Саме Петро Рум’янцев першим виступив з ініціативою широкої реформи козацьких полків — реорганізації їх у військові одиниці. Про це він неодноразово доповідав Сенату (кабінету міністрів при російському дворі), а також особисто Катерині II. Восени 1768 р. було остаточно розірвано дипломатичні та торговельні стосунки між Росією і Туреччиною, й обидві країни узялися за підготовку до війни. Початок воєнних дій у 1768 р. спонукав генерал-аншефа пришвидшити вирішення питання з Малоросійськими козацькими полками. 17 жовтня 1768 р. він подав докладну реляцію до Сенату, а 17 листопада 1768 р. — на ім’я Катерини II, про необхідність реорганізації Малоросійського козацького війська{16}.
Рум’янцев доповідав про серйозну нестачу в малоросійських козаків зброї та спорядження, недосконалу військову організацію, а також, найголовніше, відсутність дисципліни, випадки відмови підпорядковуватись командирам і схильність до бунтів. Певно, за таких умов Малоросійські козацькі полки не становили серйозної воєнної сили.
Клопотання про реформування Малоросійського козацтва було відхилено. Проте, відповідно до указу Катерини II, генерал-фельдмаршал П. О. Рум’янцев отримав зобов’язання підготувати до нової Російсько-турецької війни 12 тис. малоросійських козаків з відповідною кількістю старшин. Генерал-фельдмаршал мусив підкоритися, але знову зауважив імператриці, що не вважає малоросійських козаків підготовленими до війни, а їх старшин (за кількома винятками) — здатними до несення військової служби{17}.
Уже в грудні 1768 р. стало зрозумілим, що 12 тис. малоросійських козаків зібрати не вдасться, тож П. О. Рум’янцев наказав малоросійській старшині зібрати хоча б 6 тис. або «сколько найдетца». За станом на грудень 1769 р. у російській армії мало бути 9 тис. козаків, але їх реальна кількість у документах не зафіксована{18}.
Малоросійські козацькі полки, через брак відповідної підготовки, не брали безпосередньої участі у бойових діях під час Російсько-турецької війни 1768–1774 рр., але охороняли тили російської армії, прикордонні території та шляхи сполучення. Приміром, козаки Лубенського полку розташовувалися на охороні м. Бендер, лінії від Бендер до Ясс і далі до р. Прут; Переяславський полк перебував у розпорядженні штабу П. О. Рум’янцева; ще 1500 козаків охороняли поштовий шлях між Дніпром і Дністром{19}.
Окремі представники малоросійської шляхти брали участь у Російсько-турецькій війні 1768–1774 рр. у складі російських частин. Серед них, зокрема, слід особливо відзначити майбутнього фельдмаршала Російської імперії Івана Васильовича Гудовича (1741–1821) та генерал-поручика Андрія Степановича Милорадовича (1726–1796){20}.
Унаслідок війни з Туреччиною 1768–1774 рр. Російська імперія приєднала до своєї території Таврію та землі між Дніпром і Південним Бугом. Окрім того, було ліквідоване Кримське ханство, завойований Крим та бухти на березі Чорного моря. Військову варту в Криму та Північній Таврїї аж до 1783 р. — часу остаточного скасування полкового поділу Малоросії, несли малоросійські козаки{21}.
Ліквідація Запорозької Січі. Чорноморське козацтво
У Російсько-турецькій війні 1768–1774 років узяли участь і запорозькі козаки. Але так само, як і Малоросійські козацькі полки, вони використовувалися російським командуванням переважно для виконання допоміжних функцій: охорони тилу, військових комунікацій, транспортного обслуговування тощо. Лише під час штурму фортеці Очаків та воєнних дій на Дунаї запорозькі козаки безпосередньо вступали у бій{22}.
1775 р., по закінченні бойових дій, Запорозьку Січ було скасовано. Російські війська на чолі з генералом Текелієм оточили Січ та висунули вимогу про її роззброєння. Ані запорожці, ані росіяни воювати не хотіли. Переважна більшість запорозьких козаків протягом кількох тижнів таємно виходила з Січі й тікала на турецьку територію. Решта невдовзі склала зброю та згодом під керівництвом генералів була переформована в три пікінерські полки російської армії. Останній кошовий отаман Петро Калнишевський (1690–1803) був заарештований і засланий на Соловецькі острови, де й помер. Надгробок і каземат, у якому перебував Калнишевський протягом 25 років, збереглися донині.