В описании де Мюсси есть деталь, важная для понимания причин появления чумы в Европе. В Крыму «черная смерть» проявлялась бубонной формой чумы. По его словам, болезнь начиналась сильными колющими болями, за которыми сначала следовал сильный озноб, а потом появлялись очень твердые бубоны под мышками и в паху. Лишь после этого развивалась чрезвычайно гнилостная гангрена со значительным отторжением тканей. У других больных показывалась кровавая мокрота. У иных несчастных, по соседству с пораженными внутренними органами, на спине и груди появлялись «опухоли» (видимо, речь идет о карбункулах). Это описание свидетельствует о том, что пандемия чумы начиналась в европейских городах не как первично-легочная, а как бубонная, т.е. инфицирование людей происходило в результате укуса чумных блох. У отдельных заболевших болезнь принимала септический характер или проявлялась во вторично-легочной форме.
Но бубонная чума не выходит за пределы своих природных очагов, и она не смогла бы принять так быстро всеевропейский характер, если бы не осуществлялся «приток» возбудителя чумы из популяций диких грызунов в популяции синантропных — т.е. крыс из «очнувшихся» европейских природных очагов чумы. Более вероятно, что завозные вспышки бубонной чумы ограничились бы единичными случаями в карантинах портовых городов, как это имело место во время предполагаемой третьей пандемии чумы в конце XIX и в начале XX столетия.
Физические явления, предшествовавшие «черной смерти». Свидетельств о катастрофических явлениях в природе накануне «черной смерти» настолько много, что необходимо хотя бы кратко рассказать о тех из них, которые не имеют мистического подтекста.
Климат. Второй пандемии чумы, несомненно, предшествовали какие-то глобальные климатические катаклизмы. По данным Борисенкова и Пасецкого (1988), с началом «малого ледникового периода», климат стал холоднее, неустойчивее, сократился вегетационный период растений. В целом для Европы 1271—1291 гг. и 1300—1309 гг. были необычайно сухими, а 1312—1322 гг., — чрезмерно влажными. Период 1270—1350 гг. характеризуется увеличением внутрисезонной изменчивости климата. К началу XV столетия в Гренландии уже не существовало большинства поселений викингов. К концу столетия льды полностью загородили путь в Гренландию, и она стала «неизвестной землей», о существовании которой узнавали только из старинных рассказов.
Китай. Период геологических и климатических катастроф начался с 1333 г. В этом году вокруг главного города Срединной империи, Кингчиа, вследствие сильной жары и засухи начался голод, затем пошли проливные дожди, приведшие к катастрофическому наводнению, погибли 400 тыс. человек. В том же году — сильное землетрясение с обрушением гор и образованием трещин в земле. В следующем году — наводнения в районе Кантона и сильные землетрясения в разных районах Китая. Засухи, наводнения, землетрясения и голод в Китае, сопровождавшиеся массовой гибелью населения (в том числе и от каких-то инфекционных болезней), продолжались до 1347 г., после этого времени «несколько утихло бушевание элементов».
Индия. Сильные землетрясения в Гималаях, активизация вулканической активности. Массовые эпидемии с ужасающей смертностью.
Русь. С началом XIV столетия засушливые годы становятся бедствием, а в 1308 г. повсеместно наблюдалось нашествие грызунов, сопровождающееся мором и голодом.
Европа. Извержение Этны в 1333 г., последнее в XIV столетии. Погода на юге Европы в течение нескольких лет перед «черной смертью», отличалась теплом и сыростью. Уже по этой причине появление чумы среди европейцев нельзя связать с расширением степных зон, и, соответственно, увеличением численности полевых грызунов. В 1342 г. — обилие снега зимой и сильные дожди летом — поля Франции опустошены сильным наводнением, в Германии затоплено много городов. В 1343 г. отмечены постоянные дожди и наводнения. С 1345 г. по всей Европе период «особенной сырости», продолжавшийся еще несколько лет, постоянные неурожаи, нашествия саранчи до Гольштинии. Эпизоотии среди домашних животных. Сильное землетрясение 25 января 1348 г., имевшее всеевропейский характер, повторилось 2 февраля.