Тут, у відкритому морі, виявляється підступність іспанського офіцера Хуана де. Картагени, якого Карл І призначив своїм представником у флотилії і потай надав йому майже рівних з Магелланом прав. Потроху справа доходить до того, що він відмовляється звітувати перед Магелланом, присилаючи замість себе свого підлеглого, і навіть починає вимагати, щоб Магеллан сам звітував перед ним: чому кораблі від самої Іспанії не взяли курс на захід, а протягом двох тижнів пливли вздовж африканського берега аж до Сієри Леоне?
Взагалі Картагена тримався не тільки як рівний, а навіть як вищий за рангом. Енергійний і владний адмірал не зносив непокірливості. Він негайно арештував Картагену і передав його під слово честі іспанським капітанам з наказом не звільняти до нового розпорядження.
Кораблі дістаються до затоки Ріо-де-Жанейро і обстежують гирло великої річки Ла-Плати. Магеллан вважає, що це та сама протока, але незабаром помічає свою помилку і знову бере курс на південь. Він обстежує ще три затоки південної Америки: Сан-Матіас, Бая-де-Лос-Патос та Бая-де-Лос-Требахос, але даремно — протоки немає. Кораблі пливуть усе далі на південь, у холодні води. Біля 50° південної широти часто трапляються великі крижини. Де ж та протока? Магеллан обіцяв довести кораблі до теплих Молукських островів, а куди веде? В Південний Льодовитий океан? Незадоволення серед офіцерів зростає. Матроси, здебільшого іспанці, теж починають нарікати. І тільки Магеллан мовчить, весь час мовчить.
Але, про всяк випадок, він все-таки усуває капітана корабля «Сан-Антоніо» Антоніо де Кока і призначає на його місце свого племінника Мескіту. Тоді змовники вирішують виступити відкрито проти Магеллана. Гаспар де Кесада, Хуан де Картагена і Антоніо де Кока разом з десятьма матросами-іспанцями проникають вночі на «Сан-Антоніо» і, захопивши судно, заарештовують Мескіту. Незабаром три з п'яти кораблів потрапляють до рук заколотників. У Магеллана залишилося тільки два: «Тринідад» і «Сант-Яго», капітан якого, Хуан Серано, був давнім другом Магеллана і не зрадив йому.
Два проти трьох. У стані заколотників чотири капітани: Хуан де Картагена, Гаспар де Кесада, Антоніо де Кока і Луїс де Мендоса, всі — іспанські гранди.
Слід згадати ще про одного іспанського офіцера, Себастьяна де Кано, який після смерті Магеллана гратиме першу роль. В заколоті його роль невелика, і хоч він і бере в ньому участь, проте намагається залишатись у тіні: адже заколот може й не увінчатись успіхом.
Але Магеллан і не збирається складати зброї. Він одважується на дуже сміливий і не менш ризикований крок: посилає на «Вікторію» суддю Гомеса де Еспаносу на чолі п'яти вірних матросів із завданням роззброїти екіпаж. Шестеро проти шістдесяти заколотників разом з капітаном Луїсом де Мендоса!
Суддя де Еспаноса підіймається на палубу «Вікторії» і зачитує капітанові лист Магеллана, з якому той запрошував його до себе на переговори. Луїс де Мендоса іронічно посміхається:
«На корабель Магеллана? Щоб він заарештував, як Хуана де Картагена? Цей португалець вражає своєю наївністю…»
Поки Луїс де Мендоса розмірковує, Гомес де Еспаноса вихоплює з-під плата кинджал і загороджує його в горло заколотникові. Вихоплюють кинджали й інші п'ять матросів. Ошелешений екіпаж «Вікторії» паралізовано.
Все це відбувається так швидко й несподівано, що не встигли офіцери й матроси опам'ятатись, як судно повернуло до флагманського корабля…
Отже, в руках у Магеллана вже три судна: «Тринідад», «Сант-Яго» і «Вікторія». Інші два відмовляються підкоритися.
Всі ці події розгортаються в затоці Сан-Хуліан. Своїми трьома кораблями Магеллан закриває вихід із затоки. Заколотники не можуть втекти у відкрите море. Перед ними два шляхи: або взятися до зброї, або ж здатися. Марно розмахують непокірні капітани шаблями; матроси не можуть або й зовсім відмовляються битися з кораблями Магеллана. І коли на «Консепсіон» і «Сан-Антоніо» піднімаються прибічники Магеллана, ніхто не чинить опору. За кілька годин заколот ліквідовано, а зрадників-офіцерів закуто в кайдани.
Лише один з них — Гаспар де Кесада — вихопив меч і смертельно поранив вірного Магелланового кормчого Елоріяга. Адмірал виголошує Гаспару де Кесада смертний вирок і доручає його ж ад'ютантові, Луїсу де Муліно, який теж брав участь у заколоті, щоб спокутувати провину, відрубати голову своєму капітанові. Вирок було виконано на патагонському березі.