Нельзя не подчеркнуть и того факта, что В.С. Абакумов объективно показал себя талантливым организатором и руководителем военной контрразведки.
К числу его важных инициатив следует, в первую очередь, отнести разработку в кратчайшие сроки ряда инструктивно-методических документов для действий оперативного состава подчиненных органов: Инструкции по организации ведения радиоигр с противником (объявлена директивой ГУКР "Смерш" НКО N 38288 от 16 июля 1943 г.) и Инструкции по организации розыска агентуры разведок противника (директива ГУКР "Смерш" НКО N 49519 от 9 сентября 1943 г. Отметим, что аналогичная инструкция в НКГБ СССР была разработана только 20 месяцев спустя, и объявлена приказом НКГБ СССР N 00252 от 29 мая 1945 г.). Данные документы рационализировали и оптимизировали работу военных контрразведчиков, способствовали повышению ее эффективности и результативности.
К числу важных информационно-аналитических документов, подготовленных в кратчайшие сроки ГУКР "Смерш", следует отнести и сборники справочных материалов "Органы германской разведки, действующие на советско-германском фронте" (август 1943 г.) и аналогичный справочник об органах финской разведки (март 1944 г.), которые также широко использовались в работе НКВД и НКГБ СССР.
Хорошее знание противника позволяло военным контрразведчикам не только вести с ним радиоигры и осуществлять дезинформационные мероприятия, но и проводить операции по агентурному проникновению в его спецслужбы, обеспечивавшие упреждающее выявление агентуры и официальных сотрудников этих органов.
Накопленный военными контрразведчиками сведения, позволяли им также заводить оперативные разработки на конкретные разведывательные, контрразведывательные и карательные органы противника, действовавших на временно оккупированной советской территории в зоне ответственности УВК соответствующих фронтов, готовить и проводить при наступлении советских войск мероприятия по их ликвидации, а также захвату личного состава, агентуры, зданий и документов. Причем первоначальная информация об интересующих военную контрразведку объектах в тылах неприятельских войск в ГУКР "Смерш" поступала как от 4-го (зафронтового) управления НКВД, так и его территориальных органов, а также добывалась им непосредственно в процессе оперативной работы.
Непосредственно работу по выявлению и розыску агентуры противника и ведению с ним радиоигр в центральном аппарате ГУКР осуществлял 3-й отдел (его возглавлял полковник Г.В. Утехин, затем - Д.П. Тарасов), а ведением разведывательной и контрразведывательной работы на временно оккупированных территориях (зафронтовой деятельности) занимался 4-й отдел (его возглавляли полковник П.П. Тимофеев, затем Г.В. Утехин).
В УКР "Смерш" фронтов 2-е отделы занимались борьбой с агентурой противника, разведработой за линией фронта, контрразведывательной работой среди военнопленных и фильтрацией вышедших из окружения красноармейцев, 3-и отделы курировали работу подчиненных органов, а 4-е отделы были следственными.
Вследствие отмеченных обстоятельств, с середины 1943 г. ГУКР "Смерш" стал основным поставщиком контрразведывательных сведений для Государственного комитета обороны, что, безусловно, не могло не сказываться на авторитете его руководителей, и, прежде всего, В.С. Абакумова.
Объяснялось это еще и особенностями работы фронтовых органов контрразведки. Тем обстоятельством, что после освобождения Красной Армией временно оккупированных территорий, работу по выявлению и осмотру мест дислокации штабов, карательных, диверсионно-разведывательных органов и административных учреждений оккупантов, розыску оставленных на "оседание" агентов абвера и полиции безопасности СД, ГФП , диверсантов и террористов начинали подвижные оперативные группы военной контрразведки "Смерш" соответствующих фронтов. Обо всех добытых в результате этих мероприятий, а также допросов подозреваемых и свидетелей, данных, включая сообщения зафронтовой агентуры, информировался ГУКР "Смерш", а нередко они направлялись Абакумовым и в ГКО.
И только затем, на смену военным контрразведчикам, прибывали оперативные группы республиканских или областных управлений НКВД - НКГБ, из числа сотрудников которых формировались новые территориальные органы госбезопасности, продолжавшие работу по розыску агентуры противника, карателей, коллаборационистов и иных пособников оккупантов, вскрытию и документированию карательных акций и иных преступлений оккупационных властей против гражданского населения. Но на освобождаемой от германской оккупации территории европейских государств весь круг этих контрразведывательных задач был возложен на органы военной контрразведки "Смерш". Понятно, что объем и специфика решаемых на этом этапе задач во многом определялась как географическими, национальными, демографо-социальными, так и историческими особенностями конкретных регионов.
ГУКР "Смерш" также оказывало существенную помощь территориальным органам НКГБ СССР путем систематического направления "ориентировок по розыску выявленных агентов противника", содержавших установочные данные и приметы, иные сведения, необходимые для организации оперативного поиска. Такое повседневное практические взаимодействие в целом значительно повышало эффективность деятельности органов контрразведки в стране в целом.
Поэтому бывший начальник УКР "Смерш" 3-го Украинского фронта П.И. Ивашутин имел все основания утверждать: "За годы войны управления "Смерш" фронтов из чисто контрразведывательного органа превратились в мощную разведывательно-контрразведывательную службу, занимавшуюся не только розыском вражеской агентуры, но и агентурной разведкой во фронтовом тылу врага. Принижать заслуги Абакумова в успешной работе ГУКР "Смерш" несерьезно. Думаю, что этого не позволит себе ни один контрразведчик военного времени. Практические результаты деятельности "Смерш" оценивались выше, чем у НКГБ, что и стало причиной выдвижения Абакумова".
Начальники управлений "Смерш" принимали участие в Параде победы на Красной площади Москвы 24 июня 1945 г. в составе сводных полков фронтов, внесших решающий вклад разгром агрессоров: А.А. Вадис (1-й Белорусский), Я.А. Едунов (2-й Белорусский), П.В. Зеленин (3-й Белорусский), Н.А. Осетров (1-й Украинский), Н.А. Королев (2-й Украинский), П.И. Ивашутин (3-й Украинский), Н.К. Ковальчук (4-й Украинский), Н.Г. Ханников (1-й Прибалтийский), И.И. Головлев (Отдел "Смерш" Беломорского военного округа).