Все более существенную роль играло и политическое влияние «латинян»-итальянцев. Гвельфская партия местных баронов, представленная итальянцами, сотрудничала с правителями Антиохии. Она нашла поддержку также у морских городов-республик Венеции и Пизы, и у Ордена тамплиеров. Ударной силой гибеллинской партии, возглавлявшейся Генуей, являлись мелкие итальянские и каталанские общины, а также местные братства и госпитальеры. Эти партии стремились, прежде всего, к утверждению или сохранению интересов различных итальянских торговых городов-республик. В борьбу между ними оказались втянутыми тамплиеры и госпитальеры; однако, они постоянно стремились стать посредниками и гармонизировать противоположные интересы. Королевство Иерусалимское, от которого в XIII в. осталось не больше одной пятой его первоначальной территории, которой оно владело в начале XII в., почти не в состоянии было вмешиваться в эти конфликты с целью восстановления закона и порядка. Тем временем христианская знать, утратив большую часть своих земельных владений в Палестине, лишилась и большей части своих доходов. Свои уцелевшие владения она предпочитала продавать рыцарским Орденам. Вследствие этого ситуация с земельной собственностью в Палестине изменилась в пользу рыцарских орденов. С тех пор крестоносной аристократии угрожало полное финансовое банкротство.
Конфликтовали госпитальеры также и с Немецким (Тевтонским) Орденом — например, из-за права на владение Иерусалимским госпиталем, а также из-за того, что в Германии Тевтонскому Ордену, начиная с XIII в., отдавалось заметное предпочтение по сравнению с Орденом госпитальеров, носившим преимущественно романский (в первую очередь — французский) характер. Это соперничество проявлялось и в ходе колонизации немцами Востока, и нередко госпитальерам приходилось уступать свои позиции в области заботы о бедных и ухода за больными Тевтонскому Ордену. Право на назначение священников служили поводом для споров между епископами и городскими коммунами, зачастую отдававшими предпочтение нищенствующим орденам. Политические и военные причины давали повод к сильной напряженности между Орденом госпитальеров и светскими властителями, в особенности на Пиренейском полуострове, в Юго-Восточной Европе и Англии, а с XV в. — ив отношениях с Императорской властью. В Англии, куда госпитальеры были призваны еще в 1110 г., после чего они расселились, главным образом, в Южной и Центральной Англии, Орден, к 1300 г. имевший там 36 комменд (командорств), никогда не достигал большого значения. Слишком сильна была его зависимость от королевской власти, госпитальерам приходилось приносить королю вассальную клятву. Комменды, получавшие основную часть своих доходов от овцеводства, обязаны были выплачивать пенсии придворным чиновникам. Во многих коммендах проживали жертвователи, которых Орден был обязан содержать пожизненно. В 1338 г. в Великом приорате Англии проживало 34 рыцаря, 57 услужающих братьев и 59 братьев-священников, заботам которых, при поддержке 126 неорденских клириков, были поручены 118 церквей, часовен и братств. Орден госпитальеров разделился и в Германии. Бальяж Бранденбургский, отделившийся в 1382 г. от Великого Приорства Германского, еще в 1312 г. получил многочисленные отнятые у тамплиеров комменды, но тогда же попал в сильную зависимость от светских государей — маркграфов Бранденбургских. Глава бранденбургских иоаннитов — «герренмейстер» был с тех пор обязан приносить вассальную присягу маркграфу.
Экономические, торгово-политические и в особенности территориальные споры, привели в XIV в. Орденское государство на Родосе к конфликту с итальянскими морскими городами, в первую очередь с Венецианской республикой. Из-за многочисленных антагонизмов госпитальерам нередко приходилось просить о защите у Императоров, королей и пап, а это лишний раз принижало значимость суверенной власти Великого Магистра
Зачастую активность Ордена оказывалась парализованной и вследствие внутренних конфликтов. Например, во второй половине XII в., когда вследствие политики чрезмерной экспансии при правившем автократически, не советуясь с Капитулом, Великом Магистре Гильберт (Жильбер) де Ассальи, Орден влез в большие долги. Причины этого тяжелого положения усматривались поддерживаемой папством консервативной группой в милитаризации, приобретении все большего числа замков и неудачном походе в Египет. Вследствие этого в Ордене, вероятно, произошел раскол и появление второго главы Ордена. До наших дней дошла печать антимагистра. Папа Александр III, в 1180 г. призывавший госпитальеров не носить оружия, кроме как во время крестового похода, в конце концов подтвердил отставку Гильберта. С тех пор Великий Магистр в важных вопросах (например, покупки замков) был обязан прислушиваться к мнению Капитула.