В 1489 г. папа Иннокентий VII повелел госпитальерам доставить принца Джема в Рим, намереваясь использовать его для планировавшегося Ватиканом нового Крестового похода, в качестве «законного наследника турецкого престола, которому «франкские» крестоносцы якобы обещали вернуть престол, «незаконно» отнятый у него Баязидом! В свое время подобная тактика помогла участникам IV Крестового похода, под предлогом восстановления законных прав византийского царевича Алексия, отстраненного от престола собственным дядей, завладеть Константинополем в 1204 г. Но после неожиданной смерти Иннокентия VII новый папа, Александр VI Борджа, больше думавший о подчинении своей власти всей Италии, распорядился взять принца Джема под арест. Когда же папа Александр, честолюбивым планам которого не суждено было осуществиться, несмотря на все военные усилия и ухищрения его сына Цезаря Борджа, был побежден французским королем Карлом VIII, ограничившим светскую власть папы, принц Джем был доставлен ко двору короля Франции, намеревавшимся собственными силами претворить в жизнь идею прежнего папы о Крестовом походе на Константинополь под предлогом «восстановления Джема на прародительском престоле». Но и этому плану тоже не было суждено осуществиться. Турецкий принц внезапно скончался в военном лагере Карла Французского. Причина его смерти осталась неизвестной, хотя поговаривали об отравлении его, вследствие происков султана Баязида II, якобы уплатившего папе Александру Борджа — известному отравителю! — немалую сумму за ликвидацию Джема руками тайных папских агентов, каковых в стане французского короля было немало.
Так или иначе, принц Джем отошел в мир иной, и у его брата-султана теперь были развязаны руки в отношении Родоса. Турки предприняли несколько нападений на острова Додеканесского архипелага и на сам остров Родос, избегая, впрочем, осады крепостей и ограничиваясь опустошением Орденских угодий. Согласно поступавшим на Родос сведениям, Баязид II, следуя примеру своего отца, готовился нанести орденскому островному государству решительный удар.
В 1503 г. скончался Великий Магистр рыцарей Родоса и победитель турок Пьер д’ Обюссон, за свои заслуги в борьбе с врагами христианства отмеченный папой титулом «Кардинала и Легата Азии». Его преемником стал Эмери д’Амбуаз, отпрыск знатного французского рода.
В то время, как Орденские дипломаты прилагали все усилия к объединению сил правителей Европы против общего врага османов. Корабли госпитальеров захватывали все новые мусульманские суда и регулярно наносили удары по вражескому побережью. Наиболее успешными оказались две операции госпитальеров, пришедшиеся на 1507 и на 1510 гг. Первой из них был захват госпитальерами в 1507 г. крупнейшего корабля и гордости египетского флота — «Моргабины», имевшего на борту множество знатных пассажиров и дорогих товаров, вскоре после отплытия мамелюкского судна с Крита. Захватив «Моргабину», рыцари Родоса перестроили ее и переименовали в «Санта Марию». Она стала крупнейшим кораблем госпитальерских военно-морских сил, вошедшим в историю как «Большая Каракка». Второй операцией было неожиданное нападение двух Орденских эскадр, одной из которых командовал Филипп Вилье де л’Иль-Адан, а другой — Андре д’ Амараль, на порт Александретту, где стояло несколько десятков египетских судов, груженых дровами. Госпитальеры захватили 10 больших египетских торговых судов и 4 военные галеры и благополучно вернулись на Родос с захваченными кораблями, грузами и большим количеством пленных.
В 1512 г. умер Эмери д’Амбуаз. Великим Магистром был избран Ги де Бланшфор. Впрочем, новый гроссмейстер, находившийся в момент своего избрания во французских владениях Ордена, умер по пути из Франции на Родос от неизвестной болезни, так и не вступив в должность. Вместо него был избран итальянец Фабрицио дель Каретто. В период его правления на Родосе турки стали сильны, как никогда. Их султаном стал Селим I, сын Баязида II. В 1514 г. Селим победил шаха Персии, а в 1516 г. турки завладели всей Сирией.
В апреле 1517 г. войска турецкого султана Селима I взяли столицу Египта Каир и оккупировали всю страну. Через три года, прибывший на Родос из Италии по приглашению Великого Магистра Фабрицио дель Каретто знаменитый фортификатор Б. делла Скала обновил все укрепления на острове. На Родос было завезено большое количество продовольствия и оружия из Сицилии. Гарнизон острова состоял из 300 рыцарей и 7500 итальянских моряков, критских лучников и местных жителей — родосцев.