Курляндское герцогство представляло собой область к югу от Двины в виде длинной полосы, растянутой от запада к востоку с совершенно открытыми границами, доступными для всякого неприятеля. Кроме того, оно не представляло одной сплошной территории; внутри его было немало чужих владений. В 1563 г. польский король построил Ново-Динабург, нынешний Двинск, очевидно, для того, чтобы иметь орудие в возможном столкновении с Курляндией. Рижский замок Кетлер держал в руках до 1578 г., он хотел продать его городу Риге, и когда продажа не состоялась, он передал замок полякам. Только после того Митава сделалась герцогской резиденцией. О передаче Дюнамюнде, а также о передаче должности губернатора в Ливонии мы говорили выше.
В марте 1566 г. Кетлер женился на Анне Мекленбургской, дочери герцога Альбрехта VII Красивого и маркграфини Анны Браденбургской и сестре коадъютора Христофора. Этот брак состоялся благодаря стараниям польского короля и прусского герцога; семейство принцессы Анны, особенно герцог Ульрих, первоначально вовсе не сочувствовали ему, но сопротивление его было побеждено. В лице Анны является в Ливонию первая историческая женщина, судьба которой нам более или менее известна.
Герцог Альбрехт вёл до самой своей смерти (20 марта 1568 г.) оживлённую переписку с герцогской четой в Курляндии и, считая Кетлера своим учеником, совершившим секуляризацию Ливонии по образцу Пруссии, относился к нему с особым сочувствием. И это сочуствие не страдало от того, что Кетлер не всегда исполнял желания Альбрехта; по крайней мере, в письмах мы не находим никаких следов какого-либо недовольства. Кетлер оставил по себе, как последнем магистре, в особенности благодаря своим интригам при падении старой Ливонии, а также благодаря своему поведению в отношении к почтенному Фюрнстенбергу дурную славу, зато он, как первый курляндский герцог, приобрёл неоспоримые заслуги. Когда он вступил на престол, страна находилась в полном расстройстве, и прежние порядки оказались нежизнеспособными. Кетлер, сохранив от старого строя всё, что можно было сохранить, создал долгим и неблагодарным трудом новые нормы и порядки. В частности, только при нём курляднские города начали развиваться.
Ещё в 1563 г. герцог созвал ландтаг в Ригу, который должен быть назван курляндским, так как члены его были из Курляндии (протокол подписан 21 марта). В Риге собиралось ещё несколько курляндских ландтагов, так же, как и курляндский, придворный суд заседал ещё в течение нескольких лет в Риге. Уже первый ландтаг обратил внимание на положение церкви и школ. В католическое время существовали школы, так, например, упоминается в 1511 г. учитель в Цабельне, а в 1570 г. говорится о старых школах. В наступившее затем переходное время школы пришли в крайний беспорядок. Землевладельцы не сумели создать прочную организацию и отыскать средства для обеспечения школ. Пасторы назначались иногда орденскими начальниками (например, в Туккуме Германом Брюггенеем) или, по крайней мере, допускались ими (в Аутце и других местах). Но, по-видимому, начальники, на которых лежала обязанность заботиться о церковных нуждах, относились к этой обязанности крайне недобросовестно. Ревизии, назначенные герцогом, раскрывали весьма неудовлетворительное положение дел. С 1565 г. производил ревизию суперинтендант Стефан Билау, в сопровождении светских чиновников, а с 1566 г. его преемник Александр Эйнгорн (или Копперсмит) при участии чиновника Соломона Геннинга, верного слуги герцога. Результаты ревизий были доложены ландтагу в Бауске, который постановил 6 мая 1568 г. возобновить целый ряд церквей, школ и богаделен. В 1570 г. митавский ландтаг составил новый церковный устав, напечатанный в 1572 г. в Ростоке под титулом «Kirchenreformation».
В 1586 г. появились первые печатные богослужебные книги на латышском языке (напечатаны в Кенигсберге), в составлении которых принимал главное участие добленский пастор Иоганн Ривиус, умерший до выхода в свет всего издания.
