Первоначально перестройка воспринималась разведкой как необходимость коренного улучшения всех направлений разведывательной работы и в центральном аппарате, и в резидентурах, поиск новых, более эффективных форм работы, концентрации усилий на главных направлениях ее деятельности.
В центральном аппарате и подразделениях разведки шла напряженная работа по осмыслению указаний центральных органов и разработке новых форм и методов разведывательной деятельности.
Перемены не заставили себя ждать. Прежде всего были уточнены и сужены задачи, которые должна была решать разведка, определена их приоритетность. От «глобализма», когда практически в каждой стране, независимо от ее места в мировой политике и значимости для интересов России, создавались резидентуры, отказались решительно и даже с некоторым облегчением.
Подверглось пересмотру понятие «главный противник». В организации своей работы разведка стала ориентироваться на «национальные интересы страны». В каждой конкретной ситуации, подчеркивал директор СВР Е.М. Примаков, «у нас могут быть противники и союзники. Разведка и в новых условиях продолжает бороться против противника, но не раз и навсегда данного, а выявленного в результате его реальной деятельности, которая нарушает или может нарушить интересы России».
В разведке была проведена департизация. Отныне сотрудникам запрещалось участвовать в деятельности политических партий и объединений.
В разведку пришло такое явление, как гласность. Происходящие в стране и обществе процессы настоятельно требовали, чтобы широкие круги общественности имели представление, что такое внешняя разведка, зачем она нужна, чем занимается и не нарушает ли в своей деятельности права человека.
Руководители разведки и ее отдельных подразделений стали выступать перед представителями СМИ, в различных трудовых коллективах, встречаться с общественностью. В пределах возможного они рассказывали об истории внешней разведки, ее роли в наиболее критических в жизни страны моментах, о задачах сегодняшнего дня, о самом понятии «разведывательная информация» и о необходимости ведения разведки в мире, расколотом на военные блоки, в мире, где существуют еще государства, вынашивающие агрессивные намерения, и полным-полно ядерного оружия и других средств массового поражения. Необходимость ведения разведки и востребованность разведывательной информации стали понятнее населению страны.
Для работы со СМИ и укрепления связей с общественностью в разведке было создано пресс-бюро. Журналисты получили доступ к некоторым материалам разведки, возможность встречаться в регламентированных рамках с ее сотрудниками, в первую очередь с ветеранами.
В октябре 1991 года внешняя разведка была выведена из КГБ и стала самостоятельным органом. Разведка, таким образом, вышла из системы правоохранительных органов.
Примаков хорошо понимал необходимость сохранения и преемственности государственных структур, которые обеспечивали безопасность российского государства в новых условиях. Внешняя разведка была сохранена. Сохранены ее кадры, традиции, выработанные десятилетиями служения Отечеству.
Впервые в истории разведки под ее деятельность была подведена прочная правовая основа. В 1992 году принят Закон «О внешней разведке». Указами Президента России утверждено Положение о СВР. Внешняя разведка стала легитимной формой государственной деятельности, закреплены ее полномочия, определено место в системе обеспечения безопасности России, установлена прямая подчиненность президенту страны.
В январе 1996 года директором Службы внешней разведки России был назначен В.И. Трубников.
На посту директора Трубников, наряду с текущей работой, внес большой вклад в концептуальную разработку задач внешней разведки в постсоветский период, вытекающих из особенностей международной обстановки после окончания холодной войны и возникновения так называемого однополярного мира, привнесшего широкий спектр новых угроз национальной безопасности нашей страны.
Крах одного из двух блоков, существовавших в мире на идеологической основе, не привел к окончанию конфронтации на международной арене. Однополюсный мир не только не устранил существовавшие противоречия в международных отношениях, но и породил новые, реанимировал старые. Стремление ряда государств реализовать свои геополитические устремления за счет других стран, наконец, явное желание некоторых держав установить свою гегемонию в мире, ревизовать уже согласованные нормы международного права делают международную обстановку напряженной и опасной, в том числе и с точки зрения интересов России. Одни государства вынашивают планы своего внедрения на постсоветское пространство, отрыва стран СНГ от России и даже расчленения Российской Федерации. Другие претендуют на части территории России, искусственно раздувают так называемые территориальные споры.