Президиум «Народно-патриотического союза России» на своем заседании 2 сентября постановил «считать целесообразным идти на выборы в Госдуму единым блоком «За Победу!» в рамках избирательного объединения КПРФ».
Развязка в вопросе о том, будет ли КПРФ выступать на выборах в составе блока или пойдет самостоятельно, наступила на внеочередном съезде компартии, состоявшемся 4 сентября. Решение стало половинчатым, что отражало сложности во взаимоотношениях КПРФ с другими левыми силами и разногласия относительно предвыборной стратегии и тактики внутри самой КПРФ. С одной стороны, полноценного блока, который требовал бы соответствующей регистрации в Центризбиркоме, не получилось, и компартия выставила собственный список. С другой стороны, с точки зрения интересов ведения предвыборной агитации и пропаганды, в этот список были включены отдельные фигуры из союзнических лагерей. Название «Компартия Российской Федерации, аграрии, патриоты — за победу» решили использовать лишь как эмблему и предвыборный лозунг для заявки на широту охвата различных слоев электората и придания списочникам державной солидности. Действительно, 11 кандидатов из центрального списка не являлись формально членами КПРФ.
В первую тройку вошли лидер КПРФ Г. Зюганов, спикер Госдумы Г. Селезнев, тульский губернатор В. Стародубцев.
Выдвижение на третье место видного представителя аграриев, резко размежевавшегося с «ренегатом» М. Лапшиным, куда прочили губернатора Кемеровской области А. Тулеева, было несколько неожиданным. Оно объяснялось в первую очередь нежеланием КПРФ признать явную трещину в отношениях с представителями сельского хозяйства, образовавшуюся после решения съезда АПР войти в центристский блок ОВР, и стремлением коммунистов продемонстрировать сохранение союза с рядом влиятельных аграриев. Об этом же свидетельствовало включение в избирательный список 37 аграриев, среди которых на высоких местах находились лидер думской фракции аграриев Н. Харитонов (8-е место) и председатель профсоюзов АПК А. Давыдов (16-е место).
Четвертым местом в списке А. Тулеев, за имя которого велась политическая борьба, остался не совсем доволен, однако публично возражать не стал. По наблюдениям политологов, среди моментов, которые учитывались при невключении кемеровского губернатора в первую тройку, была и его известная непредсказуемость — время от времени он заигрывал с окружением президента и крупными финансовыми структурами. Если бы А. Тулеев, будучи одним из первых трех кандидатов, сошел с дистанции после утверждения списка Центризбиркомом, по закону о выборах появились бы основания для отстранения в выборах всего списка КПРФ. Уверенности в стойкости своего давнего союзника у КПРФ не было.
Анализ процессов, происходивших в КПРФ как на федеральном уровне, так и на местах, свидетельствовал о нарастании скрытых внутрипартийных противоречий. Среди основных причин, вызывавших усиление разногласий в партии, следует выделить: обострение борьбы за партийное лидерство; расхождение во взглядах на конкретную политическую предвыборную стратегию КПРФ; несогласие с практикуемой в КПРФ кадровой политикой, проявившейся в том числе и в формировании избирательных списков.
Основные претензии оппонентов Г. Зюганова сводились к тому, что он, по их мнению, превратился в чисто парламентского лидера, для которого партия является лишь механизмом, обеспечивающим присутствие во власти через выборы «избранных», а не средством завоевания власти. К такому положению его привела ориентация на решение политических проблем исключительно номенклатурным, верхушечным путем.
При работе в регионах Г. Зюганов зачастую опирался на исполнительную вертикаль избранных при помощи КПРФ губернаторов, а не партийные организации на местах.
В результате некоторые региональные партийные организации КПРФ практически были лишены возможности активно влиять на политическую жизнь страны, большинство региональных парторганизаций не могли осваивать и успешно применять передовые избирательные технологии, что могло бы привлечь на сторону компартии новые слои населения, отсутствовала возможность естественного омоложения и притока в руководящие органы новых функционеров, на деле доказавших свой профессионализм.
Как следствие, к моменту начала выборной кампании в Государственную думу 1999 года партия оказалась жестко замкнутой в рамках протестного электората (20–25 процентов). Неудача импичмента и пассивная позиция руководства компартии несомненно привели к некоторому сокращению влияния КПРФ среди населения.