В первых ландтагах принимали участие также представители духовенства и городов, но ещё при герцоге Готгарде перестали их приглашать, и лишь во втором десятилетии XVII столетия встречаются опять городские делегаты. В 1570 г. герцог дал своему дворянству важную грамоту (Privilegium Gothardinum). Эта грамота определяла отношения герцога к его подданным и сделалась вместе с привилегией Сигизмунда Августа и герцогской провизией основой курляндского государственного права. Вместе с тем было кодифицировано наследственное право. Воинскую повинность несли землевладельцы. Двадцать помещиков, имевших определенное мнение, т.е. мнение половины гакена т.н. Halbhaker, должны были выставлять вооружённого всадника. Но этого было мало; без наёмников Курляндия не могла обойтись. Для того, чтобы держать наёмников, нужны были средства, а финансовое дело стояло ещё на весьма низкой ступени развития. Герцог брал ссуды под залог земель, причём проценты платились натурой, а капитал возвращался в условленный срок. Выгода при этом была только на стороне заимодавца. Сумма долгов герцога была значительна; и кредиторы часто напоминали о них, особенно начальники отрядов наёмников. И эти долги нужно было уплатить. Реформа судопроизводства не состоялась, и также не было составлено уложение. Проект устава о судопроизводстве, выработанный канцлером Михаилом Брунновом (1583 г.), не был одобрен дворянством (1572 г.). Этот проект был составлен на основании обычаев и отдельных распоряжений орденского времени, которые остались действительными, хотя проект устава был отклонён.
Старшая дочь герцогской четы Анна, родившаяся 29 апреля 1571 г. в Риге в январе 1586 г., вышла замуж за князя Иоганна Альберта Радзивилла, королевского гофмаршала, который умер ещё в июне 1592 г. Она перешла в католическую церковь и играла при дворе влиятельную роль. Она умерла в 1619 г. В переписке того времени, особенно во время конфликта, вызванного её братом герцогом Вильгельмом, часто встречается её имя. Младшая дочь Елисавета, родившаяся 3 октября 1575 г., вышла замуж за Адама Венцеля, герцога Шлезиентешенского и умерла в 1601 г.
Готгарду не удалось приобрести пильтенское епископство и таким образом округлить и увеличить своё владение. Признав в 1578 г. над собой верховною власть Польши, герцог Магнус сосредоточился в Пильтене, и в конце концов этот замок был единственным его фактическим владением, так как всё другое было заложено. Но он уверял Готгарда — еще в в 1572 г., — что он усыновит одного из его сыновей и что Пильтен после его смерти перейдёт курляндскому герцогству.
Магнус умер 18 марта 1583 г. Дворянство распалось на две партии. Одна партия на съезде в Дзельдене изъявила готовность войти в состав Курляндии и признать верховную власть Польши. Но другая партия, под предводительством Иоганна Бера, оказалась более сильной. Эта партия хотела отделиться от католической Польши, а потому и не желала соединения с Курляндией и стремилась к сближению с протестантской Данией. Король Фридрих II сперва пошёл навстречу этой партии и прислал вспомогательное войско и военные припасы, но, когда он узнал, что почти вся страна заложена, он отступился, и Иоганн Бер тщетно старался убедить его принять Пильтен под свою власть. Тогда в мае 1583 г. по указаниям наместника, кардинала Георга Радзивилла, вступили польские войска в Пильтен, а курляндский герцог занял пути туда и не пропускал припасов. Все замки, за исключением Пильтена, были заняты поляками, и страна страшно опустошена. Цвет пильтенского дворянства погиб в сражениях; некоторые, например, Христофор фон Заксен из Дубеналькена, должны были спасаться в глуши лесов. Перемирие, заключённое 20 декабря 1583 г., не соблюдалось; сами пильтенцы не могли сговориться, потому что, как выразился курляндец полковник Бартольд Бутлар, у них было слишком много управляющих. Наконец Польша и Дания решили участь Пильтена трактатом в Кроненборге 15 апреля 1585 г.