Делегаты IV съезда ДПА, прошедшего 3 июля в Москве, так и не смогли решить главный вопрос — идти на думские выборы самостоятельно или в союзе с КПРФ. С одной стороны, многие члены движения согласились с тем, что ДПА, как заявил в своем докладе лидер движения В. Илюхин, может получить голоса избирателей, которые, «будучи патриотами и государственниками, по идеологическим соображениям не хотят голосовать за коммунистов». С другой — число сторонников и противников «самоопределения вплоть до отделения» оказалось примерно равным, что не позволило принять окончательное решение по этому поводу уже на том съезде.
На первый взгляд эта ничья оказалась в пользу коммунистов: у них теперь оставалось еще два месяца до следующего съезда на то, чтобы все-таки уговорить члена ЦК КПРФ В. Илюхина не нарушать партийную дисциплину и согласиться на предложенные ему 40–60 мест в списке компартии. Однако, судя по его докладу на съезде, в котором он подверг предвыборную программу КПРФ и НПСР достаточно жесткой критике, шансов на то, что лидер ДПА передумает, оставалось крайне мало.
Впрочем, проблема раскола замаячила и перед самим В. Илюхиным. Как выяснилось на съезде, и сторонники альянса с компартией, и его противники были настроены весьма решительно и даже грозили выйти из ДПА, если к ним не прислушаются. А это означало, что, какое бы решение ни принял следующий съезд движения, ДПА могло лишиться не только части своих членов, но и, что еще более существенно, ряда спонсоров. А если учесть, что ДПА, как признавали и его лидеры, преодоление пятипроцентного барьера отнюдь не гарантировано, потерянные из-за раскола доли процента могли оказаться решающими.
В политических кругах шли активные разговоры о том, что КПРФ активно пыталась вовлечь в строительство предвыборных блоков и союзов на своей стороне бывшего премьер-министра Е. Примакова. 8 июля один из лидеров КПРФ и ее парламентской фракции В. Купцов был вынужден выступить с опровержением, поскольку среди значительной части коммунистов сама эта идея не вызывала симпатий. Он подчеркнул, что такие планы не рассматривались даже в рабочем порядке. В. Купцов считал, что «кандидатура Е. Примакова на президентских выборах могла бы объединить очень широкий круг как центристских, так и левых сил». В то же время «у нас есть свой кандидат Г. Зюганов, и мы еще ни разу не рассматривали ситуацию, при которой в президентскую гонку мог бы включиться Е. Примаков. Однако сам по себе Е. Примаков без поддержки серьезных политических сил не сможет одержать победу. Поэтому при получении максимального большинства мест в Госдуме и внесении изменений в Конституцию мы имеем все шансы достичь договоренности с Е. Примаковым по его кандидатуре», — отметил В. Купцов.
На протяжении всего летнего периода продолжались словесные пикировки между лидерами Аграрной партии России М. Лапшиным и Н. Харитоновым. Начались они в тот момент, когда М. Лапшин заявил, что АПР пойдет на выборы самостоятельно. В ответ на это Н. Харитонов сделал свое заявление, в котором указал, что М. Лапшин — это еще не вся Аграрная партия, и лично он считает, что аграрии должны идти на выборы в союзе с компартией.
На первый взгляд смысл этих разногласий лежал на поверхности — линия раскола проходила между прокоммунистическим Н. Харитоновым, с одной стороны, и стремившимся к самостоятельности или подключению к более «респектабельному» блоку М. Лапшиным — с другой.
Однако на самом деле интрига была более сложной. Дело в том, что такие лидеры Аграрной партии, как М. Лапшин, бывший вице-премьер правительства Е. Примакова Г. Кулик и бывший министр сельского хозяйства В. Семенов, очень сильно сомневались в том, что им удастся набрать на будущих выборах более 5 процентов голосов избирателей. Вернуться в объятия КПРФ они уже также не хотели из-за опасений, что коммунисты предпочтут оттеснить их на вторые роли, а в лидеры вывести Н. Харитонова.
И тут как нельзя кстати оказалось предложение Ю. Лужкова, который позвал аграриев в свой блок. М. Лапшину было даже предложено одно из самых высоких мест в предвыборном списке. По оценкам политологов, Ю. Лужков прекрасно понимал, что очень немногие сельские жители готовы отдать свои голоса за «Отечество» в том виде, в каком оно существовало до создания более широкого блока. Поэтому он был крайне заинтересован в союзе с Аграрной партией, который гарантировал бы ему дополнительные голоса в большинстве регионов.