Главной заботой разведывательных звеньев ВЧК и ГВО с самого начала их взаимодействия была защита государственного суверенитета Монголии от посягательств извне. Серьезную и вполне реальную опасность представляли, в частности, остатки белогвардейских формирований, вытесненных из России и Монголии в Маньчжурию. Командование над ними после разгрома барона Унгерна взял на себя атаман Семенов. Белогвардейцы совершали опустошительные набеги на монгольскую территорию, грабили местных крестьян-аратов, что называется, до нитки, угоняли их скот, жестоко расправлялись с административными и партийными работниками, вырезали их целыми семьями, не щадя даже детей.
Ставка атамана Семенова поддерживала через своих эмиссаров негласные связи с антисоветски настроенными русскими эмигрантами, нередко занимавшими в монгольском государственном аппарате важные должности. Молодая революционная власть была вынуждена использовать их услуги, так как не располагала своими собственными квалифицированными специалистами. Поступавшая по этому каналу информация использовалась семеновцами в подрывных акциях против МНР и России.
В 1927 году органы ГВО сумели установить агентурный контроль за этой «тайной почтой». В частности, из письма полковника Васильева, входившего в ближайшее окружение Семенова, одному из таких госслужащих стало известно о плане похода белогвардейцев на Монголию, напоминавшего унгерновский. Эта информация наряду со сведениями подобного рода из других источников помогла органам ГВО при содействии внешней разведки СССР подготовить и осуществить серию мероприятий по укреплению границ МНР и борьбе с белогвардейским подпольем внутри страны. Например, для отражения набегов семеновцев были сформированы специальные боевые полевые группы, в состав которых включались и советские инструкторы. Долгие годы монгольские друзья добрым словом вспоминали советских инструкторов Чистякова и Сазонова за самоотверженную и квалифицированную помощь в организации действий этих частей особого назначения.
Не давали покоя революционной Монголии также северокитайские милитаристы Чжан Цзолин и Ян Сишань. С конца 20-х годов с территориальными претензиями к МНР стало выступать и правительство Чан Кай-ши, обосновавшееся в Нанкине. Особого напряжения ситуация достигла в 1929 году во время конфликта на КВЖД. Но благодаря упреждающей информации советской и монгольской разведок и своевременным операциям Красной Армии на границе СССР с Китаем прямое чанкайшистское вторжение в Монголию удалось предотвратить.
Активную разведку против МНР вели японские военные миссии, базировавшиеся в приграничных китайских городах Хайлар и Маньчжоули. Они вербовали агентуру среди представителей отстраненных от власти феодальных кругов и буддийского духовенства, недовольных мероприятиями нового руководства страны по ограничению частной собственности и подрыву влияния бывших князей и монастырей, обладавших в ту пору значительными материальными и финансовыми ресурсами. О вербовочных контингентах японской разведки можно судить хотя бы по тому, что количество монахов-лам превышало четверть всего мужского населения Монголии. А настоятели монастырей достаточно часто соглашались с предложениями японцев по превращению своих обителей в шпионские опорные базы и даже тайные склады оружия.
Не обходили японские спецслужбы своим вниманием и западные районы МНР, прилегающие к Синьцзяну, где то и дело вспыхивали восстания национальных меньшинств против засилья китайцев. За влияние на монголов и уйгуров они соперничали с английской разведкой. На юге, во Внутренней Монголии, входящей в состав Китая, японцы всячески поощряли объединение монгольских эмигрантов вокруг религиозного авторитета панчен-богдо, который с благословения тибетского далай-ламы собирал силы для вторжения в МНР.
В это сложное и тревожное время советская и монгольская разведки широко применяли такой острый прием борьбы с противниками, как оперативные игры. Так, в окружение панчен-богдо был внедрен опытный монгольский разведчик, по социальному положению лама, которого лично знал и высоко ценил еще сам Сухэ-Батор, не раз направлявший его с разведывательными заданиями в ставку барона Унгерна. Этот отважный человек смог добиться того, что панчен-богдо назначил его руководителем центра по осуществлению связи с эмиссарами, нелегально работавшими на территории Монголии. В результате было налажено регулярное получение ценнейшей достоверной информации, позволившей разработать и осуществить целую серию острых оперативных мероприятий по развалу и ликвидации выпестованной японцами организации панчен-богдо.