Серьезные удары были нанесены и по чанкайшистской разведке. В соответствии с планом одной из совместных операций в Улан-Баторе с помощью двух специально подготовленных агентов была создана частная автотранспортная артель по перевозке грузов и пассажиров до китайского города Калган. Затем этим предприятием удалось заинтересовать китайскую разведку и побудить ее к использованию артели в качестве прикрытия своих работников. Таким образом Государственная внутренняя охрана Монголии и советская разведка взяли под контроль каналы связи чан-кайшистов со своей агентурой и сводили к минимуму тот ущерб, который она пыталась нанести МНР и Советскому Союзу.
После оккупации Японией Маньчжурии в 1931 году международное положение МНР еще больше осложнилось, а борьба с японскими спецслужбами стала главным направлением приложения совместных усилий ГВО и внешней разведки СССР. Непрерывно приходилось срывать поползновения японских разведчиков расширить свою агентурную сеть в партийно-государственном аппарате и вооруженных силах МНР. Из представителей буддийского духовенства противник пытался создать влиятельную оппозиционную силу. В пропаганде среди населения японские пособники умело использовали ошибки и левацкие перегибы, допускавшиеся правительством и органами местного управления. В частности, при подстрекательстве японской агентуры кампания по обобществлению частных скотоводческих хозяйств и волевое сокращение численности лам буддийских монастырей привели в ряде районов к серьезным волнениям и мятежам. В 1932 году к усмирению восставших и проведению среди них разъяснительной работы пришлось привлекать отряды ГВО, в состав которых входили и советские чекисты. Не обходилось и без потерь. В мае 1932 года в этих операциях погибли главный инструктор Кияковский, инструкторы Исаков и Колосов.
Во Внутренней Монголии японцы сформировали из монголов и бурятов «национальную монгольскую армию», которой отводилась роль «освободительницы родины». В районе Хайлара и Цицикара подготовкой монгольских отрядов вторжения занимались 120 офицеров Квантунской армии, владевших монгольским языком. Там же функционировали под эгидой японской разведки курсы пропагандистов идей панмонголизма. На восточных границах МНР постоянно провоцировались вооруженные столкновения.
Есть серьезные основания полагать, что развитие обстановки на Дальнем Востоке могло принять совсем другой характер и иную направленность, если бы советская и монгольская спецслужбы не оказывали японским милитаристам и экспансионистам упорного и самоотверженного противодействия. Порой их ответные удары были достаточно мощными. Так, в 1933 году в Монголии была вскрыта и обезврежена созданная японской разведкой крупная диверсионно-повстанческая организация. Ее члены совершали нападения на различные хозяйственные объекты, подстрекали военнослужащих МНРА к дезертирству, распускали слухи о вторжении отрядов панчен-богдо, их «победном шествии» по стране и скором падении существующей «антинародной власти». Эта сложная операция способствовала стабилизации политической ситуации в ряде районов МНР, а японские спецслужбы лишились многих источников разведывательной информации. Уникальным по своей ценности был и вклад монгольских и советских разведчиков в подготовку разгрома японских войск на реке Халхин-Гол в мае-августе 1939 года.
В целом тесное взаимодействие монгольской и советской разведок в 20-е и начале 30-х годов развивалось успешно и приносило плоды обеим сторонам. Но, к сожалению, оно порой омрачалось нараставшей всеобщей подозрительностью и шпиономанией в Советском Союзе, а также несовершенством договорно-правовой базы сотрудничества. В частности, справедливое недовольство монгольских друзей вызывали попытки некоторых советских инструкторов организовывать сбор агентурных сведений о положении в руководстве МНР, нередко граничившие с открытым вмешательством во внутренние дела этой суверенной страны. Некоторые советские чекисты позволяли себе бестактное и высокомерное отношение к монгольским коллегам. Были, хотя и не часто, случаи, когда дело доходило до неприятных инцидентов. Например, в 1927 году монгольские друзья добились выдворения главного советского инструктора Я. Блюмкина за то, что он распорядился арестовать и депортировать в СССР нескольких русских эмигрантов, принявших монгольское гражданство и находившихся на службе у правительства МНР. Да, это был тот самый Блюмкин, который «прославился» своими авантюрами, включая провокационное убийство германского посла графа Мирбаха в Москве в 1918 году. Позднее по настоянию особо рьяных и чрезмерно «бдительных» советских коллег монгольские органы безопасности репрессировали как японских шпионов группу высокопоставленных деятелей, включая начальника ГВО Шиджия и секретаря ЦК Монгольской народно-революционной партии Лхумбо. Все они впоследствии были реабилитированы.