Все миссионеры, прибывшие из Прибалтики, стали считаться членами Православной миссии. Из их числа постепенно образовалось управление. Во главе ее стоял начальник, имевший несколько заместителей, курировавших отдельные церковные дела, и ревизора. Все решения, принятые Миссией, утверждались экзархом.
Первым начальником псковской Православной миссии стал протоиерей Сергий Ефимов. В октябре 1941 года его сменил протоиерей Николай Коливерский, а после его смерти в октябре 1942 года новым начальником был назначен протопресвитер Кирилл Зайц. Его помощником стал священник И. Легкий, членами управления Миссии — протоиерей Н. Шенрок, священник Г. Бениксен, секретарем — священник Н. Жунда. Для связи с местами и наблюдения за духовенством в Псковском, Новгородском, Порховском, Гдовском, Дновском, Островском, Гатчинском, Славковичском, Солецком, Ушаковском, Карташевском округах в 1942 году был образован институт благочинных. Миссия стремилась взять управление в свои руки, она не только наблюдала за храмами, но и назначала новых священников.
Территория, находившаяся в ведении Миссии, включала в себя все районы Ленинградской области, оккупированные немцами (за исключением Ямбургского и Волосовского — они находились под церковной юрисдикцией эстонской Нарвы), а также северную часть Калининской области. На этой территории проживало в 1941 году свыше двух миллионов человек.[550]
В условиях войны и, как следствия этого страшного события, обострения религиозных чувств населения церковь пользовалась огромным влиянием. В январе 1942 года в крещенском крестном ходе участвовало 40 процентов (10 из 25 тысяч) оставшегося в Пскове населения.[551]
Для верующих создание Православной миссии объяснялось не только необходимостью быстрого возрождения в «освобожденных областях» церковной жизни, но и тем, что эти области не имели епископа. Управление Миссией официально учреждалось «до восстановления непосредственной связи с Патриаршьей церковью». В 1941 году было объявлено:
«Высшая церковная власть в Российской Православной Церкви принадлежит Местоблюстителю Патриаршего Престола Блаженнейшему Сергию и состоящему при нем архиерейскому собранию. Но Экзархат в связи с ходом военных событий оказался по эту сторону фронта и поэтому управляется самостоятельно».[552]
До 1943 года, до нормализации отношений между советской властью и Русской православной церковью, (в 1943 году Сталин в пропагандистских целях, для противодействия немецкой религиозной политике на оккупированных территориях, с целью поднятия патриотического духа, иллюстрируя распускаемые спецслужбами слухи о послевоенных «послаблениях», разыгрывает церковную карту. Воссозданная и переименованная религиозная организация (РПЦ МП) наводнена агентами спецслужб, начиная с высших иерархов, и находится под полным контролем советских силовых структур. — И. Д.) при богослужениях на оккупированной территории возносилось не только имя экзарха, но и Местоблюстителя Патриаршего престола. Потом упоминание патриарха Московского Сергия было запрещено, но многие священники отказывались этот приказ выполнять.
К концу немецкой оккупации число священников на территории Северо-Запада России возросло до 175, а количество приходов — до 200. Так как большая часть оккупированных районов принадлежала Ленинградской епархии, священники должны были возносить во время богослужения имя митрополита Ленинградского Алексия, находящегося по другую сторону фронта. Но когда с советских самолетов начали разбрасывать подписанные Алексием антинацистские листовки, оккупационные власти запретили любое положительное упоминание его имени в храмах.[553]
Из газеты «Новый путь»:
Блаженнейший Сергий, митрополит Московский и Коломенский, согласно сообщению лондонского радио, выступая с докладом о положении святой православной церкви в России, между прочим, якобы сказал, что немцы в освобожденных Восточных областях притесняют православную церковь, уничтожают ее святыни и мучают православный народ. Московский митрополит якобы заключает, что победа большевистского оружия несет спасение православию и вообще христианству всего мира. Большевистские агенты избрали орудием своей лжи Московского митрополита. Мы уверены, что они принудили его так говорить под страхом смерти, а, может быть, попросту лишь использовали его имя.