Госплан, Государственный плановый комитет Совета Министров, утверждал бюджетные расходы для всех правительственных организаций и видов деятельности, включая оборону. Отдел бактериологического и химического оружия осуществлял финансирование всех объектов бактериологического оружия (БО). Государственная техническая комиссия в Москве занималась разработкой электронных систем слежения и проведением электронных контрразведывательных мероприятий на объектах, связанных с бактериологическим оружием.
Министры, ответственные за связанные с обороной отрасли промышленности, являлись членами Военно-промышленного комиссии (ВПК), которая управляла военно-промышленным комплексом Советского Союза. Председателем этой комиссии был заместитель премьер-министра, но ее деятельность контролировал член Политбюро, отвечавший за военные вопросы. Военно-промышленная комиссия состояла из управлений, курировавших различные секторы военной промышленности. Управление бактериологического оружия координировало разработку и производство биологического оружия.
Оперативное Управление Генерального штаба являлось главным военным органом. Специальная бактериологическая группа при этом управлении несла ответственность за разработку доктрины бактериологической войны и материально-техническое обеспечение. Главное разведывательное управление (ГРУ) занималось военной разведкой и контрразведкой. Для отслеживания иностранных бактериологических военных программ, для приобретения штаммов и документации для советской бактериологической военной программы агенты ГРУ проводили тайные операции за границей. Специальная группа по вооружениям, подразделение, которым командовал заместитель министра обороны, контролировала материальное обеспечение программы по бактериологическому оружию (в том числе проведение испытаний, включение определенного вида оружия в советский арсенал и размеры запасов бактериологического оружия).
15-е Управление разрабатывало и производило бактериологическое оружие. Под его командованием находились специальные армейские подразделения, которые занимались проверкой полигонов и обеспечением безопасности на военных бактериологических объектах. За развертывание бактериологического оружия в случае войны отвечали военные подразделения военно-воздушных сил и ракетных войск стратегического назначения. Между 1945 и 1973 годами 15-е Управление было главной советской организацией, отвечавшей за исследования, связанные с бактериологическим оружием. И хотя его роль в этих вопросах уменьшилась в связи с созданием «Биопрепарата», оно все равно продолжало контролировать запасы бактериологического оружия и основные мощности для его производства. В его ведении находились следующие объекты.
«Зима», железнодорожная станция в Иркутском районе. Хранение оружия на основе сибирской язвы.
Киров, Институт микробиологии. Разработка биологического оружия (БО) для ведения боевых действий: тиф, лихорадка Ку туляремия, бруцеллез, сап, сибирская язва, мелиоидоз. Изучение оружия на основе токсинов. Исследования генетически измененных штаммов бактерий. Производство и складирование чумы.
Московская область, военный аэродром в Кубинке. База подразделения военно-воздушных сил, доставляющего грузы, персонал и подопытных животных на испытательные полигоны.
Москва, Институт техники безопасности. Разработка производственного оборудования для программы БО.
Нукус, Каракалпакская автономная республика. Испытательный полигон для химического оружия и макетов биологических боеприпасов.
Реутов, Московская область. Складирование боеголовок и бомб для БО.
Шиханы, Волжский регион. Испытательный полигон для химического оружия и макетов БО.
Стрижи, Кировская область. Производство вирусов и бактерий. Построенный в конце 80-х, это был последний завод 15-го Управления, созданный до развала СССР.
Свердловск (Екатеринбург), Институт военно-технических проблем. Разработка бактериологического оружия: сибирская язва, туляремия, сап, мелиоидоз. Исследования токсического оружия, включая ботулинический токсин. Исследование сибирской язвы и сапа, устойчивых к антибиотикам. Производство бактерий сибирской язвы, сапа. Хранение сибирской язвы.
Волжский регион, база военно-воздушных сил (точное местоположение неизвестно). База, которая могла быть использована во время войны с Афганистаном как стартовая площадка для самолетов, распыляющих БО.
Остров Возрождения, Казахстан. Испытательный полигон для БО. Вблизи Аральска находились командный пункт и центр управления.
Загорск (Сергиев Посад), Институт вирусологии. Исследование и разработка натуральной и обезьяньей оспы, боливийской геморрагической лихорадки, аргентинской геморрагической лихорадки, лихорадок Марбург, Эбола и Ласса, лихорадки долины Вэлли, венесуэльского энцефаломиелита лошадей, восточного и западного энцефаломиелита лошадей, энцефалита долины Муррей, энцефалита Сент-Луиса и др. Производство и хранение оспы.
Эта организация была создана в 1973 году при Совете Министров, чтобы обеспечить гражданское прикрытие для военных исследований по бактериологическому оружию. Большая часть сотрудников пришла из 15-го Управления, которое эффективно продолжало ее контролировать. При реорганизации в середине 80-х «Биопрепарат» был передан в ведение Министерства медицинской и микробиологической промышленности (но сохранил при этом относительную самостоятельность). «Биопрепарат» отвечал за гражданские объекты, на которых исследовались и разрабатывались вакцины, биопестициды, а также некоторые виды лабораторного и медицинского оборудования. Но многие из этих предприятий занимались также разработкой и производством бактериологического оружия и имели статус «резервных» на случай войны.
Бердск, Технологический институт биологически активных веществ. Разработка ферментов для исследований генетически измененного бактериологического оружия.
Бердск, научно-производственная база (Сибирское отделение Института прикладной биохимии). Действовала с 1975 по 1981 год, разрабатывала методы наполнения и сборки БО, а также лабораторную технику для биологического оружия на основе бруцеллеза.
Бердск, завод. Мобилизационное (резервное) предприятие: производство чумы, туляремии, сапа и бруцеллеза. Производительность — до 100 тонн каждого вида оружия ежегодно.
Кириши, Ленинградская область, Специальное конструкторское бюро при Институте точной механики. Разработка оборудования для производства и тестирования БО.
Кольцово, Новосибирская область, Институт молекулярной биологии «Вектор». Исследовал и разрабатывал бактериологическое оружие на основе: оспы, Эбола, Марбург, боливийской геморрагической лихорадки, венесуэльского энцефаломиелита лошадей, российского весенне-летнего клещевого энцефалита. Изучал многочисленные вирусы для возможного использования в БО, включая ВИЧ. Разрабатывал генетически измененные вирусы и новые методы производства оружия на основе оспы и лихорадки Марбург. Исследование генома вирусов для создания комбинированного вирусного оружия «химера».
Курган, комбинат «Синтез». Мобилизационный (резервный) завод для производства жидких форм биологического оружия на основе сибирской язвы. Планируемая мощность — до 1000 тонн в год немодифицированного БО на основе сибирской язвы.
Ленинград (Санкт-Петербург), Институт особо чистых биопрепаратов. Исследование и разработка методов тестирования и применения БО. Изучение применения БО в крылатых ракетах.
Поселок Любучаны, Московская область, Институт иммунологии. Исследование биологических веществ, подавляющих иммунную систему человека.
Москва, Институт биологического приборостроения. Разработка оборудования для обнаружения БО, биозащитного оборудования, методов биозащиты.
Москва, Институт прикладной биохимии. Конструирование оборудования для производства и тестирования БО. Разработка стандартов для производства бактериологического оружия в промышленном масштабе.
Москва, проектный институт «Гипробиопром». Проектирование производственных и исследовательских объектов по БО.
Оболенск, Московская область, Институт прикладной микробиологии. Исследование и разработка бактериологического оружия на основе чумы, туляремии, сапа, сибирской язвы. Разработка штаммов, устойчивых к лекарствам и вакцинам (проект «Метол»), и оружия, поражающего нервную систему (проект «Костер»).