През 1827 година става ректор на Казанския университет. Той изгражда университета в буквалния смисъл на думата и така изучава архитектурата, че може самостоятелно да проектира сгради. Когато през 1830 година избухва холерната епидемия, взема особено строги санитарни мерки и затова смъртността сред студентите и преподавателите не е голяма. По-късно половината град е унищожен от пожар. Обсерваторията и най-важните университетски сгради са опожарени, но Лобачевски успява да спаси апаратурата и книгите. След две години щетите са възстановени.
От 1826 година Лобачевски започва да работи върху неевклидовата геометрия. Дори да не живееше в Казан, а в Канзас, пак щеше да го стори. Новината за откритието му се разпространява из Западна Европа толкова бавно, че един по-нетърпелив човек би излязъл от кожата си. Но Лобачевски е твърде зает със своето дело, за да бърза. Най-сетне откритието му става известно и когато за него научава Гаус, то му прави толкова силно впечатление, че предлага Лобачевски за член на Кралското научно дружество в Гьотинген. Това става през 1842 година.
Може би причина за снемането му от длъжността ректор през 1846 година е омразата и злобната подозрителност на царското правителство към всичко неруско, към признанието в чужбина. Разрешават му да бъде преподавател, нищо повече. Смазан от мъка, Лобачевски намира утешение единствено в математиката. Зрението му отслабва с всеки изминал ден. Синът му умира. Лобачевски работи, мечтае, диктува своята „Обща геометрия“46. Книгата е завършена малко преди смъртта му. Умира през 1856 година.
Той безспорно беше светец.
— Не, Стивън Антонович, не бива да преувеличавате заслугите ми. Сигурен съм, че имам много грешки и грехове. Но божията милост няма граници. Аз бях… невъзможно ми е да го обясня. Да речем тъй: позволиха ми да се занимавам с любимата си работа.
На дъската се появяваха все нови изречения. От време на време Янис изтриваше написаното и тебеширът подновяваше своя бяг. Русинът и унгарецът решиха, че на френски се разбират по-добре, отколкото на немски, и онези, които знаеха езика, постепенно започнаха да схващат каква е работата. Единствено аз разбирах всичко, защото споделях едно тяло с Лобачевски. Колкото повече неща ми се изясняваха, толкова по-голяма нужда изпитвах да ги обясня и на останалите. А времето летеше.
— …трябва да се бърза, тъй като съм съгласен, че вече е късно, а опасността е ужасна — това беше Лобачевски.
Извиках останалите да дойдат по-близо. Всички с изключение на Джини и седящия до краката й Сварталф (в очите му светеше човешки разум) изглеждаха твърде жалки — изморени, потни, измъчени, с разхлабени вратовръзки или изобщо без тях, с разрошени коси, повечето с цигара в ръка. Седях на стола и ги гледах — а може и моят вид да не е бил по-добър от техния. Онова, което ми съобщи влезлият в тялото ми светец, беше поразително. Не, то бе ужасно!!!
— Сега всичко е ясно — рекох. — Ние грешахме. Бог лично нищо не заповядва на своите светии и ангели. Поне в нашия смисъл на думата. Светците се появяват единствено заради молитвата. Пасторе, вие го разбирахте и по-рано. Но ние — съзнателно или не — смятахме, че сме нещо повече, отколкото сме всъщност. — Лобачевски веднага ме поправи. — Не, пред Бога всички са равни, но той допуска свобода на избора, дори за силите на злото. Нещо повече, съществуват съображения, поради които… Макар че терминът „реалполитик“, продиктуван от съблюдаване на политиката на реалността, на фактите, не е съвсем точен. Не знае дали има подходящ земен аналог… Грубо казано, нито Бог, нито Врагът желаят да предизвикат с действията си прекалено рано Армагедон. Вече две хиляди години те избягват пряката взаимна намеса в работите си. Изконните им територии — Небето и Адът, — са взаимно недостъпни за тях. И тази политика няма да се промени в близкото бъдеще…