После организационной перестройки и усиления конспирации оуновское подполье продолжало активную диверсионно-террористическую и другую антисоветскую деятельность, стремясь сорвать проводимые партией и правительством мероприятия, направленные на подъем экономики и культуры в западных областях республики.
Третий этап охватывал 1952–1955 годы, когда уже не было четкого организационного построения подполья и органам государственной безопасности приходилось иметь дело с изолированными друг от друга националистическими звеньями и бандитами-одиночками.
Агентурно-оперативные мероприятия органов госбезопасности против оуновского подполья, начиная со второго этапа, то есть с 1947 года, проводились с учетом изменившейся тактики противника.
К этому времени в подполье ОУН еще оставались опытные националистические кадры, искушенные в нелегальной работе националисты-фанатики, которым были известны многие методы работы органов МГБ. Подполье ОУН выработало строжайшие правила конспирации, которых должны были придерживаться все без исключения националисты.
Подполье продолжало оставаться многочисленным, сохранило многие руководящие звенья и главарей, которые постоянно принимали меры к пополнению банд. Многие бандиты были известны органам МГБ только по кличкам, что осложняло проведение чекистских мероприятий через их родственные и другие связи.
Оуновские бандиты и их главари в большинстве случаев располагали тогда специально подготовленными и искусно замаскированными убежищами, где могли отсиживаться длительное время при проведении чекистско-войсковых операций. По условиям конспирации отлучки бандитов поодиночке были запрещены, что затрудняло связь с внедренной в банды агентурой органов государственной безопасности.
После разгрома УПА органы государственной безопасности направили свои основные усилия на розыск и ликвидацию руководящих звеньев националистического подполья, в первую очередь центрального, краевых, окружных, надрайонных и районных «проводов», на перехват каналов связи с закордоном, поимку курьеров, эмиссаров и шпионов, засылаемых в нашу страну. С этой целью были созданы чекистские группы по розыску и ликвидации каждого «провода».
Для розыска каждого члена центрального «провода» ОУН были созданы межобластные оперативные группы, работавшие под руководством КГБ УССР. Межобластные оперативные группы создавались и по розыску окружных, надрайонных и районных «проводов» ОУН, если их участники укрывались на стыках административных границ нескольких областей. Для розыска низовых бандгрупп (кустовые и местные бандгруппы) также были выделены группы оперработников, освобожденных от другой работы.
Такая расстановка оперативных сил явилась очень важным условием успешной организации работы и применения действенных методов в борьбе с вражеским подпольем.
В зависимости от конкретной обстановки органы государственной безопасности применяли в борьбе с вооруженным подпольем различные средства и методы. Особенно широко практиковалось в то время проведение чекистско-войсковых операций и применение различных агентурных комбинаций.
При ликвидации больших и малых банд, особенно в 1944–1945 годах, широко практиковались чекистско-войсковые операции. Они проводились на основании данных, полученных от агентуры и захваченных бандитов, сообщений заявителей, материалов войсковой разведки и т. п. К участию в них привлекался оперативный состав органов МВД — МГБ, внутренние войска, истребительные батальоны, подразделения Советской армии и советско-партийный актив.
Операция, как правило, начиналась с блокирования лесного массива или населенного пункта, где находились бандиты ОУН, после чего специально выделенные подразделения начинали поиск и ликвидацию бандитов. Войсковые действия, как правило, сочетались с агентурно-оперативными мероприятиями.
Только за два месяца — август и сентябрь 1944 года — в Ивано-Франковской области проведено 58 чекистско-войсковых операций, в ходе которых многие бандиты были убиты или захвачены живыми. В процессе этих операций у бандитов изъято: 4 пушки, 3 миномета, 131 станковый и ручной пулемет, 176 автоматов, 4 ПТР, 710 винтовок, 4 радиостанции, 3 типографии и другие трофеи.
В Львовской области в августе 1944 года было проведено 192 чекистско-войсковые операции, в результате которых разгромлено 27 бандитских групп УПА.
Среди ликвидированных и захваченных бандитов УПА были члены центрального «провода» ОУН: Луцкий, Клячковский, Степаняк, Дужий, Арсенич и Бусел, а также главари краевых «проводов» — «Верещака», «Роберт», «Арпад», «Данило» и многие другие.