В.В. Мавродин известен также своими теоретическими и историографическими трудами. Здесь уместно заметить, что Владимир Васильевич подходил к наследию классиков марксизма-ленинизма, касающемуся вопросов истории России, с диалектических, творческих, а не догматических позиций, имевших ранее и имеющих место сейчас в нашей исторической науке. Вдумываться в глубокий смысл написанных ими строк, анализировать их содержание и только затем делать выводы, применять их для подтверждения своих суждений — такова была последовательность работы В.В. Мавродина с произведениями Маркса, Энгельса, Ленина. Характерными являются его статьи о взглядах К. Маркса на историю Киевской Руси, Ф. Энгельса — об основных проблемах истории первобытного общества в преломлении к Древней Руси и др.
Работа над историографическими проблемами в первом томе «Крестьянской войны» и опыт совместной работы и руководства единомышленниками по науке позволили В.В. Мавродину приступить к еще одному чрезвычайно важному изданию. В 70-х годах он объединил авторский коллектив историков университета и Ленинградского отделения Института истории СССР в работе над очерками по советской историографии и источниковедению Киевской Руси. В результате вышли две монографии, исчерпывающим образом отразившие изучение Древней Руси, не имевшие аналогов в науке.
Любовь к Ленинграду — городу его юности, мужания и зрелости — воплотилась в ряде исследований Владимира Васильевича по истории Петербурга. Особенную известность и популярность приобрела его книга «Основание Петербурга». Он является автором глав многих обобщающих и краеведческих работ, посвященных Петрограду — Ленинграду. Будучи благодарным Ленинградскому университету, где он стал ученым и педагогом, Владимир Васильевич считал своим долгом рассказать и о его истории и современной жизни, о событиях, происходивших в его стенах, очевидцем многих из которых он был за шесть десятилетий. Выходом «Очерков истории Ленинградского университета», редактором которых он был, универсанты разных поколений обязаны ему. С именем В.В. Мавродина связано и начало выпуска журнала «Научный бюллетень» (с 1946 г. переименован в «Вестник Ленинградского университета») — в 1944 г. он стал во главе издательской деятельности ЛГУ, будучи назначенным главным редактором издательства.
Но не только книги остались памятью о Владимире Васильевиче. В нем сочеталась удивительная гармония университетского ученого и университетского педагога. Если первое подтверждается его более чем 360 печатными работами, среди которых 29 монографий и 17 учебников и учебных пособий (в том числе изданных на 10 иностранных языках), то второе — тысячами учеников, работающих по всей стране, среди которых около 50 кандидатов и 9 докторов исторических наук.
Обаяние В.В. Мавродина в общении со студентами, коллегами, просто знакомыми и незнакомыми людьми было так велико, а научная профессиональность была так высока, что это отмечали даже обычно сухие строчки служебных характеристик. Так, в 1946 г. писалось, что «большая эрудиция, широкий научный диапазон, высокий идейно-политический уровень в сочетании с педагогическим мастерством поставили В.В. Мавродина в ряд самых любимых и наиболее популярных профессоров Ленинградского университета». А ровно через 30 лет отмечалось, что он «является опытным и любимым студентами педагогом», что его научные работы «снискали большую популярность советского читателя, пользуются заслуженным признанием среди советской педагогической общественности». Следует добавить и то, что его отношения с учениками никогда не носили характера навязывания своих мнений. Широко мысливший ученый, он давал простор для мысли и своим ученикам. «Тот ученый, который считает свою точку зрения единственно правильной, перестает быть ученым», — не уставал повторять Владимир Васильевич.
В.В. Мавродин был крупным организатором научно-исследовательской работы в ЛГУ, Ленинграде, в стране. Долгое время он руководил Головным советом по историческим наукам Минвуза РСФСР. За научные и педагогические достижения в 1968 г. ему было присвоено почетное звание Заслуженного деятеля науки РСФСР.