Михаил Николаевич занимался не только внешней перестройкой учебных заведений. Его волновало идейное наполнение учебного процесса. Главный начальник края отпустил средства для преподавания хорового церковного пения по три урока в неделю и обязал православных учеников петь в церкви. Трудно переоценить благотворное моральное воздействие, какое оказала эта мера на внутренний мир юных белорусов. Генерал-губернатор распорядился обследовать все книжные магазины в крае и был поражен: не было обнаружено ни одного русского издания! Началась грандиозная работа по наполнению книжного рынка отечественной литературой. Были пересмотрены все школьные библиотеки, изъяты все подстрекательские и клеветнические книжонки и брошюры. В массовом порядке ввозились и издавались на месте православные духовные работы, святоотеческая литература, книги по истории России.
Подлинное преображение белорусских школ при Муравьеве дало великолепные результаты. Ведь была выстроена система настоящего народного просвещения в прямом смысле этого слова. Одно из созданных по предложению М.Н. Муравьева народных училищ, Белоручское, окончил Янка Купала. Другой наш великий поэт Якуб Колас учился в Несвижской учительской семинарии, открытой уже после смерти М.Н. Муравьева, но, как признавался попечитель Виленского учебного округа Сергиевский, по его идейным лекалам «как просветительский и образовательный форпост, который будет служить отпором польскому католицизму».
Клеветой являются утверждения, будто М.Н. Муравьев был врагом высшей школы в Беларуси. Во-первых, подчеркнем еще раз, и Виленский университет, и Горыгорецкий институт были не белорусскими, а польскими по составу и преподавателей, и студентов. Их закрытие в разные годы было мерой вынужденной и чрезвычайно тяготило генерал-губернатора. Он осознавал, что эффективная идеологическая работа в крае без высшего учебного заведения невозможна. Уже 7 сентября 1863 года, то есть менее, чем через полгода после вступления в должность, он выдвинул проект создания нового Виленского университета для шести губерний Северо-Западного края. Предполагалось вести обучение на четырех факультетах, а также создать кафедру литовского языка, что было прогрессивной инициативой для того времени. В университете должны были учиться в основном белорусы и литовцы, то есть планировалось создать поистине национальный вуз. Но И.П. Корнилов и некоторые другие деятели из окружения генерал-губернатора сочли, что с открытием университета следует повременить, так как общество края еще не готово к подобному шагу.
В ноябре 1863 г. М.Н. Муравьев при поддержке митрополита Иосифа Семашко предложил открыть Виленскую духовную академию. Святейший Синод всячески затягивал с решением этого вопроса, переписка по которому тянулась все правление М.Н. Муравьева в крае. В связи с волокитой в Петербурге и нерадением отдельных местных чиновников не состоялось и открытие учительского института в Жировичах. Михаил Николаевич не отказался от мысли создать полноценный вуз в Беларуси. Только преждевременная кончина помешала ему в осуществление этого плана.
При Михаиле Николаевиче настоящее возрождение пережила православная церковь в Беларуси. О том, в каком состоянии пребывало православное население Беларуси в первой половине XIX века, свидетельствует история Пречистинского собора в Вильно. Этот храм был построен еще в 1346 году зодчими из Киева и стал затем кафедральным для всех православных земель Великого княжества Литовского. Однажды здесь совершил службу даже Константинопольский патриарх. В XVII веке этот храм был захвачен униатами, которые использовали его в своих целях вплоть до 1800 года. И уж совсем невероятный поворот в судьбе храма случился по воле всесильного польского князя Чарторыйского: церковь превратили сначала в анатомический театр, а затем в кузницу. Михаил Николаевич возродил богослужение в славном и многострадальном Пречистинском соборе. При непосредственной поддержке государя Муравьев организовал всероссийскую подписку на ремонт храма. Собор был восстановлен и огласил округу колокольным звоном в 1867 году, став своеобразным памятником деятельному наместнику.
Генерал-губернатор считал первоочередной необходимостью всяческую поддержку православного духовенства Беларуси, которое представляло собой, по его словам, «надежную народную силу». Священникам увеличили жалованье до 400 рублей в год. Из государственной казны было выделено 42 тысячи рублей для оказания помощи представителям духовенства, пострадавшим от мятежников.
В Вильно М.Н. Муравьев создал губернский церковно-градостроительный комитет, который занялся восстановлением православный храмов. Комитету подчинялись уездные советы, составленные из местной общественности. Дело православного возрождения Беларуси стало всенародным. При церквях образовывались братства, наследники традиций XVI–XVII веков, когда такие же общества противостояли попыткам искоренить православие в нашем крае.
Следует признать, что восстановление старых православных храмов и постройка новых сопровождались закрытием ряда католических костелов и монастырей, однако данные меры нельзя рассматривать как религиозные гонения. В некоторых местностях Беларуси к тому времени сложилась парадоксальная ситуация: большая часть населения православная, из католиков только панская семья да ее окружение, но при этом действует костел и пара каплиц, и ни одной православной церкви! Братия многих католических монастырей состояла, в основном, из уроженцев Царства Польского и даже из иностранцев. Вот М.Н. Муравьев и предпринял усилия к исправлению этого положения. Там же, где большинство жителей являлись католиками костелы как действовали, так и продолжали действовать, разве что заменили некоторых ксендзов, открыто поддерживавших мятеж. Так, в Ковно был повешен ксендз Мацкевич, главарь крупного отряда повстанцев, повинный в смерти сотен людей. Многие бывшие католики массово переходили в православие, веру своих предков. Это движение проходило под знаменем Св. Александра Невского, которому посвящались новые часовни, строившиеся на территории Беларуси.
И еще одна инициатива графа Муравьева, которая стоит на грани крупной идеологической акции и подлинного подвижничества. Генерал-губернатор распорядился приобрести 300 тысяч православных наперсных крестиков для населения Беларуси и раздать их бесплатно жителям по 135 на каждый приход. Сам Михаил Николаевич приобрел 25 тысяч наперсных крестиков из мельхиора для безвозмездной раздачи. Этот духовный почин нашел широчайшую поддержку среди российского общества. Дворяне, купцы, простые люди жертвовали средства на приобретение крестиков разной величины для братьев-белорусов. Купец первой гильдии Комиссаров передал один миллион крестиков. Государыня-императрица от себя и своих детей даровала в распоряжение четырех белорусских епархий 1873 серебряных креста (по одному на приход) с тем, чтобы настоятели храмов возложили их на первых новорожденных православных младенцев. Таким образом, государыня становилась как бы крестной матерью своих новых подданных, родившихся в местностях, население которых доказало преданность престолу и Святой Церкви.