Метания коммунистов и примкнувших к ним национал-патриотов стали заметны невооруженным глазом. Если раньше Г. Зюганов обещал поразить мир триумфальным шествием трех колонн единой оппозиции, то накануне начала предвыборной гонки 1999 года все стало сложнее. Как раз в момент, когда лидер оппозиции объявил о принципиальном единстве тех сил, которые должны составить в будущей Думе «патриотическое большинство», от коммунистов начал отмежевываться кемеровский губернатор А. Тулеев. Начал играть в собственные игры и лидер Аграрной партии М. Лапшин. Заговорили даже о том, что А. Тулеев с М. Лапшиным объединятся и тем самым заберут немалое число голосов у Г. Зюганова с коллегами, особенно в сельскохозяйственных регионах и в Сибири, однако этот прогноз не оправдался.
У коммунистов и национал-патриотов выбивали из-под ног еще и идеологическую почву. Косовский кризис не дал разыграть во внутриполитическом плане президент. Ю. Лужков тоже частично отобрал симпатии у коммунистов, поставив в центр своей политической тактики борьбу с Кремлем и активно рисуя собственный образ как пострадавшего от козней «семьи». Многочисленные центристы с левым уклоном тоже вознамерились отобрать голоса у зюгановцев. Кроме того, под ногами у компартии путались мелкие радикалы сталинского и левацкого толка, которые могли попортить кровь патриотическому костяку.
Г. Зюганов в начале июля 1999 года нервничал. Победные реляции об уже гарантированном получении 50 процентов голосов сменились заявлениями, в которых начало сквозить неподдельное беспокойство: «Наша задача — сохранить тот капитал, который наработан, держась за каждый процент. Поэтому надо сложить свои усилия и сделать ставку на тех, кто пройдет». Появление группы «новых левых» — А. Тулеева с М. Лапшиным — заставило коммунистического лидера выразить готовность к диалогу с центристами. Кто такие эти центристы, Г. Зюганов не уточнял, но без многосложных консультаций с «Отечеством» и губернаторскими блоками успех коммунистов становился, по мнению многих аналитиков, довольно проблематичным.
Еще 25 июня Г. Зюганов заявил на брифинге, что на парламентские выборы КПРФ должна идти в едином блоке с другими народно-патриотическими силами, включая Аграрную партию (АПР). Он опроверг предположения о том, что АПР намерена идти на выборы самостоятельно, отметив, что лидер партии аграриев, депутат Госдумы М. Лапшин на заседаниях президиума НПСР не высказывался категорически за это и якобы склонялся к тому, что необходимо объединить усилия народно-патриотических сил на выборах в Госдуму.
Однако уже 1 июля появилось сообщение о том, что Аграрная партия России пойдет на выборы самостоятельно, поскольку не желает находиться в зависимости от КПРФ. Об этом заявил председатель АПР М. Лапшин, подтвердив тем самым, что недавние уверения лидеров компартии о единстве всех патриотических сил преждевременны.
Позиция аграриев стала «холодным душем» для руководителей компартии. Осенью 1998 года именно лидер КПРФ Г. Зюганов первым обнародовал идею похода на выборы «тремя колоннами» (компартия, умеренные патриоты и радикал-патриоты), позволявшего максимально учесть интересы большинства избирателей. Однако уже к весне руководство КПРФ пришло к выводу, что пропагандистских, организационных и финансовых минусов в такой стратегии гораздо больше, чем плюсов. Да и большинство представителей региональных структур партии почти единодушно выступили за единый список. Поэтому лидеры компартии усиленно обрабатывали своих союзников по НПСР, уже успевших заявить о самостоятельном участии в выборах, уговаривая их перейти под крыло КПРФ. Считалось, что уговорить аграриев будет не слишком трудно, однако это оказалось не так.
Впрочем, стоит отметить, что в отходе АПР есть и вина КПРФ. На съезде Аграрной партии большинство делегатов высказывались за тесный союз с коммунистами. Но присутствовавший на форуме Г. Зюганов от ответа на прямые вопросы об альянсе ушел, чем сильно обидел аграриев. Результатом этой обиды как раз и стала резолюция о самостоятельном участии АПР в выборах. И, судя по решительному настрою, продемонстрированному М. Лапшиным, оснований для ее пересмотра аграрии не усмотрели.
Осложнились отношения КПРФ и с «Движением в поддержку армии». Его лидер В. Илюхин напомнил, что в декабре 1998 года исполком ДПА принял решение о самостоятельном участии в парламентских выборах. Позже руководство ДПА заявило о том, что начато формирование избирательного блока на базе ДПА, возможно, с Российским общенародным союзом (РОС), который возглавлял вице-спикер Госдумы С. Бабурин.