где он хотел, и предоставить их командирам добираться туда своим ходом. Мало кто из генеральных командиров давал своим подчиненным больше свободы, чем Ли. Ли написал Джексону более длинное письмо 25 апреля, подчеркнув: "Удар, где бы он ни был нанесен, должен быть внезапным и сильным, чтобы быть успешным". Характерно, что он добавил: "Я не могу претендовать на то, чтобы на таком расстоянии руководить операциями, зависящими от неизвестных мне обстоятельств и требующими усмотрения и суждения относительно времени и исполнения, но представляю эти предложения на ваше рассмотрение". Это была здравая точка зрения - Ли часто сопровождал свои приказы фразой "если это практически осуществимо", что было всего лишь сокращенным вариантом его слов, обращенных к Джексону. Он считал, что человек на месте, зная о намерениях Ли, должен сам решить, как воплотить их в жизнь. К счастью для Ли, Джексон проявил себя с лучшей стороны, когда ему была предоставлена такая свобода действий.