В мае 1906 года Савинков отправляется в Севастополь для организации покушения на адмирала Чухнина. Интересно, что он не знал про принятое центральным комитетом эсеров решение прекратить террор и распустить Боевую организацию. Через два дня Савинков был арестован по подозрению в покушении на коменданта Севастопольской крепости генерал-лейтенанта Неплюева. Никакого отношения к этому делу знаменитый боевик не имел. Однако по поводу своей судьбы он иллюзий не строил — ему грозила смертная казнь. Нелепее ситуации представить было бы сложно: Савинков должен был отправиться на виселицу за то, в чем не участвовал и к чему относился с презрением. Ведь покушение на Неплюева готовил шестнадцатилетний гимназист. Но, чтобы не нарушать неписаных правил истинного революционера, Савинков должен был на суде молчать. В своих воспоминаниях он напишет потом: «Я сидел в тюрьме и ждал казни. Но как-то не верилось в смерть. Смерть казалась ненужной и потому невозможной. Даже радости не было, гордости, что умираю за дело. Было какое-то странное равнодушие. Не хотелось жить, но и умирать не хотелось... Помню: меня занимало, режет ли веревка шею, больно ли задыхаться?»
Но получить давно заслуженную им веревку Савинкову не довелось. Все закончилось удачно организованным побегом. Вернувшись в Европу, где расшатывать устои русской государственности было значительно удобнее, Савинков принял решение на время отойти от активной деятельности. Однако долго оставаться в стороне не пришлось. Азеф, зная самую вожделенную мечту Савинкова, предложил ему участвовать в убийстве Николая Второго. План был дерзкий: в Германии планировали построить специальный летательный аппарат для бомбометания. Но из-за отсутствия должного финансирования блестящая затея провалилась. Такая же судьба ждала еще один план Азефа — строительство подводной лодки для покушения на царскую яхту. Удивительно, но трезвый прагматик Савинков сначала предпочел не обращать внимания на откровенную глупость подобных фантазий. А потом уже стало и вовсе не до этого. Выяснилось, что Азеф — провокатор.
Известный журналист Бурцев встретился за границей с бывшим директором Департамента полиции Лопухиным, который получал от Азефа секретную информацию. Отставной чиновник согласился поделиться своей сенсационной информацией с лидерами эсеров Черновым, Аргуновым и Савинковым. Рассказал им все, что знал о работе руководителя Боевой организации на полицию. В своих воспоминаниях Савинков с горечью писал: «Разоблачение Азефа нанесло тяжелый моральный удар партии и, в частности, террору: оно показало, что во главе Боевой организации много лет стоял провокатор. Но разоблачение это освободило вместе с тем партию от тяготевшей над ней провокации. Оно помогло мне пересмотреть многое в прошлом. Я решил взять на себя ответственность за попытку восстановления Боевой организации. Я сделал это по двум причинам.
Во-первых, я считал, что честь террора требует возобновления его после дела Азефа: необходимо было доказать, что не Азеф создал центральный террор и что не попустительство полиции
было причиной удачных террористических актов. Возобновленный террор смывал пятно с Боевой организации, с живых и умерших ее членов.
Во-вторых, я считал, что правильно поставленная, расширенная боевая организация при отсутствии провокаторов может, пользуясь старыми методами, явиться паллиативом в деле террора: при благоприятных условиях ее деятельность могла увенчаться успехом».
Однако возобновить террор уже не удалось. И дело тут не только в боязни лидеров эсеров «тени Азефа». Резко поубавилось число желающих принять непосредственное участие в убийствах. Те, кто раньше рукоплескал Сазонову и Каляеву, нынче занимали уже совершенно другую позицию. С огромным трудом удалось собрать тринадцать человек. Это включая самого Савинкова и его жену. На английском острове Джерси подготовили бомбы и в конце 1909 года отправились в Россию. Савинков поставил цель: ликвидировать министра юстиции Щегловитова, министра внутренних дел Столыпина и великого князя Николая Николаевича. Хотя мог бы и прислушаться к одному из самых блистательных русских мыслителей начала XX века В.В. Розанову: «Из революционеров только немногие начинают соображать, в каком положении они находятся. И при этом об этом не соображают даже такие люди, как Плеханов, Кропоткин, Лопатин. Что не «Азеф ужасен», а что самая революция уселась в кресло азефовщины. Масса грянулась в азефовщину. Как ?Почему ? Что случилось ?Да очень просто. Азефовщиной можно назвать всякое приглашение воевать в битве, о проигрыше которой никто не сомневается...»