Михаил Николаевич был поистине народным генерал-губернатором. От петровских времен до Столыпина не было в России государственного деятеля, который настолько улучшил бы положение крестьянства. В сравнении с мероприятиями, проводимыми Муравьевым в белорусских землях, тускнеет даже отмена крепостного права. Белорусское крестьянство тысячами высылало своему генерал-губернатору благодарственные адреса.
М.Н. Муравьев приказал большинству из чиновников-поляков подать прошения об отставке, поскольку многие из них тайно сочувствовали, а зачастую и помогали повстанцам. По всей Руси Великой был брошен клич, призывавший смелых и честных людей приезжать в Беларусь, старинную русскую землю, для работы в присутственных местах. Это позволило избавить наши государственные учреждения от польского влияния. Но привлечение к работе чиновников из Центральной России было мерой временной. Генерал-губернатор открыл широкий доступ к должностям в различных сферах местному православному населению. Так началась белорусизация местной администрации в Северо-Западном крае.
Меры против верхушки польского населения никак нельзя назвать этническими чистками. Они носили не столько национальный, сколько социально-политический характер. М.Н. Муравьев неоднократно отмечал, что и среди польского и католического населения есть надежные люди. Так, в Свенцянской гимназии на прежней должности был оставлен католик Овчино-Кайрук, поскольку являлся «сыном простого селянина, и, по происхождению своему, представляет некоторого рода гарантию, касательно своей политической благонадежности».
Генерал-губернатор рассуждал просто: раз польские помещики в основном участвовали в мятеже, значит, они должны быть наказаны, а местные крестьяне избавлены от их влияния. Для сравнения к 1864 г. польским землевладельцам в Беларуси принадлежало в 4 раза больше земли, чем землевладельцам православным. Закон от 10 декабря 1865 г., принятый уже при преемнике М.Н. Муравьева, запретил лицам польского происхождения приобретение земли в Северо-Западном крае, кроме случаев наследования. В результате число православных помещиков увеличилось с 1458 до 2433, а количество земли в их распоряжении — вдвое. Естественно, поляки, участвовавшие в мятеже, были лишены и права пользоваться льготными кредитами Дворянского банка. Были ликвидированы в Северо-Западном крае и органы дворянского самоуправления. Но М.Н. Муравьев прекрасно понимал, и в этом проявлялся его административный талант, что нельзя ограничиться общими установлениями и предписаниями. Он инициировал указ, по которому любые сделки по земле должны были получить одобрение губернатора. Это значительно повышало меру ответственности власти.
Абсолютно лживыми являются утверждения о том, что якобы М.Н. Муравьев ущемлял национальные права коренного населения, то есть белорусов и литовцев, был бездумным колонизатором западного образца в пробковом шлеме. Никогда в Российской империи, вопреки утверждениям учебников истории, названия «Беларусь» и «Литва» не запрещались. Наоборот, именно при царе они получили наибольшее распространение. Определение же «Северо-Западный край» вовсе не подменяло этнических наименований здешней территории, а носило административный характер, поскольку применялось к губерниям, населенным преимущественно и белорусами, и литовцами. Главная цель генерал-губернатора состояла в гармонизации местного народного начала с русским народным началом, создании гражданского общества, основанного на взаимоуважении.