Опыт первого штурма показал, что 45мм калибр является недостаточным для установки в казематных дотах. Эффективность огня 45мм орудий против пехоты оказалась невысокой, а количество танков и транспортеров, для сдерживания которых и строились доты, оказалось гораздо меньше ожидаемого. В то же время эффективность 100мм орудий оказалась высокой. Были приняты все меры для того, чтобы увеличить количество 76мм орудий в полосе обороны главного и тылового рубежей обороны. По данным, приведенным в книге "Военные строители Черноморского флота" всего было построено 18 дотов под 76,2 орудие Лендера, но результаты разведок этого не подтверждают. Всего, для 76,2 и 75мм орудий было построено и перестроено не более 12 дотов и дзотов. Конструкция укреплений и структурная схема береговой обороны к началу второго штурма изменений практически не претерпела. Были лишь завершены некоторые укрепления, строительство которых было начато ранее. Оборона имела ту же линейную структуру, но в строительстве укреплений начинают появляться некоторые особенности. С учетом опыта первого штурма большее внимание стали уделять полевой фортификации, размещению личного состава, строительству землянок и блиндажей. Учитывая то, что немецкие части использовали малейшую возможность для прорыва, линия обороны становится сплошной, а не перехватывает только дороги, как это было ранее. Бронепоезд "Железняков" находился в зависимости от обстановки в оперативном подчинении коменданта II или III сектора, в районе которых он мог действовать (ветка на Балаклаву к декабрю еще не была достроена).
Артиллерия и пулеметы батальонов дотов и дзотов Береговой обороны, а также несколько полевых тяжелых батарей оперативно подчинялись комендантам секторов, и использовались по их указанию. Во время первого штурма Севастополя три артиллерийских дота были уничтожены прямым попаданием в амбразуру, в результате которого происходила детонация боезапаса. В связи с этим, и для того, чтобы уменьшить зависимость дотов от подвоза боезапаса, рядом с ними стали строить отдельные погреба (чаще всего деревоземляные) рядом с дотом. П.А.Моргунов указывал в книге "Героический Севастополь": "... установка орудий среднего калибра в одиночных дотах малоэффективна. Противник легко обходил их позиции, лишенные пехотного прикрытия...". Это действительно так, противник обходил и ликвидировал их, по мере того, как в дотах кончались боеприпасы, но только в том случае, если они действительно не имели пехотного прикрытия. Действительно, начиная с 12 ноября 1941 года, орудия 100-130 мм, стали устанавливать, чаще всего, в двухорудийных в батареях. Фактически чаще всего это были те же доты открытого типа, но с двумя отдельными погребами боезапаса, и собственной системой обороны, КП, корректировочными постами. Орудия таких батарей стояли на расстоянии 80-150м друг от друга. Позиции батарей оборудовались круговой обороной в виде пулеметных дзотов, противотанкового рва и проволочных заграждений. Живучесть и эффективность таких укреплений была намного выше. Строятся не только укрепления, ремонтируются дороги, создаются новые аэродромы, причалы, КП, подземные заводы, землянки для л/с. Но здесь П.А.Моргунов немного лукавит. 100мм доты, вооруженные орудиями Б-24 БМ никто не демонтировал, более того, в период между 1-м и 2-м штурмами строится несколько новых дотов, вооруженных 100 и 130мм орудиями. Иногда разница между батареями и отдельными дотами была чисто номинальной. Ведь многие вновь установленные батареи приборов управления стрельбой не имели, а огонь велся по пристрелке.