Чем дольше длилась осада, тем больше осажденные страдали от недостатка продовольствия и, в еще большей степени, от недостатка боеприпасов. Горожане, а в особенности — укрывшееся за городскими стенами местное население совсем пало духом. В начале сентября в лагерь Сулейма неожиданно явилась депутация жителей Нисироса и Тилоса. передавших туркам ключи от своих крепостей.
Воодушевленные этим успехом, турки 24 сентября пошли на штурм бастионов, оборонявшихся «языками» Испании (в который на время осады была сведена воедино часть рыцарей Кастилии и Арагона, хотя имелись и отдельные бастионы Арагона и Кастилии), Англии, Прованса и Италии. Один приступ следовал за другим. Бастион испанского «языка» за один день дважды переходил из рук в руки. Рыцари Родоса овладели 40 турецкими штандартами. Вокруг бастиона громоздились горы трупов. Как и при осаде Родоса войском регената Мануила Палеолога в 1480 г., море перед бастионом итальянского «языка» окрасилось кровью убитых и раненых. Турки потеряли от пятнадцати до двадцати тысяч человек, а христиане — всего 200 человек убитыми и около 500 ранеными. В отражении этого приступа принимали участие не только госпитальеры и наемники, но и все жители города — вплоть до женщин, детей и стариков. И приступ, наконец, был отражен.
Эта неудача настолько потрясла султана, что он стал помышлять о снятии осады и отплытии с Родоса. Но сообщение перебежчика-арнаута (так тогда называли албанцев) о тяжелом положении осажденных и измена Великого канцлера родосских рыцарей — Андре д’Амараля — заставили падишаха османлисов изменить свои планы. И тот, и другой, подтвердили огромный недостаток, испытываемый защитниками Родоса в съестных припасах, военных материалах, но самое главное — в живой силе.
Укрепления госпитальеров были превращены в груды развалин, и не хватало рук для проведения восстановительных работ. Хотя, по приказанию Великого Магистра, гарнизон Родоса был усилен за счет переброски части гарнизонов других крепостей, расположенных на островах Родос и Кос и даже из малоазиатского Бодрума, живая сила катастрофически таяла. 27 октября открылась измена Великого канцлера д’Амараля. Был схвачен его слуга Диас (или Диец), пускавший в турецкий лагерь стрелы с привязанными к ним записками, содержавшими сообщения его господина туркам о положении в осажденном городе. На допросе «с пристрастием» выяснилось, что изменник намеревался 1 ноября, в День Всех Святых, открыть туркам тайную дверцу в стене и впустить их в город. Именно проникнув в подобную дверцу, турки в 1453 г. овладели Константинополем. 5 ноября предатели д’Амараль и Диас были казнены. Их изрешетили стрелами, на манер Святого Себастиана.
В конце ноября турки вновь пошли на штурм бастионов «лангов» Испании и Италии. И снова приступ удалось отразить. На стенах и под стенами остались лежать 3000 турецких трупов.
Хотя положение защитников Родоса все больше осложнялось, не многим лучше было и положение осаждающих. Осада длилась уже более четырех месяцев. Ряды турецкой армии редели, да и воины, остававшиеся в строю, были крайне изнурены. Приближалась зима, ощущалась нехватка съестных припасов, да и вести, поступавшие с Запада, были неутешительными для турок. Намечалось заключение договоренности между Императором Карлом V и папой с целью оказания помощи рыцарям Родоса.
И тогда турки решили пойти на хитрость. Они, в обход Орденского руководства, обратились напрямую к жителям Родоса. Зная о падении духа населения вследствие голода, болезней, непрерывной канонады и страха смерти, турки осыпали город градом стрел с записками, в которых призывали жителей сдать город, обещая им в этом случае жизнь, мир, свободу, возможность беспрепятственного отправления культа и т. д. В случае отказа они угрожали родосцам всеми ужасами штурма, резни, грабежей и поголовной продажи всех уцелевших жителей в рабство.
Поначалу рыцари Родоса не желали и думать о капитуляции. Но под давлением греческого населения, направившего к Филиппу Вилье де л’Иль-Адану депутацию во главе с православным Митрополитом Родоса Климом (Климисом), госпитальеры были вынуждены вступить с османами в переговоры. Было объявлено трехдневное перемирие (с И по 13 декабря), но родосцы требовали гарантий, что им будет сохранена жизнь. Разъяренный их дерзостью султан приказал возобновить бомбардировку и штурм города. 17 декабря туркам удалось захватить бастион испанского «языка». Штурм шел, не прекращаясь, три дня подряд. Турки захватили весь т. н. Внешний Город. Остатки гарнизона отчаянно защищались в полуразрушенной турецкой артиллерией внутренней цитадели, но их силы были уже на исходе. Родосу угрожал окончательный захват турками, что означало бы поголовную резню и обращение в рабство всех уцелевших.