Вместе с тем данная организация имела и существенные недостатки. Во-первых, созданная группировка тыла не получила организационного оформления. В ней не было создано управление базы. Принятая форма руководства путем назначения оперативной группы являлась недостаточно полной, самостоятельной и оперативной. Во-вторых, все подвижные группировки на флотах и флотилиях были недостаточно мощными, имели ограниченные силы и средства. Особенно недоставало в них оборудования для полевого хранения материальных средств, средств механизации погрузочно-разгрузочных работ. Основная часть подвижной группировки (объединенный головной склад) была громоздкой. Для ее перемещения требовалось много транспорта, передислокация в новый район развертывания могла осуществляться только в период оперативных пауз.
К концу войны флоты и флотилии располагали уже значительным количеством подвижных средств технического обеспечения (различные ремонтные мастерские на автомашинах, плавсредствах и в железнодорожных вагонах). Однако в районе проведения операции они не были объединены общим руководством и использовались недостаточно целеустремленно и эффективно. Основная масса их по-прежнему оставалась в пунктах постоянного базирования сил флота, а не в составе подвижных группировок тыла. Наиболее сложным и трудным участком в наступательных операциях сил флота являлся судоремонт.
В 1944-1945 гг. на флотах были созданы морские оборонительные районы (МОР), объединявшие в своем составе одну-три военно-морские базы. Это были более мощные, чем военно-морские базы, оперативные объединения военно-морских сил, способные решать ряд оперативных задач в своем районе (зоне). Был сформирован и тыл МОРов, который занял промежуточное место между тылом флота и тылом военно-морской базы. Начальнику тыла МОРа в специальном отношении подчинялись начальники тыла военно-морских баз, входивших в состав данного оборонительного района. Организационная структура тыла МОРа была аналогична структуре тыла военно-морской базы. Однако создание тыла МОРа в главной военно-морской базе, где функционировал тыл флота, себя не оправдало.
Тыловое обеспечение сил флота (флотилии) в ходе войны планировалось и осуществлялось по видам обеспечения соответствующими органами управления (как подчиненными начальнику тыла, так и не подчиненными ему) под общим руководством штаба флота. Выработанный в мирное время принцип тылового обеспечения ВМФ по схеме центр – флот – военно-морская база – соединение – корабль (часть) не претерпел сколько-нибудь серьезных изменений. В ходе войны в соответствии с обстановкой в него вносились лишь некоторые коррективы.
Общее руководство тылом флотов (флотилий) военные советы флотов (флотилий) осуществляли через начальников тыла флотов (флотилий) путем издания приказов и отдельных директив командующими флотами, а также устными распоряжениями. По таким важным мероприятиям флотского масштаба, как организация и осуществление зимнего завоза материальных средств в отдаленные военно-морские базы и гарнизоны, зимний ремонт кораблей, вооружения и техники, обеспечение внешних конвоев (на Северном флоте), издавались также директивы по Тылу ВМФ и по тылу флотов.
Боевые действия сил флотов в первом периоде войны осуществлялись преимущественно в порядке повседневной боевой деятельности. Поэтому и тыловое обеспечение, кроме отдельных операций, осуществлялось в обычном повседневном порядке, а в экстренных случаях – распорядительным путем. Во втором и третьем периодах войны, особенно при подготовке десантных операций и наступательных операций по содействию армиям и фронтам, действовавшим на приморских направлениях, разрабатывались директивы по тылу и планы материального, технического, инженерного и медицинского обеспечения. Мероприятия аварийно-спасательного обеспечения разрабатывались штабом флота и отражались в оперативной директиве.
1.1.4 Питание личного состава экипажей