В 1760 г. на Ломоносова возлагается уже единоличное руководство университетом и гимназией. Его согласие на это было, безусловно, жертвой с его стороны. Если в июне 1743 г. его жалоба в Следственную комиссию завершалась фразой: “…при Академии Наук не токмо настоящаго университета не бывало, но еще ни образа, ни подобия университетскаго не видно”, то сейчас, принимая эту ношу, он фактически обязался заново воссоздать и гимназию и университет.
Гимназия (школа) как часть университета подпадала под сословные ограничения принимаемых в университет (п. 41-й устава): “Принимать в университет из всяких чинов людей, смотря по способности, кроме положенных в подушной оклад”. От приёма в гимназию этим условием отсекалась масса детей из семей купцов, мещан, разночинцев и ремесленников. Гимназия оказалась открытой лишь для детей дворян, чиновников и военнослужащих. Но дворянство, чиновничество и офицерство выбирали для своих сыновей надёжный путь личной карьеры и отправляли их в Шляхетский кадетский корпус, расположенный тут же, на Васильевском острове. Академическая гимназия могла привлечь учащихся только из семей мелкого чиновничества, унтер-офицеров и солдат, т. е. низших слоев городского общества. Но даже такой источник оказывался крайне ограничен. В указанный период гимназия располагалась в бывшем Троицком подворье на 15-й линии. Ежедневное посещение гимназии было доступно учащимся, проживающим всего лишь вблизи Большого проспекта, а в тёмное осеннее и зимнее время затруднено и для них.
Ломоносов, получив в свое полное подчинение гимназию, сразу же перевёл казённокоштных учеников на пансион. По его настоянию было практически удвоено денежное содержание учеников. На эти средства, ранее выдававшиеся гимназистам на руки и изымавшиеся родителями, он организовал проживание, питание, обеспечение одеждой и обувью первоначально сорока, а позднее и шестидесяти воспитанников. Заботливое создание такого полуказарменного режима не решало, тем не менее, главного — организации учебного процесса. Надо всем довлела необходимость пополнения численности учеников. В гимназию, при восьмилетнем сроке обучения, принимали учеников от 6 до 25 лет, принимали в любое время учебного года, с самым разным уровнем начального образования, чаще без оного, при том, что в ней, как объявил канцелярии в 1763 году инспектор гимназии и академик С. К. Котельников, “…таких классов, где бы обучали российской грамоте, не имеется”. Зачастую в старшие классы гимназии переводили студентов или для заполнения классов, или по необходимости приобрести знания по некоторым предметам. В условиях откровенной мешанины никто и не пытался настаивать на единых программах по перечню изучаемых дисциплин. Под крышу гимназии были, естественно, перенесены все семейные пороки. Шальное, буйное гимназическое племя принесло в аудитории, общежитие и трапезную нравы и традиции собственных родителей, т. е. пьянство, драки, лень и беспутство. Публичная порка розгами и карцер являлись штатными мерами воспитания. К отчислению же дозволялось прибегнуть только в вопиющих случаях.
В столице, как и в России, еще не было учителей как некоего профессионального клана. Их с трудом могли отыскать даже для Кадетского корпуса, находящегося под Высочайшим покровительством. Гимназии же оставалось принимать на эти должности недоучившихся студентов, осознавших недостижимость университетского образования и не нашедших лучшей доли. Мораль большей части из них, если и отличалась от нравов гимназистов, то только в худшую сторону. О результатах обучения можно только скорбеть. Так, по результатам экзамена в августе 1764 г. казённокоштных учеников из 13-ти учеников низшего класса переведено было в средний только трое, а из 10-ти учеников среднего — переведён в старший только один. Большинство учеников, в силу своего общественного положения, вовсе не предназначали себя к среднему и уж подавно к высшему образованию. Однако Ломоносов имел все основания гордиться успехом, поскольку, если за семь лет до поручения ему гимназии “не было произведено из гимназии в университетские студенты ни единаго человека”, то за семь лет (1758–1765 гг.) его единоличного руководства учебной частью Академии в студенты было произведено 22 гимназиста. Первые русские студенты, питомцы Ломоносова — что их ждало в университете?
Академический университет вряд ли можно было назвать высшим учебным заведением в современном смысле. По сохранившимся сведениям, в нем насчитывалось в 1752 году — 20, в 1753 — 18, в 1757 — 18 ив 1758 году — 16 студентов, т. е. их среднее число не превышало двадцати. Лекции студентам не читались годами. Когда в 1757 году президент потребовал прекратить эту практику, канцелярия предписала инспектору университета: “А чтоб студенты к оным профессорам на лекции хождение имели, в том их понуждать”. Причины откровенного равнодушия к своей судьбе просты. Лишь немногие из студентов представляли своё будущее. Ещё меньшее число, единицы, связывали его с наукой. Государство не востребовало этих относительно образованных людей. Чинов по табели о рангах университет не давал, и студенты по окончании могли рассчитывать лишь на должности переводчиков или переписчиков в штате Академии или коллегий.