М.Н. Муравьев никогда не рассматривал репрессии в качестве основного способа борьбы с мятежом. Создавались сельские стражи из крестьян, то есть дело подавления вооруженного восстания в значительной мере передавалось в руки самого населения. Генерал-губернатор приказал в три дня разоружить всех помещиков, шляхту, ксендзов и их прислугу, немедленно арестовать всех причастных к мятежу и придать их военному суду. Помещики и их управляющие не должны были помогать мятежникам, но обязаны доносить властям обо всех перемещениях повстанческих отрядов. Михаил Николаевич сразу стал действовать не столько насилием, сколько умом и рублем. Населенные пункты, в окрестностях которых орудовали шайки, но местные жители не сообщали об этом властям, облагались штрафами. Домохозяевам, содержателям трактиров, настоятелям церквей и монастырей Вильно было объявлено, что за каждого жителя, ушедшего в лес, они будут платить от 10 до 100 рублей. Через неделю бегство к мятежникам из столицы края полностью прекратилось.
В июле 1863 года Муравьев сам обратился к мятежникам с призывом сложить оружие, обещая помилование невиновным в убийстве. Польские шляхтичи, не привыкшие к бытовым неудобствам и скитаниям по лесу, массово начали сдаваться. Процедура отхода от мятежа была следующей. Мятежник являлся к местным полицейским властям, где его допрашивали и убеждались, что на нем нет крови. Затем в присутствии ксендза произносилась очистительная присяга и давалось клятвенное обещание, сопровождавшееся крестным целованием, не участвовать более в вооруженной борьбе с российским правительством, По имеющимся данным, таким образом вернулось к мирной жизни свыше 3 тысяч человек.
Искреннее раскаяние даже самого закоренелого мятежника давало ему возможность остаться в живых. И. Огрызко, один из лидеров польского подполья, был приговорен к расстрелу, но М.Н. Муравьев заменил смерть 20 годами каторги, поскольку тот «раскрыл всю свою душу и выдал всех своих товарищей». Этот заносчивый пан «упал к ногам следователя, рыдал как ребенок, целовал руки, локти, плечи, прося даровать ему жизнь». Меры Муравьева по подавлению открытого вооруженного мятежа являются хрестоматийными для действий такого рода. Все его усилия были энергичны, согласованы, продуманны, не переходили грани жестокости, а потому оказались на удивление эффективны.
Завершение активной фазы мятежа в Литве и Беларуси охладило пыл и варшавских инсургентов. 28 августа 1863 года польский подпольный жонд приказал прекратить военные действия. В том же месяце к генерал-губернатору явились делегации представителей шляхты с заверениями в своих верноподданнических чувствах. Последняя подпольная организация мятежников была ликвидирована летом 1864 года в Новогрудке.
Подавление вооруженного мятежа 1863 года не означало окончания деятельности Михаила Николаевича в Беларуси. Опытный администратор, он прекрасно понимал, что это будет лишь временный успех, если коренным образом не изменить жизнь в крае, не вернуть его на исконную, как он сам говорил, «древнерусскую» дорогу. Здесь, в Литве и Беларуси, М.Н. Муравьев начал реализовывать многое, что было задумано им еще в далеком 1831 году, при усмирении первого польского мятежа.
Михаил Николаевич прекрасно понимал, что главная надежда власти — крестьянство, простой люд Беларуси. Ведь в отрядах мятежников крестьяне составляли в среднем только 18 процентов, а шляхта — 70. Генерал-губернатор перевернул сельское общество, значительно ускорив развитие аграрного сектора нашей экономики. Было отменено временнообязанное состояние крестьян, то есть выполнение ими феодальных повинностей до выплаты выкупных платежей. Батраки и безземельные крестьяне начали наделяться землей, конфискованной у участвовавших в мятеже помещиков. На это из казны было выделено 5 миллионов рублей, огромная по тем временам сумма. 19 февраля 1864 года вышел указ «Об экономической независимости крестьян и юридическом равноправии их с помещиками». На белорусских землях при Муравьеве и его приемниках произошло то, чего Россия XIX века еще не видывала: крестьяне не только были уравнены в правах с помещиками, но и получили определенный приоритет. В Вильно была образована Особая поверочная комиссия, которая занималась исправлением уставных грамот. Все польские помещики были обложены 10-процентным сбором в пользу казны от всех получаемых ими доходов. Наделы белорусских крестьян увеличивались почти на четверть, а их подати стали на 64,5 процента ниже по сравнению с остальными российскими крестьянами. При этом в западных районах Беларуси, наиболее подверженных влиянию мятежников, крестьяне получили наибольшие преференции. В Гродненской губернии крестьянские наделы стали на 12 процентов больше по сравнению с нормой, закрепленной уставными грамотами, в Виленской — на 16, в Ковенской — на 19. Выкупные платежи белорусских крестьян были уменьшены на 20 процентов. В Гродненской губернии выкупные платежи были понижены с 2 рублей 15 копеек за десятину до 67 копеек. Приведенные цифры напрочь развевают миф о «колониальной политике» российских властей. Развитию Литвы и Беларуси царское правительство, благодаря таланту М.Н. Муравьева, уделяло большее внимание, чем районам великороссийским. Более того, нынешние успехи в аграрном секторе Гродненщины и Брестщины уходят корнями именно в славную Муравьевскую эпоху, когда на этих землях стараниями генерал-губернатора было создано крепкое крестьянское хозяйство, причем хозяйство высококультурное и производительное.