Вернувшись после этого к старцу Паисию, Феодор помогал ему, переписывая книги его переводов, пел на клиросе и, под руководством великого старца, обучился «искусству всех искусств» — умному деланию, умно-сердечной непрестанной молитве. С этого времени его всю жизнь преследовала страшная клевета и зависть.
Феодор присутствовал при кончине старца Паисия в 1794 году.
В 1801 г. был издан манифест императора Александра I, разрешавший вернуться всем бежавшим из России. Старец Софроний, преемник старца Паисия, посоветовал Феодору вернуться на родину. Перед отъездом он постриг его в схиму. По возвращении в Россию Феодору вследствие клевет и зависти приходилось вести жизнь скитальческую, переходя из одного монастыря в другой, много терпя от злобы людской.
Сначала он поселился в Чолнском монастыре, оттуда перешел в Белобережский монастырь, но и здесь не укрылся он от зависти, ибо, по словам людей духоносных, «возвышался духовным совершенством, не имеющим пределов духовной высоты». Беспрестанно стекались в его келлию братия, отягощенные бременем страстей, и от него, как от искусного врача, получали исцеление и руководство в призывании «страшного имени Иисусова, которым христианин испепеляет сперва терние страстей, потом разжигает себя любовию к Богу и вступает в океан видений». Самым ревностным учеником старца Феодора был строитель Белобережский о. Леонид, будущий основатель старчества в Оптиной.
Здесь старца Феодора постигла болезнь (горячка), которая проявлялась жаром в теле и слабостью. Феодор был в памяти, и на лице его обнаруживалось действие внутренней сердечной молитвы. С ним началось состояние исступления, и он выступил из самого себя. Тогда «ему явился некий безвидный юноша, ощущаемый и зримый одним сердечным чувством, и юноша этот повел его узкою стезею в левую сторону. Сам о. Феодор, как потом рассказывал, испытывал чувство, что уже умер, и говорил себе:
— Я скончался. Неизвестно, спасусь ли или погибну.
— Ты спасен! — сказал ему на эти помыслы незримый голос.
И вдруг какая-то сила, подобная стремительному вихрю, восхитила его и перенесла на правую сторону.
— Вкуси сладость райских обручений, которые даю любящим Меня, — провещал невидимый голос.
С этими словами о. Феодору показалось, что Сам Спаситель положил десницу Свою на его сердце, и он был восхищен в неизреченно приятную как бы обитель совершенно безвидную, неизъяснимую словами земного языка.
От этого чувства он перешел к другому еще превосходнейшему, затем к третьему, но все эти чувства, по собственным его словам, он мог помнить только сердцем, но не мог понимать умом. Потом он увидел как бы храм и в нем близ алтаря как бы шалаш, в котором было пять или шесть человек.
— Вот, для этих людей, — сказал мысленный голос, — отменяется смерть твоя. Для них ты будешь жить».
Феодору даже были показаны все великие скорби, которые ему предстояли на земле.
Феодору устроили келлию в лесу, где с ним жили иеросхимонах Клеопа, вышедший, как и он, из Молдавии. Вскоре к ним присоединился и о. Леонид, сложивший с себя настоятельство (будущий Оптинский старец).
Но и там они не обрели тишины и решили перебраться на север. Но здесь начались те великие скорби, которые были предсказаны Феодору в его видении. В Палеостровской пустыни его держали взаперти, как в тюрьме. Два года он жил без одежды и обуви, и ему еще грозили посадить его в погреб и кормить травой. На эту угрозу Феодор отвечал: «Верую Милосердному Богу моему: мне сделать могут только то, что Он попустит за грехи мои».
Далее Феодор попал на Валаам, где его ждали его ученики Клеопа и Леонид. Валаам посетил министр князь Голицын, который все внимание свое уделил старцам и даже доложил о них Государю Александру I. Это возбудило зависть и злобу, тем более что к их руководству устремились и монахи, и мирские. Старцам было бы несдобровать, если бы за них не вступились Филарет Московский и Иннокентий Пензенский. Хотя старцы и были оправданы, но они предпочли перебраться в Александро — Свирский монастырь, где Феодор после тяжкой полуторалетней болезни скончался.
«За день до кончины он имел видение: он видел себя в некоей великолепной церкви, исполненной белоризцев, и из их среды, с правого клироса, услышал торжественный голос покойного друга своего, иеросхимонаха Николая: “Феодор! Настало время твоего отдохновения — приди к нам”.
Это совершилось в пятницу Светлой седмицы 1822 года. В девятом часу вечера заиграла на устах Феодора радостная улыбка, лицо его просветилось, черты изменились божественным изменением. Ученики, окружавшие одр старца, забыли слезы и сетования и погрузились в созерцание величественной, необыкновенной кончины. Благоговейный страх, печаль, радость, удивление овладели вдруг их чувствами: они ясно прочитали на челе отца своего, что душа его с восторгом излетела в объятия светоносных Ангелов».