Запорожці, що перейшли на турецьку територію, заснували так звану Задунайську Січ, однак уже на початку Російсько-турецької війни 1787–1791 рр. вони почали масово повертатися у розпорядження російського військового командування. Так, 24 серпня 1787 р. генерал О. В. Суворов доповідав своєму начальству:
«К Кинбурну с острова Березани вышло бывших запорожских казаков больше сорока, то есть кроме двух человек четыре куреня. Осталось на оном Березане еще два куреня; выше Очакова верст двадцать, при Кучуруне, по известиям вышедших, — один курень; против устья Буга — один курень. Всех было около Очакова восемь куреней; протчие сто два человек прошлого году весною прогнаны от турков за Лунай; в австрийские границы перешло третьего году с две тысячи человек, за половину поляков. Сих, с Березани вышедших, яко по свидетельству здоровых и бывших несколько дней в карантине, препровождаю я в Бкатеринославское наместническое правление»{23}.
Перший кошовий отаман Чорноморського козацтва Сидір Білий (портрет з видання: Белецкий П. Украинская портретная живопись XVII–XVIII вв., Ленинград, 1981)
Усі запорожці, що залишили турецькі території, за кілька тижнів були зараховані на російську військову службу. Їхні отамани Сидір Білий, Антін Головатий та Захарій Чепіга дістали офіцерські звання. У розпорядженні генерала О. В. Суворова запорозькі козаки брали активну участь у битві на Кінбурні, штурмі фортеці Очаків і взятті острова Березань. Під час морського бою між Кінбурном і Очаковим дістав смертельне поранення перший кошовий отаман Сидір Білий{24}.
Невдовзі старшини запорожців подали на ім’я Катерини II прохання про відродження запорозького козацтва. 14 січня 1788 р. цариця оголосила про своє благовоління козакам:
«…Приемлем за благо усердие Подполковника Сидора Белого и прочих Старшин бывшего войска Запорожского, и соизволяем, чтобы вы (тобто князь Потьомкін. — Я. Т.) им Наше Монаршее благоволение объявили; а что касается до просьбы и желания, находившихся в помянутом войске, чтобы им отвести для поселения земли в корченском Куту, или на Тамани: сие весьма полезное дело вы можете распорядить по лучшему вашему усмотрению, распространяя дозволение тут селиться и прочим из-за границы к ним присовокупиться хотящим, равно как и находящимся в неприятельской стороне, если кто из них пришел в раскаяние о своем заблуждении, прибегнет к милости, Нам свойственной»{25}.
20 квітня 1788 р. запорозьке козацтво дістало нову назву: «Війська вірних козаків Чорноморських», або — Чорноморського козацтва. 13 травня того ж року чорноморцям повернуто всі військові прапори та клейноди запорозького козацтва, чим підтверджено безперервний історичний зв’язок українського козацтва. 30 червня 1792 р. чорноморцям було жалувано у вічне володіння всі землі між р. Кубанню та Азовським морем. За кілька місяців чорноморські козаки у повному складі переселилися на Таманський півострів.
Чорноморське козацтво на початку свого існування було не дуже численним (вважається, що перші переселенці нараховували не більше 25 тис. осіб), а головне — не вистачало жінок, тож за деякий час Чорноморському козацтву загрожувало зникнення. Щоб запобігти цьому, царський уряд провів в Україні кілька «мобілізацій» малоросійських козаків та жіноцтва. Зокрема, 22 серпня 1799 р. на Кубань було наказано відправляти «всіх бродяг» з Малоросії, польських земель (тобто Правобережної України) та колишніх запорожців. Згідно з наказом від 17 березня 1808 р. переселено близько 15 тис. малоросійських козаків із дружинами та дітьми, а 19 квітня 1820 р. — ще 25 тис.
Отже, Чорноморське козацтво формувалося з яскраво національною українською ознакою, яку не втрачало аж до радянської політики Розкозачення, що тривала у 1928–1930 рр., та насильницького перепису всіх колишніх чорноморських козаків на «росіян».
Від часу виникнення, 1787 р., Чорноморське козацтво брало участь у більшості воєн, що їх вела Російська імперія. З 1802 р. Чорноморське козацьке військо поділялося на 10 кінних та 10 піших (по 5 сотень) полків.
18 травня 1811 р. було створено Гвардійську Чорноморську сотню для служби у Санкт-Петербурзі при царському дворі. Вона увійшла до Лейб-гвардії Козацького полку, що комплектувався з донських козаків, і відзначилася у битві при Бородіні, а згодом опинилася у складі Конвою Його Імператорської Величності. Аж до 1917 р. нащадки чорноморців — кубанські козаки, формували 1-шу та 2-гу сотні Конвою царів Миколи І, Олександра II, Олександра III та Миколи II (ще дві сотні — 3-тя та 4-та — формувалися з терських козаків, які також мали українські корені){26}.