По своему богословскому самообразованию п. Иосиф был фигурой довольно серой. Сохранившееся от него единственное литературное произведение — обширное поучение в трех частях: а) к епископам, б) к князю, судии мира и с) к попам. Произведение компилятивное, но не лишенное некоторого приспособления к живой действительности.
Патр. Иосиф вознесен на высоту идеала нашими старообрядцами. Для них это — последний перед п. Никоном истинно-православный патриарх древней св. Руси. Это потому, что в напечатанных при нем богослужебных книгах широко закреплены и старые, грамматически некорректные русские рукописные тексты, и еще важнее — наши старые обряды: двуперстие, седмипросфорие, хождение посолонь, сугубая аллилуйя, начертание Исус Христос и т. д. Понятно, что наши старые полемисты против старообрядчества не чтили Иосифа. Новые историки расстались с этим предубеждением. Проф. Каптеров впервые в 1887 г. в своих работах о патр. Никоне постарался исправить это представление о патр. Иосифе. По его словам, Иосиф не слабый и бездеятельный человек, мимо которого шли события, но просвещенный и активный: издание книг, устройство школ, упорядочение обрядов, исправление нравов духовенства. Во всем этом он был предтечей Никона. Последнему пришлось только продолжать Иосифа. Надо признать это преувеличением. Просвещенность Иосифа не идет далее обычного начетничества. Патр. Иосиф напечатал только то тройное поучение, на которое мы указали выше. Патр. Иосиф не был ленивым старцем. Но все-таки он был уже настолько стар и болезнен, что не поспевал за напряженным темпом столично-церковных и придворных интересов. Инициатива других во всем опережала его, тревожила его самолюбие и усиливала мнительность. В этом не может быть никакого сравнения медлительно отстающего Иосифа с бурно несущимся вперед Никоном. В 1645 г., по смерти царя Михаила вступил на престол 16-тилетний Алексей Михайлович. Вместе с этим произошло, так сказать, омоложение и его окружения, с новыми идеями и новой энергией. Патр. Иосиф не в силах был угнаться за этим движением. Ставшая у кормила власти группа бояр — «западников» между прочим усиленно стремилась прибрать к рукам церковные земли и потому искала себе опоры в новых церковных деятелях. Бояре новаторы это — кн. Одоевский, Морозов, кн. Львов. Духовник молодого царя, Благовещенский протопоп Стефан Вонифатьев был вождем группы столичного духовенства, которое шло рука об руку со стремлениями светской власти. С Вонифатьевым дружил и протопоп Казанского собора на Красной площади Иван Неронов. Эти энергичные и не старые церковные деятели, отражая в своей сфере реформистское вдохновение своих государственных друзей, и общее успокоение страны после Смуты, вновь оживляли мечту о Москве, как о Третьем Риме. В общих совещаниях вместе с царем (тут приглашался и патр. Иосиф), решили усилить духовный престиж Москвы, стягивая в нее из провинциальных городов всю красу и гордость тамошнего духовенства, особенно речистых и популярных пастырей — проповедников. Надо было воочию всем показать духовную силу и блеск Третьего Рима. Этот замысел по существу подобен такой же мечте митр. Макария в ХVI веке. Предполагалось упорядочить весь обрядовый вопрос, исправить богослужебные книги, ввести в церквах всякое благочиние, учредить школы. Все это и для противопоставления соблазнам ересей, претензиям латинства и иноверия и в согласии с требованиями национального идеала Москвы — Третьего Рима. Стараниями этой инициативной группы вызван и устроен в Москве ряд выдающихся протопопов. Аввакум из Юрьевца—Повольского (т. е. Поволжского, Нижегородско-Костромской край). Лазарь из Романова-Борисоглебска (тоже с Волги, под Костромой). Даниил из самой Костромы. Логгин из Мурома. Все эти персоны, примкнув к столичному ядру, составили передовой кружок консервативных «реформаторов-реставраторов». К кружку привлечен был и архимандрит Никон, случайно прибывший с посольством из Соловков и оставленный на Москве по воле молодого царя. Этот кружок влиял и далее на подбор лиц для выдающихся церковных мест и заинтересован был изданием полезных вероучительных книг, как напр., «Малый Катехизис» и «Кириллова книга». Даже печатный двор, перестроенный и обогащенный новым красивым шрифтом, был взят в ведение царя. Фактически патриарх не управлял печатным делом, а только формально значился на выходных листах книг. А школьное дело устроилось и совсем без воли патр. Иосифа. Равно и такое крупное предприятие, как «Уложение царя Алексея Михайловича», ограничившее экономическую, административную и судебную власть патриарха, архиереев, церквей и монастырей, прошло вне всякого влияния в ту или другую сторону престарелого патриарха. И ряд «реформ» церковного обихода проходил даже при прямом сопротивлении патриарха. В 1649 г. у патриарха возник конфликт с прот. Стефаном Вонифатьевым, а через него глухо и с самим царем.