Благодаря бдительности ВЧК и пограничных чрезвычайных комиссий вербовка белогвардейцев как в «Южную», так и в «Северную армию» на неоккупированной территории была пресечена, хотя в районах, захваченных немцами, германскому командованию удалось все же сформировать несколько полков, которые впоследствии влились в армию Юденича.
На средства немецкой разведки существовала в Петрограде крупная монархическая организация во главе с известным черносотенцем Марковым И. В тесной связи с этой организацией находилась группа контрреволюционного гвардейского офицерства и группа немецких шпионов, пробравшаяся в Селигеро-Волжскую флотилию. Первая группа развернула свою шпионско-подрывную работу в частях 1-го Советского корпуса Красной Армии. Немецкий шпион фон Розенберг, обманным путем пробравшийся на пост начальника оперативного отдела штаба корпуса, подготовлял измену с целью захвата Петрограда. Вторая группа, руководимая офицером Билибиным, должна была оказать поддержку заговорщикам со стороны Ладожского озера силами Селигеро-Волжской флотилии.
Начальник флотилии Билибин вначале служил англичанам. По заданию английской разведки он должен был способствовать судами флотилии наступлению англичан с севера.
Однако надежды Билибина на быстрое продвижение англо-французов к Вологде и Петрозаводску не оправдались. Красная Армия задержала наступление интервентов на Севере. Тогда английский шпион предложил свои услуги немцам, полагая, что они быстрее продвинутся к Петрограду. С помощью начальника базы флотилии Лукина Билибин установил связь с организацией Маркова и стал выполнять задания немецкой разведки.
Осенью 1918 г. ВЧК раскрыла и ликвидировала этот обширный заговор. Планы немецкой разведки полностью провалились.
В сентябре — ноябре 1918 г. ВЧК разоблачила и ликвидировала контрреволюционные заговоры в Рязани, Костроме, Вышнем Волочке, Велиже, Борисоглебске и ряде других городов.
В центре Советской республики — в Москве контрреволюционеры имели особенно много тайных организаций. Это и не удивительно, ибо в столице скопилось несколько десятков тысяч кадровых офицеров и офицеров военного времени. Здесь находился центральный государственный аппарат Советской власти, против которого заговорщики в первую очередь направляли свои удары.
ВЧК раскрыла в Москве «Сокольническую военную организацию», «Орден романовцев», «Объединенную офицерскую организацию» и т. д. Все эти контрреволюционные группы имели широко разветвленный шпионский аппарат. У них были свои агенты в таких советских учреждениях, как Центральное управление по делам пленных и беженцев (Центропленбеж), Красный крест, ВСНХ. Подобная система давала белогвардейским агентам возможность помимо маскировки быть в курсе основных мероприятий важных советских учреждений и собирать обширный шпионский материал.
ВЧК решительно рвала шпионскую паутину. Уже в первые месяцы осуществления политики красного террора часть контрреволюционных организаций вынуждена была временно прекратить свою деятельность. Некоторые организации распались в силу того, что из их рядов были вырваны и уничтожены главные заправилы. Многие белогвардейцы во избежание разоблачения постарались скрыться из центральных городов.
Деятельность чрезвычайных комиссий в первый период гражданской войны представляла собой непрерывную, напряженную борьбу. Чекисты боролись с врагом и учились приемам борьбы, не зная ни минуты отдыха.
Враги Советской власти вопили на всех перекрестках об «ужасах» ЧК. Антисоветские партии требовали ликвидации «чрезвычаек».
Чекисты черпали силы в поддержке народа и Коммунистической партии.
В. И. Ленин высоко оценил деятельность ВЧК в борьбе с врагами народа. 7 ноября 1918 г. он выступил на митинге-концерте сотрудников ВЧК, посвященном первой годовщине Великой Октябрьской социалистической революции. В своей речи В. И. Ленин указал на великие и ответственные задачи, которые социалистическая революция поставила перед пролетариатом и, в частности, перед таким органом диктатуры пролетариата, как Всероссийская Чрезвычайная комиссия.
В. И. Ленин отметил, что Советское государство наряду с творческой работой вынуждено вести отчаянную борьбу по уничтожению сопротивления буржуазии. Без решительного подавления сопротивления свергнутых классов пролетариат не в состоянии выполнить своей великой исторической миссии по освобождению человечества от всякого вида угнетения.