3. Главное управление радиоэлектронной разведки средств связи (ГУРРСС). Создано на базе бывшего 16-го управления КГБ СССР. Занималось ведением внешней разведывательной деятельности в политической, экономической, военной и научно-технической сферах с использованием радиоэлектронных средств.
4. Главное управление информационных систем (ГУИС). Первоначально 21 февраля 1992 года на базе упраздненного Управления информационных ресурсов администрации президента России в составе ФАПСИ было создано Главное управление информационных ресурсов (ГУИР). Позже ГУИР было переименовано в ГУИС. Данное управление отвечало за информационное и информационно-технологическое обеспечение органов государственной власти, включая региональный уровень. Его сотрудники осуществляли информационную поддержку баз данных, создаваемых в региональных и ведомственных структурах управления, готовили по заказу государственных органов аналитические материалы, проводили анализ публикаций в СМИ, участвовали в формировании, сопровождении и предоставлении пользователям справочных, фактографических и проблемно-ориентированных баз и банков данных.
5. Главное административное управление (ГАУ, бывший штаб ФАПСИ).
Помимо управлений, в составе ФАПСИ имелись:
— Криптографическая служба (занималась внешней радиоэлектронной разведкой и шифрованием, собирала разведин-формацию, а также осуществляла ее первичную обработку);
— Служба собственной безопасности (осуществляла охрану сотрудников и помещений агентства); при ФАПСИ также действовала Академия криптографии РФ.
Помимо ФАПСИ, в единую систему федеральных органов правительственной связи и информации входили:
— органы правительственной связи и информации (Управления правительственной связи-в регионах, Центры правительственной связи и информационно-аналитические органы в субъектах РФ);
— войска;
— учебные заведения, научно-исследовательские организации, предприятия.
На войска правительственной связи возложено обеспечение всеми видами специальной связи органов власти, управления и военного руководства в военное время. В мирное время эти войска, по решению президента Российской Федерации, могут привлекаться для управления контингентами Вооруженных Сил, формируемыми на период выполнения конкретных задач, а также для организации правительственной связи в чрезвычайных ситуациях из мест, не оборудованных стационарными средствами этой связи.
Федеральные органы правительственной связи и информации участвуют в разработке и проведении государственной политики в области формирования государственных информационных ресурсов, обеспечивают президента РФ и руководителей всех органов государственной власти независимой от других источников специальной информацией по социально-политическим и экономическим вопросам, проблемам безопасности и обороноспособности, науки и экологии.
Наиболее ценная информация в документальном виде, в виде аналитических записок и справок ежедневно докладывается президенту, высшему руководству страны, секретарю Совета безопасности, директору ФСБ России, директору СВР России, начальнику Главного разведывательного управления Генштаба Вооруженных Сил России. По каналам правительственной связи ежедневно рассылаются более чем 350 адресатам тематические справки по материалам зарубежных информационных агентств, прессы и иностранного радиовещания.
Первым директором ФАПСИ стал А.В. Старовойтов. В декабре 1998 года его сменил генерал-полковник В.П. Шерстюк. Однако последний вскоре также уступил этот пост своему заместителю В.Г. Матюхину.